252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2666 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2666  diguanylate cyclase  100 
 
 		 487 aa  931    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  29.38 
 
 		 374 aa  116  8.999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  25.87 
 
 		 554 aa  90.1  9e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2979  hypothetical protein  24.01 
 
 		 508 aa  89  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0543453  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1042  two component signal transduction response regulator  30.12 
 
 		 465 aa  71.6  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.472622  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  29.55 
 
 		 298 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.33 
 
 		 704 aa  68.2  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  25.97 
 
 		 688 aa  66.6  0.0000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  25.16 
 
 		 356 aa  67  0.0000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.67 
 
 		 713 aa  66.6  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1760  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 473 aa  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.554911  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0997  hypothetical protein  17.19 
 
 		 398 aa  65.5  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00223972  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  25.16 
 
 		 356 aa  65.9  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.88 
 
 		 563 aa  64.7  0.000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1199  diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 258 aa  64.7  0.000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000341711  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1914  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.59 
 
 		 459 aa  63.5  0.000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.943888  hitchhiker  0.00021307 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  35.66 
 
 		 525 aa  62.4  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.21 
 
 		 792 aa  62.4  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.93 
 
 		 459 aa  61.2  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.195913 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  32.84 
 
 		 381 aa  60.5  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.3 
 
 		 353 aa  60.1  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.16 
 
 		 586 aa  60.1  0.00000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  29.37 
 
 		 470 aa  60.1  0.00000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1658  response regulator/GGDEF domain-containing protein  29.71 
 
 		 458 aa  59.7  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.939598  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1886  diguanylate cyclase  28.68 
 
 		 462 aa  59.3  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  30.46 
 
 		 172 aa  59.3  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.35 
 
 		 362 aa  60.1  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 291 aa  59.3  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 733 aa  58.9  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 382 aa  58.9  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1257  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  35.9 
 
 		 1203 aa  58.9  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3097  diguanylate cyclase  30.68 
 
 		 458 aa  58.9  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.948135  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 307 aa  58.2  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1165  diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 459 aa  58.5  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000192138 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.41 
 
 		 686 aa  58.5  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  28.74 
 
 		 342 aa  57.8  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  24.52 
 
 		 681 aa  57.8  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.41 
 
 		 797 aa  57.8  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  29.66 
 
 		 551 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 785 aa  57.8  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  27.34 
 
 		 353 aa  57.8  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.62 
 
 		 730 aa  57.4  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  33.11 
 
 		 381 aa  57.4  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  29.22 
 
 		 401 aa  57.4  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  26.71 
 
 		 278 aa  57  0.0000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1471  diguanylate cyclase  25.93 
 
 		 439 aa  56.6  0.0000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0563  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.25 
 
 		 451 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.7 
 
 		 348 aa  56.6  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.66 
 
 		 556 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1511  diguanylate cyclase with GAF sensor  22.29 
 
 		 557 aa  55.8  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00005186  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  29.56 
 
 		 680 aa  56.2  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  34.96 
 
 		 498 aa  56.2  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.25 
 
 		 451 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.7 
 
 		 348 aa  56.6  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.3 
 
 		 756 aa  56.6  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0608  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.25 
 
 		 452 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0597995 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 901 aa  55.5  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  31.25 
 
 		 448 aa  55.1  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 464 aa  54.7  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.09 
 
 		 499 aa  55.1  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  30.77 
 
 		 459 aa  54.7  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.61 
 
 		 308 aa  53.9  0.000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  31.11 
 
 		 381 aa  53.9  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1491  diguanylate cyclase  30.91 
 
 		 562 aa  53.5  0.000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.430715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.61 
 
 		 308 aa  53.9  0.000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  26.5 
 
 		 775 aa  53.5  0.000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.9 
 
 		 550 aa  53.5  0.000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  35.24 
 
 		 336 aa  53.5  0.000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  26.32 
 
 		 792 aa  52.8  0.00001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  37.84 
 
 		 721 aa  53.1  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.91 
 
 		 841 aa  53.1  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0634  response regulator  29.37 
 
 		 470 aa  53.1  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00145352  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0726  diguanylate cyclase  28.47 
 
 		 236 aa  52.8  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.914342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.8 
 
 		 710 aa  53.1  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4377  GGDEF  27.97 
 
 		 551 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.85 
 
 		 675 aa  52.4  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 398 aa  52.4  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  34.86 
 
 		 361 aa  52.4  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.58 
 
 		 314 aa  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.15 
 
 		 317 aa  52.4  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.63 
 
 		 540 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 471 aa  52.4  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7359  putative diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 432 aa  52.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.19 
 
 		 407 aa  51.6  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  22.36 
 
 		 1073 aa  52  0.00003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  31.15 
 
 		 836 aa  51.2  0.00004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.54 
 
 		 355 aa  51.2  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  34.51 
 
 		 638 aa  51.2  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  35.16 
 
 		 375 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.57 
 
 		 698 aa  50.4  0.00007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04010  diguanylate cyclase  27.12 
 
 		 556 aa  50.4  0.00007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000479519  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  28.4 
 
 		 717 aa  50.4  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0614  putative GAF sensor protein  24.91 
 
 		 622 aa  50.4  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00376401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 314 aa  50.4  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  29.93 
 
 		 510 aa  50.4  0.00008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  27.34 
 
 		 355 aa  50.4  0.00008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  34.38 
 
 		 375 aa  50.1  0.00009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.47 
 
 		 438 aa  50.1  0.00009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.06 
 
 		 469 aa  49.3  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  32.71 
 
 		 323 aa  49.7  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>