More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0957 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0957  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  100 
 
 		 141 aa  289  7e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.296711 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60320  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  62.41 
 
 		 141 aa  184  5e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000362369 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2886  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  48.2 
 
 		 170 aa  132  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308484  normal  0.94282 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  45.71 
 
 		 141 aa  115  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3128  methylation site containing protein  43.57 
 
 		 132 aa  110  9e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.932633 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0086  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  44.78 
 
 		 150 aa  106  1e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3031  methylation site containing protein  41.73 
 
 		 133 aa  101  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2949  methylation site containing protein  38.71 
 
 		 147 aa  99.4  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0811797  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2916  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  39.57 
 
 		 145 aa  98.2  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  36.67 
 
 		 169 aa  95.9  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2680  type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  37.41 
 
 		 146 aa  92.8  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  40.58 
 
 		 148 aa  93.2  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  37.59 
 
 		 140 aa  91.3  4e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2882  methylation site containing protein  38.97 
 
 		 138 aa  91.3  4e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1067  methylation site containing protein  37.96 
 
 		 130 aa  90.9  5e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1202  type IV pilus biogenesis protein PilE  38.69 
 
 		 130 aa  90.5  8e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1091  methylation site containing protein  36.76 
 
 		 130 aa  90.1  9e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1062  type IV pilus biogenesis protein PilE  38.69 
 
 		 130 aa  89.4  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1107  methylation site containing protein  35.66 
 
 		 130 aa  89.7  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.963603 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3227  type IV pilus biogenesis protein PilE  38.69 
 
 		 130 aa  89.4  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  40.88 
 
 		 135 aa  89  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1129  type IV pilus biogenesis protein PilE  37.96 
 
 		 130 aa  87.8  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1164  type IV pilus biogenesis protein PilE  37.96 
 
 		 130 aa  87.8  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.536283 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  34.75 
 
 		 144 aa  87  7e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  37.32 
 
 		 141 aa  87  8e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  34.75 
 
 		 144 aa  86.7  9e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5684  pilus assembly protein PilE  39.42 
 
 		 167 aa  84.3  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.148368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2664  methylation  32.21 
 
 		 160 aa  83.6  8e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  36.23 
 
 		 133 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  34.59 
 
 		 162 aa  83.2  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  36.23 
 
 		 133 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0611  type IV pili biogenesis protein PilE  35.77 
 
 		 129 aa  80.5  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0723  type-4 fimbrial pilin-like transmembrane protein  32.59 
 
 		 161 aa  79.7  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0932  type IV pilus biogenesis protein PilE  38.57 
 
 		 132 aa  79.3  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0340511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0399  general secretion pathway protein H  37.06 
 
 		 146 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1865  pilus assembly protein  34.31 
 
 		 134 aa  79.3  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01325  type IV pilin  35.43 
 
 		 122 aa  79.3  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.113469  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0657  type IV pili biogenesis protein PilE  35.77 
 
 		 129 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.96879 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0651  type IV pili biogenesis protein PilE  35.04 
 
 		 129 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.384502 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2882  methylation  32.82 
 
 		 132 aa  78.6  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.938712  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  45.21 
 
 		 142 aa  78.2  0.00000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1822  type IV pilin  36.62 
 
 		 138 aa  77.4  0.00000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0523524  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1702  type IV pilin  33.33 
 
 		 151 aa  76.3  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135824  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1764  type IV pilin  33.33 
 
 		 151 aa  76.3  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.940075  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  52.54 
 
 		 152 aa  75.9  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0852  methylation site containing protein  33.58 
 
 		 131 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3170  methylation site containing protein  33.58 
 
 		 131 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1287  type 4 fimbrial biogenesis signal peptide protein  34.69 
 
 		 155 aa  75.1  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.54364 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2154  Tfp pilus assembly protein PilE  27.86 
 
 		 138 aa  74.7  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4551  type IV pili biogenesis protein PilE  34.31 
 
 		 129 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402137  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0681  type-IV pilin  30.66 
 
 		 149 aa  72.4  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0664  type-IV pilin  30.66 
 
 		 149 aa  72.4  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0384  putative pilin  29.17 
 
