135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0576 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0576  fimbrial protein  100 
 
 		 182 aa  362  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.911674  normal  0.777659 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0840  fimbrial protein  51.28 
 
 		 182 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.555533  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6636  fimbrial protein  42.86 
 
 		 182 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000143091  hitchhiker  0.00000000158442 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1819  fimbrial protein-like protein  43.78 
 
 		 173 aa  111  7.000000000000001e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000380476 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2660  fimbrial protein  40.11 
 
 		 180 aa  105  4e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00247011  hitchhiker  0.00614159 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1675  fimbrial protein  39.56 
 
 		 180 aa  104  7e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0767215  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1786  fimbrial protein  39.56 
 
 		 180 aa  104  7e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000129696  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0054  fimbrial protein  40.43 
 
 		 184 aa  104  8e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4579  fimbrial protein, putative  42.26 
 
 		 186 aa  103  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0065  fimbrial subunit precursor  40.32 
 
 		 184 aa  103  2e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0704887  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4250  major type 1 subunit fimbrin (pilin)  43.02 
 
 		 175 aa  102  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.151797 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5933  fimbrial protein  41.29 
 
 		 195 aa  99.8  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2972  putative fimbrial subunit  40.33 
 
 		 186 aa  97.8  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4961  fimbrial protein  40.64 
 
 		 184 aa  96.7  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0180304  normal  0.126986 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1153  putative fimbrial protein  38.92 
 
 		 186 aa  94  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0561  Fimbrial protein  43.12 
 
 		 179 aa  93.6  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.221625 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6929  Fimbrial protein  38.59 
 
 		 185 aa  90.5  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223669  normal  0.786966 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4022  fimbrial protein  35.22 
 
 		 183 aa  85.9  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1694  fimbrial protein  43.75 
 
 		 209 aa  85.5  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.857438  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1598  frimbrial protein  36.47 
 
 		 181 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368495  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0150  fimbrial protein  36.47 
 
 		 181 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0126  fimbrial protein  36.47 
 
 		 169 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3034  fimbrial protein  36.7 
 
 		 180 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6667  fimbrial protein  38.22 
 
 		 207 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0279989 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0371  fimbrial protein  36.16 
 
 		 178 aa  83.2  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.537377  normal  0.136666 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0433  fimbrial protein  36.16 
 
 		 178 aa  82.8  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.428443  hitchhiker  0.0000242972 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4851  fimbrial protein major subunit  36.16 
 
 		 178 aa  82.8  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.523252  normal  0.0116968 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0373  fimbrial protein  36.69 
 
 		 178 aa  83.2  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.446554  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4958  fimbrial protein major type 1 subunit  36.16 
 
 		 178 aa  82.8  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0414161 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0115  frimbrial protein  35.22 
 
 		 184 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3031  fimbrial protein  34.81 
 
 		 187 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2237  fimbrial protein  37.85 
 
 		 182 aa  74.3  0.0000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0169653 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6670  fimbrial protein  37.34 
 
 		 181 aa  71.6  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.12656 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1149  putative fimbrial protein  40.49 
 
 		 183 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1014  type I pilus biogensis protein FimA  37.02 
 
 		 187 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1363  frimbrial protein  30.27 
 
 		 181 aa  70.1  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.463446  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2695  frimbrial protein  30.27 
 
 		 181 aa  69.7  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0590722  decreased coverage  0.003545 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1475  fimbrial protein  30.27 
 
 		 181 aa  69.7  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11060  putative fimbrial subunit CupB1  34.04 
 
 		 189 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.34054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2163  fimbrial protein  33.52 
 
 		 176 aa  66.2  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2110  fimbrial protein  33.52 
 
 		 176 aa  66.2  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.380081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2272  fimbrial protein  33.52 
 
 		 176 aa  66.2  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5164  fimbrial protein  32.8 
 
 		 200 aa  64.7  0.0000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.312284 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0171  fimbrial protein  31.87 
 
 		 176 aa  64.7  0.0000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0503  fimbrial protein  31.87 
 
 		 176 aa  64.7  0.0000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000550274  hitchhiker  0.00137019 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4042  fimbrial protein  31.87 
 
 		 176 aa  64.7  0.0000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.382298  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2833  fimbrial protein  35.43 
 
 		 202 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0024  fimbrial subunit  34.42 
 
 		 180 aa  62  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.585957  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0022  fimbrial subunit  34.42 
 
