More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3524 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3524  type IV pilus biogenesis protein PilE  100 
 
 		 130 aa  266  1e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1164  type IV pilus biogenesis protein PilE  79.23 
 
 		 130 aa  208  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.536283 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1129  type IV pilus biogenesis protein PilE  77.69 
 
 		 130 aa  206  8e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1062  type IV pilus biogenesis protein PilE  77.69 
 
 		 130 aa  206  1e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3227  type IV pilus biogenesis protein PilE  77.69 
 
 		 130 aa  206  1e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3128  methylation site containing protein  66.15 
 
 		 132 aa  186  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.932633 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1067  methylation site containing protein  64.89 
 
 		 130 aa  183  7e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1202  type IV pilus biogenesis protein PilE  65.87 
 
 		 130 aa  175  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1107  methylation site containing protein  62.5 
 
 		 130 aa  174  4e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.963603 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3031  methylation site containing protein  62.79 
 
 		 133 aa  174  5e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0932  type IV pilus biogenesis protein PilE  66.4 
 
 		 132 aa  166  9e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0340511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1299  Type IV pilus biogenesis protein PilE  56.92 
 
 		 128 aa  160  8.000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.799661 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2949  methylation site containing protein  48.23 
 
 		 147 aa  135  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0811797  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  48.48 
 
 		 141 aa  133  8e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2882  methylation site containing protein  48.84 
 
 		 138 aa  128  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1091  methylation site containing protein  46.46 
 
 		 130 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2916  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  45.45 
 
 		 145 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2715  methylation  45.31 
 
 		 129 aa  108  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0720544  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2680  type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  42.11 
 
 		 146 aa  104  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0086  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  39.39 
 
 		 150 aa  92.8  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1865  pilus assembly protein  36.57 
 
 		 134 aa  90.1  8e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60320  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  40.14 
 
 		 141 aa  89  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000362369 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2886  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  39.13 
 
 		 170 aa  88.6  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308484  normal  0.94282 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0399  general secretion pathway protein H  41.04 
 
 		 146 aa  81.6  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5684  pilus assembly protein PilE  41.67 
 
 		 167 aa  81.6  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.148368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  35.71 
 
 		 140 aa  80.9  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  36.23 
 
 		 133 aa  80.9  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2154  Tfp pilus assembly protein PilE  35.71 
 
 		 138 aa  81.3  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  37.32 
 
 		 141 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0852  methylation site containing protein  37.4 
 
 		 131 aa  78.6  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3170  methylation site containing protein  37.4 
 
 		 131 aa  78.6  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3168  prepilin-type cleavage/methylation  37.1 
 
 		 130 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  52.24 
 
 		 141 aa  76.6  0.00000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  34.44 
 
 		 169 aa  76.3  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  35.21 
 
 		 148 aa  76.6  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  35.51 
 
 		 133 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2882  methylation  37.5 
 
 		 132 aa  74.7  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.938712  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  36.31 
 
 		 162 aa  74.7  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0208  putative prepilin like protein  38.46 
 
 		 139 aa  73.2  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0480818 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  58.33 
 
 		 152 aa  72.8  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1702  type IV pilin  34.56 
 
 		 151 aa  71.2  0.000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135824  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0723  type-4 fimbrial pilin-like transmembrane protein  47.3 
 
 		 161 aa  71.6  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1764  type IV pilin  34.56 
 
 		 151 aa  71.6  0.000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.940075  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01325  type IV pilin  40.48 
 
 		 122 aa  71.2  0.000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.113469  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0681  type-IV pilin  34.06 
 
 		 149 aa  70.9  0.000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0664  type-IV pilin  34.06 
 
 		 149 aa  70.9  0.000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004288  putative fimbrial assembly protein PilE  34.85 
 
 		 163 aa  70.5  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0220  pilus assembly protein  37.23 
 
 		 140 aa  70.1  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.168362 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  38.58 
 
 		 135 aa  70.1  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11830  type IV PilE-like pilus assembly protein  41.22 
 
 		 131 aa  68.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2914  type IV pilin PilE  36.03 
 
