More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0816 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  100 
 
 
133 aa  271  3e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  88.72 
 
 
133 aa  246  8e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4842  hypothetical protein  59.4 
 
 
133 aa  135  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0454526  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  46.1 
 
 
148 aa  111  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  46.48 
 
 
140 aa  106  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0657  type IV pili biogenesis protein PilE  42.64 
 
 
129 aa  103  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.96879 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  39.38 
 
 
162 aa  101  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4551  type IV pili biogenesis protein PilE  40.31 
 
 
129 aa  100  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402137  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2914  type IV pilin PilE  43.7 
 
 
144 aa  100  8e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  37.25 
 
 
169 aa  99.8  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0611  type IV pili biogenesis protein PilE  41.09 
 
 
129 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0651  type IV pili biogenesis protein PilE  41.09 
 
 
129 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.384502 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2916  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  42.34 
 
 
145 aa  92.8  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0788  fimbrial protein pilin  38.56 
 
 
163 aa  92.8  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.684386  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2680  type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  38.85 
 
 
146 aa  90.9  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2154  Tfp pilus assembly protein PilE  38.1 
 
 
138 aa  90.9  6e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  39.69 
 
 
135 aa  90.9  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2886  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  41.84 
 
 
170 aa  89  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308484  normal  0.94282 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0505  fimbrial protein pilin  34 
 
 
159 aa  89.4  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01325  type IV pilin  39.84 
 
 
122 aa  88.2  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.113469  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60320  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  36.11 
 
 
141 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000362369 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5192  fimbrial protein pilin  41.48 
 
 
143 aa  83.2  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.373526  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1702  type IV pilin  35.97 
 
 
151 aa  82.4  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135824  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3255  hypothetical protein  35.92 
 
 
140 aa  82.4  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1764  type IV pilin  35.97 
 
 
151 aa  82.4  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.940075  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  37.14 
 
 
144 aa  81.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  37.14 
 
 
144 aa  81.3  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  37.33 
 
 
152 aa  78.2  0.00000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3550  Tfp pilus assembly protein PilE  31.48 
 
 
164 aa  78.2  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.844187  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0193  pilus assembly protein PilE  38.73 
 
 
147 aa  77  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3227  type IV pilus biogenesis protein PilE  35.77 
 
 
130 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1164  type IV pilus biogenesis protein PilE  35.77 
 
 
130 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.536283 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1129  type IV pilus biogenesis protein PilE  35.77 
 
 
130 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1062  type IV pilus biogenesis protein PilE  35.77 
 
 
130 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0830  methylation site containing protein  41.73 
 
 
126 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1822  type IV pilin  35.38 
 
 
138 aa  75.5  0.0000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0523524  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0865  methylation site containing protein  41.73 
 
 
126 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0853  methylation site containing protein  41.73 
 
 
126 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3824  fimbrial protein pilin  30.77 
 
 
164 aa  74.7  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0456668 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1091  methylation site containing protein  35.29 
 
 
130 aa  74.3  0.0000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0723  type-4 fimbrial pilin-like transmembrane protein  32.89 
 
 
161 aa  73.9  0.0000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  36.5 
 
 
141 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3102  fimbrial protein pilin  36.81 
 
 
148 aa  72.8  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.193045  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  33.58 
 
 
141 aa  72.4  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0771  hypothetical protein  36.3 
 
 
142 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.25436 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1067  methylation site containing protein  34.81 
 
 
130 aa  72  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  36.64 
 
 
142 aa  71.2  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1107  methylation site containing protein  35.07 
 
 
130 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.963603 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0689  putative Tfp pilus assembly protein PilE  33.56 
 
 
151 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.786204  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0706  putative Tfp pilus assembly protein PilE  33.09 
 
 
151 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.33887  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  32.86 
 
 
141 aa  70.5  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  50 
 
 
168 aa  70.1  0.000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3424  methylation site containing protein  41.35 
 
 
123 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0086  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  33.58 
 
 
150 aa  68.2  0.00000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0681  type-IV pilin  29.93 
 
 
149 aa  68.6  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0664  type-IV pilin  29.93 
 
 
149 aa  68.6  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2826  Tfp pilus assembly protein  31.79 
 
 
153 aa  68.6  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0621265 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0852  methylation site containing protein  36.64 
 
 
131 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3031  methylation site containing protein  32.09 
 
 
133 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3170  methylation site containing protein  36.64 
 
 
131 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0854  type IV pilin, putative  38.81 
 
 
123 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0020  PilE protein  34.64 
 
 
164 aa  68.2  0.00000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0399  general secretion pathway protein H  37.59 
 
 
146 aa  67.8  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0710  methylation site containing protein  40.6 
 
 
123 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2882  methylation site containing protein  33.58 
 
 
138 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1299  Type IV pilus biogenesis protein PilE  34.85 
 
 
128 aa  67  0.00000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.799661 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2443  hypothetical protein  34.78 
 
 
139 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103414  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  35.94 
 
 
164 aa  66.6  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2664  methylation  44 
 
 
160 aa  66.6  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3312  methylation site containing protein  40.6 
 
 
123 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.794951  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1202  type IV pilus biogenesis protein PilE  32.84 
 
 
130 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0617  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  53.33 
 
 
158 aa  64.7  0.0000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.217435 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1865  pilus assembly protein  40.65 
 
 
134 aa  64.3  0.0000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3224  type IV pilin  38.41 
 
 
141 aa  64.3  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3901  putative Tfp pilus assembly protein PilE  34.53 
 
 
148 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2575  putative Tfp pilus assembly protein PilE  32.85 
 
 
143 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.253595  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2413  type II secretion system protein G  46.97 
 
 
149 aa  62.8  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.330838  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1287  type 4 fimbrial biogenesis signal peptide protein  31.97 
 
 
155 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.54364 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2200  pilus assembly protein PilA  64.29 
 
 
111 aa  62.8  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.360457  hitchhiker  0.000654211 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3168  prepilin-type cleavage/methylation  35.38 
 
 
130 aa  62  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3128  methylation site containing protein  32.33 
 
 
132 aa  62.4  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.932633 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2540  general secretion pathway protein H  40.91 
 
 
147 aa  62  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.13206  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  50 
 
 
167 aa  62  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0927  type IV pilus biogenesis protein  50.82 
 
 
142 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1857  N-terminal methylation  33.06 
 
 
140 aa  61.6  0.000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0957  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  36.23 
 
 
141 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.296711 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4674  methylation  64.29 
 
 
169 aa  61.2  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.953976  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1078  pilin  41.18 
 
 
162 aa  60.8  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.18456 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0472  fimbrial protein pilin  59.18 
 
 
182 aa  60.5  0.000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.877435  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5684  pilus assembly protein PilE  37.86 
 
 
167 aa  60.5  0.000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.148368  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2629  type IV pilus subunit PilA  48.39 
 
 
138 aa  60.1  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0384  putative pilin  37.39 
 
 
147 aa  60.1  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0138  putative pilus assembly protein  41.54 
 
 
149 aa  59.7  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3945  fimbrial protein pilin  68.42 
 
 
166 aa  59.3  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.373423  hitchhiker  0.00130999 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0216  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  34.4 
 
 
163 aa  58.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0379234 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0392  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40.98 
 
 
175 aa  58.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000336485  hitchhiker  0.0000000727713 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5161  type IV pilin structural subunit  60.87 
 
 
179 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0208  putative prepilin like protein  36.84 
 
 
139 aa  58.5  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0480818 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4679  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  61.9 
 
 
168 aa  58.5  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03468  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  38.75 
 
 
141 aa  58.2  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>