More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0558 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0558  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  100 
 
 		 168 aa  335  2.9999999999999997e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.791178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0478  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  63.48 
 
 		 169 aa  185  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.322644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0477  putative type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  56.8 
 
 		 173 aa  162  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0748911  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0557  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  51.7 
 
 		 173 aa  145  3e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0480  pilin subfamily protein  46.93 
 
 		 174 aa  128  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2675  general secretion pathway protein H  46.81 
 
 		 198 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2035  hypothetical protein  46.81 
 
 		 198 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2646  hypothetical protein  46.81 
 
 		 198 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0065  pilin  48.33 
 
 		 170 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5973  general secretion pathway protein H  45.74 
 
 		 198 aa  123  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0600966 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2567  general secretion pathway protein H  45.95 
 
 		 198 aa  123  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2693  general secretion pathway protein H  45.95 
 
 		 198 aa  123  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.289926  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0467  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  47.7 
 
 		 171 aa  120  7e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.568157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0656  general secretion pathway protein H  48.28 
 
 		 199 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0677  putative type IV fimbrial pilin protein  44.89 
 
 		 207 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0864  pilin  49.13 
 
 		 163 aa  113  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484071 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3289  putative type IV fimbrial pilin protein  43.75 
 
 		 207 aa  111  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0446  putative type IV fimbrial pilin protein  43.02 
 
 		 205 aa  108  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.590776 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58730  type IV pilin structural subunit  43.24 
 
 		 179 aa  108  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279942  normal  0.457351 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0278  type IV pilin, putative  45.35 
 
 		 172 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0816  putative type IV pilin protein PilA  45.35 
 
 		 172 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0820  putative type IV pilin protein PilA  45.35 
 
 		 172 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1889  hypothetical protein  45.4 
 
 		 137 aa  103  7e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0979  PilA  45.61 
 
 		 207 aa  103  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2398  putative type IV pilin  45.61 
 
 		 207 aa  103  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.558979  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2678  putative type IV pilin  45.61 
 
 		 189 aa  103  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0011  putative type IV pilin  45.61 
 
 		 189 aa  103  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  42.77 
 
 		 167 aa  102  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2680  fimbrial protein pilin  40.88 
 
 		 169 aa  102  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0726827  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0649  pilin family protein  44.77 
 
 		 207 aa  100  8e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3387  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  41.62 
 
 		 196 aa  100  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.437334  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1890  hypothetical protein  49.69 
 
 		 136 aa  98.2  5e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1879  hypothetical protein  50.31 
 
 		 137 aa  96.7  1e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2540  general secretion pathway protein H  40.48 
 
 		 147 aa  97.1  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.13206  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1878  hypothetical protein  43.9 
 
 		 137 aa  95.9  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1828  fimbrial protein pilin  37.14 
 
 		 170 aa  94.4  6e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.10224  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3385  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  34.83 
 
 		 199 aa  91.3  6e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0485  fimbrial protein pilin  43.08 
 
 		 136 aa  90.5  9e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5161  type IV pilin structural subunit  42.44 
 
 		 179 aa  89  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5185  protein involved in methylation  33.89 
 
 		 174 aa  88.2  6e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0472  fimbrial protein pilin  37.41 
 
 		 182 aa  84  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.877435  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2449  Fimbrial protein pilin  39.73 
 
 		 162 aa  82.4  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000426279  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4782  Tfp pilus assembly protein  32.97 
 
 		 179 aa  80.9  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1265  methylation  36.9 
 
 		 160 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00964428  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1078  pilin  34.52 
 
 		 162 aa  79.3  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.18456 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0797  pilin  40.8 
 
 		 148 aa  78.6  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1510  fimbrial protein  34.91 
 
 		 138 aa  78.6  0.00000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000690325  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4674  methylation  37.02 
 
 		 169 aa  78.6  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.953976  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3896  Fimbrial protein pilin  34.97 
 
 		 133 aa  78.6  0.00000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04886  pilin  41.82 
 
 		 141 aa  78.2  0.00000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.969324  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0250  fimbrial subunit  36.31 
 
 		 152 aa  75.9  0.0000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0333044  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0864  peptidase S49, protease IV  43.29 
 