 		 144 aa  69.3  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  47.95 
 
 		 142 aa  68.2  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0345  general secretion pathway protein H  36.08 
 
 		 176 aa  67.8  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0177644  normal  0.0749297 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0617  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  41.57 
 
 		 158 aa  68.2  0.00000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.217435 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3102  fimbrial protein pilin  37.3 
 
 		 148 aa  67  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.193045  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  47.69 
 
 		 168 aa  67  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0802  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  42.86 
 
 		 152 aa  66.6  0.0000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.964553  normal  0.826959 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0015  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  33.94 
 
 		 193 aa  65.5  0.0000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.170754  normal  0.192574 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0384  putative pilin  30.88 
 
 		 147 aa  65.9  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2664  methylation  55.17 
 
 		 160 aa  65.1  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1822  type IV pilin  29.85 
 
 		 138 aa  65.1  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0523524  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3255  hypothetical protein  34.78 
 
 		 140 aa  65.1  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0505  fimbrial protein pilin  41.43 
 
 		 159 aa  64.7  0.0000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1280  hypothetical protein  49.18 
 
 		 152 aa  64.3  0.0000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2839  protein involved in methylation  40 
 
 		 136 aa  63.9  0.0000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273449  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0294  pilus assembly protein  32.35 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.429546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0957  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.41 
 
 		 141 aa  63.5  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.296711 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0780  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  50 
 
 		 157 aa  63.2  0.000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  32.74 
 
 		 164 aa  62.8  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  33.33 
 
 		 144 aa  62  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2826  Tfp pilus assembly protein  38.24 
 
 		 153 aa  62.4  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0621265 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0567  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40.48 
 
 		 147 aa  62.8  0.000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0449  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.82 
 
 		 167 aa  62  0.000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000146857  hitchhiker  0.0000000193676 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  33.33 
 
 		 144 aa  62  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0830  methylation site containing protein  40.48 
 
 		 126 aa  61.6  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0853  methylation site containing protein  40.48 
 
 		 126 aa  61.6  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0865  methylation site containing protein  40.48 
 
 		 126 aa  61.6  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3550  Tfp pilus assembly protein PilE  43.33 
 
 		 164 aa  61.6  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.844187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03468  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  39.53 
 
 		 141 aa  61.2  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0020  PilE protein  33.33 
 
 		 164 aa  61.6  0.000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0210  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  41.25 
 
 		 154 aa  61.2  0.000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103934  normal  0.61486 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3824  fimbrial protein pilin  46.55 
 
 		 164 aa  61.2  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0456668 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0331  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40.86 
 
 		 172 aa  60.8  0.000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2629  type IV pilus subunit PilA  51.79 
 
 		 138 aa  60.8  0.000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0059  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  48.39 
 
 		 151 aa  60.8  0.000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.230525 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4551  type IV pili biogenesis protein PilE  30.6 
 
 		 129 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1097  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  42.42 
 
 		 151 aa  60.5  0.000000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.282151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0392  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  33.82 
 
 		 175 aa  60.1  0.000000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000336485  hitchhiker  0.0000000727713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0657  type IV pili biogenesis protein PilE  29.85 
 
 		 129 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.96879 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0571  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  35.71 
 
 		 163 aa  59.7  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0204  type IV pilus assembly protein PilE  46.03 
 
 		 155 aa  59.7  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1442  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA-like protein  45.45 
 
 		 155 aa  60.1  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.102563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1078  pilin  48.28 
 
 		 162 aa  60.1  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.18456 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1387  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  46.15 
 
 		 175 aa  60.1  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0651  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  39.74 
 
 		 165 aa  59.7  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0482  general secretion pathway protein G  40.85 
 
 		 171 aa  58.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00144077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0349  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  39.44 
 
 		 179 aa  59.3  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000875622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0606  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  46.77 
 
 		 156 aa  58.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000101189  hitchhiker  0.000000768083 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2413  type II secretion system protein G  39.13 
 
 		 149 aa  58.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.330838  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0800  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  47.76 
 
 		 167 aa  58.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.346386  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>