 		 147 aa  72  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0788  fimbrial protein pilin  34.97 
 
 		 163 aa  71.6  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.684386  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2914  type IV pilin PilE  39.86 
 
 		 144 aa  72  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3550  Tfp pilus assembly protein PilE  28.85 
 
 		 164 aa  71.6  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.844187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  31.39 
 
 		 168 aa  70.9  0.000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5192  fimbrial protein pilin  33.11 
 
 		 143 aa  70.1  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.373526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1299  Type IV pilus biogenesis protein PilE  28.47 
 
 		 128 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.799661 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2826  Tfp pilus assembly protein  31.51 
 
 		 153 aa  69.3  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0621265 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  47.54 
 
 		 164 aa  68.6  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3255  hypothetical protein  28.1 
 
 		 140 aa  67.8  0.00000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  35.29 
 
 		 141 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0771  hypothetical protein  31.94 
 
 		 142 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.25436 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1280  hypothetical protein  32.46 
 
 		 152 aa  67.4  0.00000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3896  Fimbrial protein pilin  39.36 
 
 		 133 aa  65.9  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0193  pilus assembly protein PilE  33.11 
 
 		 147 aa  65.9  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0802  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  41.79 
 
 		 152 aa  64.7  0.0000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.964553  normal  0.826959 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3224  type IV pilin  40.94 
 
 		 141 aa  64.7  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0865  methylation site containing protein  34.75 
 
 		 126 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0830  methylation site containing protein  34.75 
 
 		 126 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1078  pilin  40.58 
 
 		 162 aa  64.3  0.0000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.18456 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3168  prepilin-type cleavage/methylation  33.33 
 
 		 130 aa  64.3  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0853  methylation site containing protein  34.75 
 
 		 126 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0204  type IV pilus assembly protein PilE  41.79 
 
 		 155 aa  64.3  0.0000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03468  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  42.25 
 
 		 141 aa  64.3  0.0000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5161  type IV pilin structural subunit  39.13 
 
 		 179 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3403  fimbrial biogenesis protein  42.72 
 
 		 149 aa  63.9  0.0000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00878868 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0855  pilus assembly protein  42.54 
 
 		 126 aa  63.9  0.0000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2449  Fimbrial protein pilin  31.62 
 
 		 162 aa  63.5  0.0000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000426279  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0220  pilus assembly protein  35.17 
 
 		 140 aa  63.5  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.168362 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0505  fimbrial protein pilin  26.58 
 
 		 159 aa  63.2  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3901  putative Tfp pilus assembly protein PilE  30.56 
 
 		 148 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3524  type IV pilus biogenesis protein PilE  37.41 
 
 		 130 aa  62.8  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0617  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  41.57 
 
 		 158 aa  62.4  0.000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.217435 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2839  protein involved in methylation  35.71 
 
 		 136 aa  62  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273449  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0706  putative Tfp pilus assembly protein PilE  30.32 
 
 		 151 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.33887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0567  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  38.81 
 
 		 147 aa  62.8  0.000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0020  PilE protein  34.57 
 
 		 164 aa  62  0.000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2629  type IV pilus subunit PilA  36.49 
 
 		 138 aa  61.6  0.000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3824  fimbrial protein pilin  37.5 
 
 		 164 aa  61.2  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0456668 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4782  Tfp pilus assembly protein  66.67 
 
 		 179 aa  61.2  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0558  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  33.04 
 
 		 168 aa  60.8  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.791178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3387  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  64.1 
 
 		 196 aa  60.8  0.000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.437334  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11830  type IV PilE-like pilus assembly protein  50 
 
 		 131 aa  60.5  0.000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58730  type IV pilin structural subunit  33.9 
 
 		 179 aa  60.1  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279942  normal  0.457351 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2680  fimbrial protein pilin  55.32 
 
 		 169 aa  60.1  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0726827  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0854  type IV pilin, putative  35.07 
 
 		 123 aa  59.7  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3424  methylation site containing protein  33.58 
 
 		 123 aa  60.1  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1097  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40.3 
 
 		 151 aa  59.3  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.282151  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>