 		 139 aa  75.5  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3356  fimbrial protein pilin: general secretion pathway protein H  57.38 
 
 		 137 aa  75.1  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.669833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4040  fimbrial protein pilin  54.84 
 
 		 178 aa  75.1  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736529  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4444  type IV pilin  58.06 
 
 		 160 aa  74.3  0.0000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12104  fimbrial protein  37.14 
 
 		 165 aa  74.3  0.0000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246946  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3946  fimbrial protein pilin  65.45 
 
 		 169 aa  73.9  0.0000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129399 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0799  fimbrial protein pilin  45.45 
 
 		 139 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0744296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4679  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  56.14 
 
 		 168 aa  73.2  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3782  methylation site containing protein  39.43 
 
 		 148 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3945  fimbrial protein pilin  63.46 
 
 		 166 aa  71.2  0.000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.373423  hitchhiker  0.00130999 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0414  methylation site containing protein  39.16 
 
 		 148 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0014  type IV pilin structural subunit  42.86 
 
 		 178 aa  69.3  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  39.77 
 
 		 142 aa  68.9  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  40.54 
 
 		 141 aa  68.2  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3944  fimbrial protein pilin  58.18 
 
 		 166 aa  68.2  0.00000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.736158  hitchhiker  0.00123211 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2126  methylation  40.62 
 
 		 146 aa  67.8  0.00000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.196428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0230  Fimbrial protein pilin  45.21 
 
 		 161 aa  67.4  0.00000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4819  general secretion pathway protein H  43.59 
 
 		 138 aa  67.4  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.80083  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0927  type IV pilus biogenesis protein  65.45 
 
 		 142 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002546  type IV pilin PilA  60.87 
 
 		 157 aa  66.2  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.790868  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2886  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  41.82 
 
 		 170 aa  65.9  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308484  normal  0.94282 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0461  fimbrial protein precursor PilE (MS11 antigen)  51.61 
 
 		 167 aa  66.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.653734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2629  type IV pilus subunit PilA  65.96 
 
 		 138 aa  66.2  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0477  prepilin-type cleavage/methylation  33.33 
 
 		 148 aa  65.9  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.695821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2200  pilus assembly protein PilA  55 
 
 		 111 aa  65.5  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.360457  hitchhiker  0.000654211 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1866  hypothetical protein  31.79 
 
 		 446 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.287595  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3386  hypothetical protein  31.79 
 
 		 438 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00409988 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60320  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  36.36 
 
 		 141 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000362369 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0475  fimbrial protein pilin  61.36 
 
 		 139 aa  65.5  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0478  prepilin peptidase dependent protein D  40.7 
 
 		 134 aa  65.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183909  normal  0.878303 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  49.18 
 
 		 141 aa  65.1  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  43.18 
 
 		 141 aa  64.7  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0314  general secretion pathway protein  71.43 
 
 		 147 aa  64.7  0.0000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3344  prepilin-type cleavage/methylation  62.26 
 
 		 148 aa  63.9  0.0000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.62769  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1999  fimbrial protein  57.14 
 
 		 153 aa  63.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0476  methylation site containing protein  65.85 
 
 		 141 aa  63.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.991113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  49.09 
 
 		 168 aa  63.5  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0533  general secretion pathway protein H  40.14 
 
 		 161 aa  63.2  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179216  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3388  methylation  69.05 
 
 		 138 aa  62.8  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03468  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  32.87 
 
 		 141 aa  62.8  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3918  methylation site containing protein  73.17 
 
 		 143 aa  63.2  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000265425  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0417  pilin, putative  70.73 
 
 		 138 aa  61.6  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  54.1 
 
 		 140 aa  60.1  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0210  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  36 
 
 		 154 aa  60.5  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103934  normal  0.61486 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  62.75 
 
 		 148 aa  60.5  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1041  putative major pilin subunit  35.26 
 
 		 154 aa  59.7  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.131052 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0421  methylation site containing protein  68.29 
 
 		 142 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000175547  normal  0.0256712 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3370  putative major pilin subunit  35.26 
 
 		 154 aa  59.7  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.981789  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3498  putative major pilin subunit  35.26 
 
 		 154 aa  59.7  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>