More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0854 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0854  type IV pilin, putative  100 
 
 		 123 aa  258  2e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0710  methylation site containing protein  90.24 
 
 		 123 aa  206  1e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3312  methylation site containing protein  89.43 
 
 		 123 aa  203  7e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.794951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3424  methylation site containing protein  88.62 
 
 		 123 aa  202  9e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0853  methylation site containing protein  77.5 
 
 		 126 aa  180  6e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0865  methylation site containing protein  77.5 
 
 		 126 aa  180  6e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0830  methylation site containing protein  77.5 
 
 		 126 aa  180  6e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  38.85 
 
 		 140 aa  94  6e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  40.58 
 
 		 148 aa  93.2  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  38.81 
 
 		 133 aa  92  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0852  methylation site containing protein  38.4 
 
 		 131 aa  90.1  9e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3170  methylation site containing protein  38.4 
 
 		 131 aa  90.1  9e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  39.55 
 
 		 133 aa  89.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  38.81 
 
 		 144 aa  89.4  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  38.81 
 
 		 144 aa  89.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2154  Tfp pilus assembly protein PilE  38.41 
 
 		 138 aa  89.4  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0788  fimbrial protein pilin  38.62 
 
 		 163 aa  86.3  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.684386  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1865  pilus assembly protein  36.72 
 
 		 134 aa  85.9  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3255  hypothetical protein  36.84 
 
 		 140 aa  84  7e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5192  fimbrial protein pilin  37.88 
 
 		 143 aa  83.2  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.373526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2886  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.69 
 
 		 170 aa  82.4  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308484  normal  0.94282 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1091  methylation site containing protein  40.62 
 
 		 130 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2916  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  39.69 
 
 		 145 aa  79.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  38.89 
 
 		 135 aa  79  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2914  type IV pilin PilE  34.59 
 
 		 144 aa  78.2  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  32.89 
 
 		 169 aa  77.4  0.00000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  35.66 
 
 		 162 aa  77  0.00000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0611  type IV pili biogenesis protein PilE  34.38 
 
 		 129 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1764  type IV pilin  35.16 
 
 		 151 aa  75.5  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.940075  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1702  type IV pilin  35.16 
 
 		 151 aa  75.5  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135824  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0505  fimbrial protein pilin  37.59 
 
 		 159 aa  75.9  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0651  type IV pili biogenesis protein PilE  35.16 
 
 		 129 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.384502 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60320  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  34.31 
 
 		 141 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000362369 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  34.65 
 
 		 152 aa  75.5  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1067  methylation site containing protein  37.5 
 
 		 130 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0086  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  36.64 
 
 		 150 aa  74.7  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0657  type IV pili biogenesis protein PilE  33.59 
 
 		 129 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.96879 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  41.27 
 
 		 164 aa  73.2  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3168  prepilin-type cleavage/methylation  37.29 
 
 		 130 aa  72.8  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01325  type IV pilin  36.07 
 
 		 122 aa  72.8  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.113469  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4551  type IV pili biogenesis protein PilE  33.59 
 
 		 129 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402137  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2680  type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  35.34 
 
 		 146 aa  71.6  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3128  methylation site containing protein  34.85 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.932633 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0493  methylation  45.31 
 
 		 131 aa  71.6  0.000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1299  Type IV pilus biogenesis protein PilE  33.86 
 
 		 128 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.799661 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  36.43 
 
 		 141 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3824  fimbrial protein pilin  35.77 
 
 		 164 aa  70.1  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0456668 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1107  methylation site containing protein  33.33 
 
 		 130 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.963603 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1129  type IV pilus biogenesis protein PilE  34.11 
 
 		 130 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  39 
 
 		 168 aa  68.6  0.00000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1164  type IV pilus biogenesis protein PilE  33.33 
 
 		 130 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.536283 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3227  type IV pilus biogenesis protein PilE  33.33 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  35.11 
 
 		 141 aa  68.2  0.00000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3031  methylation site containing protein  32.58 
 
 		 133 aa  67.8  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1062  type IV pilus biogenesis protein PilE  33.33 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1822  type IV pilin  34.88 
 
 		 138 aa  67.8  0.00000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0523524  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0723  type-4 fimbrial pilin-like transmembrane protein  31.33 
 
 		 161 aa  67  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  36.52 
 
 		 167 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3102  fimbrial protein pilin  38.89 
 
 		 148 aa  65.5  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.193045  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1202  type IV pilus biogenesis protein PilE  32.54 
 
 		 130 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2882  methylation site containing protein  29.46 
 
 		 138 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2200  pilus assembly protein PilA  47.83 
 
 		 111 aa  64.7  0.0000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.360457  hitchhiker  0.000654211 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0077  general secretion pathway protein G  37.86 
 
 		 150 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0059  general secretion pathway protein G  37 
 
 		 150 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0012  general secretion pathway protein G  37.86 
 
 		 150 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2949  methylation site containing protein  31.94 
 
 		 147 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0811797  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0058  general secretion pathway protein G  37.86 
 
 		 150 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.109015  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0058  general secretion pathway protein G  37.86 
 
 		 150 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.663302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0048  general secretion pathway protein G  37.86 
 
 		 150 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.503149  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3940  general secretion pathway protein G  38.1 
 
 		 154 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.18178 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3240  general secretion pathway protein G  37.86 
 
 		 150 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  33.33 
 
 		 141 aa  63.2  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2882  methylation  33.87 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.938712  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0384  putative pilin  33.58 
 
 		 147 aa  63.2  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1661  type 4 pili biogenesis protein (prepilin-like protein)  34.15 
 
 		 136 aa  62.8  0.000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.507585  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0520  type IV pilin  34.15 
 
 		 136 aa  62.8  0.000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4842  hypothetical protein  38.06 
 
 		 133 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0454526  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03468  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  41.18 
 
 		 141 aa  61.6  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2664  methylation  48.33 
 
 		 160 aa  61.2  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4497  general secretion pathway protein G  37.14 
 
 		 154 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.13255 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0617  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  46.88 
 
 		 158 aa  60.8  0.000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.217435 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0461  fimbrial protein precursor PilE (MS11 antigen)  35.71 
 
 		 167 aa  60.8  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.653734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0780  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  45.16 
 
 		 157 aa  60.8  0.000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4155  fimbiral protein PilA  57.45 
 
 		 188 aa  60.8  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.614605  normal  0.158719 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0681  type-IV pilin  28.57 
 
 		 149 aa  60.5  0.000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0664  type-IV pilin  28.57 
 
 		 149 aa  60.1  0.000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1857  N-terminal methylation  42.11 
 
 		 140 aa  60.1  0.000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3074  general secretion pathway protein G  35.24 
 
 		 158 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016497 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0606  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.36 
 
 		 156 aa  59.3  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000101189  hitchhiker  0.000000768083 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0771  hypothetical protein  29.58 
 
 		 142 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.25436 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1073  general secretion pathway protein G  36.19 
 
 		 155 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.56277  normal  0.328419 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1078  pilin  42.67 
 
 		 162 aa  58.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.18456 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0957  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  35.07 
 
 		 141 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.296711 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2680  fimbrial protein pilin  34.4 
 
 		 169 aa  58.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0726827  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5161  type IV pilin structural subunit  34.86 
 
 		 179 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0668  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  41.89 
 
 		 155 aa  59.3  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136734 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3387  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  70.27 
 
 		 196 aa  58.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.437334  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2781  general secretion pathway protein G  37.14 
 
 		 150 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2666  general secretion pathway protein G  37.14 
 
 		 150 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0011  general secretion pathway protein G  37.14 
 
 		 150 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>