 		 180 aa  62  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.267455 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0023  fimbrial protein  34.42 
 
 		 180 aa  62  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.159363  normal  0.0604407 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2870  fimbrial protein  30.93 
 
 		 202 aa  61.6  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0023  fimbrial subunit  34.42 
 
 		 180 aa  62  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.362563  normal  0.242139 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0024  fimbrial subunit  34.42 
 
 		 172 aa  61.6  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.478086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1602  major fimbrial subunit protein  34.84 
 
 		 187 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.543363  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0153  major fimbrial subunit protein  34.84 
 
 		 190 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0129  major fimbrial subunit protein  34.84 
 
 		 190 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1100  fimbrial protein  26.4 
 
 		 179 aa  59.3  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.159551  normal  0.51089 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0118  major fimbrial subunit protein  34.19 
 
 		 181 aa  57.8  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00942  predicted fimbrial-like adhesin protein  25.84 
 
 		 179 aa  57  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.608111  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2705  Fimbrial protein  25.84 
 
 		 179 aa  57  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0296528  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00949  hypothetical protein  25.84 
 
 		 179 aa  57  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.654237  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2658  fimbrial protein  25.84 
 
 		 179 aa  57  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.959086  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2181  putative fimbrial protein  25.32 
 
 		 179 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.614971 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1366  fimbrial protein  30.41 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.326274  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4243  fimbrial protein  29.74 
 
 		 190 aa  56.6  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1478  fimbrial protein  30.41 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.104156  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4922  fimbrial protein  32.03 
 
 		 174 aa  57  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4096  long polar fimbrial operon protein LpfA  29.74 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.161781 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4193  long polar fimbrial operon protein LpfA  29.74 
 
 		 190 aa  56.6  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59710  putative fimbrial protein precursor  34.55 
 
 		 182 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  1.45565e-17  hitchhiker  1.06825e-18 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1277  fimbrial protein  29.88 
 
 		 186 aa  55.5  0.0000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.244383 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3393  fimbrial protein  30.54 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4153  fimbrial protein  33 
 
 		 194 aa  54.7  0.0000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3962  long polar fimbria protein A  32.68 
 
 		 174 aa  54.7  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4023  long polar fimbria protein A  32.68 
 
 		 174 aa  54.7  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3918  long polar fimbria protein A  32.68 
 
 		 174 aa  54.7  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.817058 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37060  fimbrial subunit CupA1  37.14 
 
 		 183 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3853  long polar fimbria protein A  32.69 
 
 		 174 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3023  fimbrial subunit CupA1  33.33 
 
 		 182 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.143377  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2872  fimbrial protein  30.48 
 
 		 181 aa  53.5  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1053  fimbrial protein  28.65 
 
 		 180 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.165848  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2380  fimbrial protein  28.65 
 
 		 180 aa  52.8  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2233  fimbrial subunit  32.2 
 
 		 176 aa  52  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0918187  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2033  fimbrial protein  32.2 
 
 		 176 aa  52  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.833658  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2090  fimbrial protein  32.2 
 
 		 176 aa  52  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2060  FimA  34.44 
 
 		 210 aa  51.6  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.12007  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0298  fimbrial protein  34.16 
 
 		 180 aa  51.2  0.000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1146  fimbrial protein  34.27 
 
 		 170 aa  50.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.541309  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1626  fimbrial protein  34.27 
 
 		 170 aa  50.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1655  FimA  34.44 
 
 		 170 aa  50.8  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0316225  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1896  fimbrial protein  34.44 
 
 		 170 aa  50.8  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0170475  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1909  fimbrial protein  34.44 
 
 		 170 aa  50.8  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.783563  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1601  fimbrial protein  34.27 
 
 		 170 aa  50.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.406485 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0589  type-1 fimbrial protein, A chain  31.11 
 
 		 185 aa  50.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.108306  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0196  putative fimbrial protein  29.45 
 
 		 183 aa  50.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.700219  normal  0.468344 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0192  putative fimbrial subunit  26.37 
 
 		 179 aa  49.3  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0591  type-1 fimbrial protein subunit A  32.43 
 
 		 185 aa  49.7  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.645033  normal  0.190697 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0588  type-1 fimbrial protein, A chain  30.56 
 
 		 185 aa  48.9  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0138802 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0596  type-1 fimbrial protein subunit A  31.21 
 
 		 185 aa  48.9  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0272864 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0193  putative fimbrial subunit  26.37 
 
 		 179 aa  48.5  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>