122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4962 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4962  HAD family hydrolase  100 
 
 		 266 aa  545  1e-154  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0536074  normal  0.0487746 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5667  2-haloalkanoic acid dehalogenase  71.98 
 
 		 239 aa  342  2.9999999999999997e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5595  HAD family hydrolase  67.69 
 
 		 237 aa  319  3e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.606287 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2913  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 2 (HAD-like)  67.81 
 
 		 238 aa  316  3e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5305  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 2 (HAD-like)  66.95 
 
 		 237 aa  315  5e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.732123 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5007  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 2 (HAD-like)  66.96 
 
 		 237 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.44842 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1921  hypothetical protein  64.47 
 
 		 236 aa  290  1e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0045  HAD family hydrolase  49.57 
 
 		 236 aa  219  3.9999999999999997e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5608  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 2 (HAD-like)  50.43 
 
 		 241 aa  213  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2178  HAD family hydrolase  48.48 
 
 		 232 aa  206  5e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.392774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5528  HAD family hydrolase  46.81 
 
 		 243 aa  202  5e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4991  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 2 (HAD-like)  46.84 
 
 		 243 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3645  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 2 (HAD-like)  46.29 
 
 		 248 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319882  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1510  HAD family hydrolase  42.61 
 
 		 237 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0822066  normal  0.0822961 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6581  HAD family hydrolase  41.45 
 
 		 236 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.413006  normal  0.229645 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6150  haloacid dehalogenase, type II  41.88 
 
 		 237 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2306  HAD family hydrolase  33.47 
 
 		 241 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.945168 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5659  HAD family hydrolase  34.5 
 
 		 242 aa  125  9e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0901  haloacid dehalogenase, type II  33.19 
 
 		 231 aa  112  5e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0736  haloacid dehalogenase, type II  31.56 
 
 		 223 aa  102  6e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.439384  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02539  haloalkanoic acid dehalogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G14460)  28.75 
 
 		 297 aa  98.2  1e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_09518  haloalkanoic acid dehalogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G14460)  28.75 
 
 		 243 aa  97.8  2e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4292  HAD family hydrolase  29.36 
 
 		 230 aa  95.9  6e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5662  HAD family hydrolase  31.14 
 
 		 247 aa  92  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.604957  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0774  HAD family hydrolase  28 
 
 		 222 aa  86.3  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.59732 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4968  haloacid dehalogenase, type II  27.98 
 
 		 234 aa  85.5  9e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834572  normal  0.042093 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6447  haloacid dehalogenase, type II  28.02 
 
 		 222 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.868203  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6682  haloacid dehalogenase, type II  28.02 
 
 		 222 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3076  haloacid dehalogenase, type II  29.44 
 
 		 222 aa  81.3  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.325945  normal  0.0389306 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6351  haloacid dehalogenase, type II  27.59 
 
 		 222 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6279  haloacid dehalogenase, type II  27.59 
 
 		 222 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.138045  normal  0.720875 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6055  haloacid dehalogenase, type II  27.59 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5674  haloacid dehalogenase, type II  28.51 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.799696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0250  HAD family hydrolase  31.4 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.204333  normal  0.0355708 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0286  HAD family hydrolase  30.58 
 
 		 225 aa  77.8  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1918  2-haloacid halidohydrolase IVA  27.67 
 
 		 222 aa  73.9  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0322  HAD family hydrolase  28.69 
 
 		 234 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5598  haloacid dehalogenase, type II  27.48 
 
 		 222 aa  72.8  0.000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.789789 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0056  haloacid dehalogenase, type II  27.86 
 
 		 221 aa  72  0.000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5903  haloacid dehalogenase, type II  25.97 
 
 		 222 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5670  haloacid dehalogenase type II  27.59 
 
 		 222 aa  71.2  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6092  haloacid dehalogenase, type II  25.87 
 
 		 222 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.350061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1547  haloacid dehalogenase, type II  28.57 
 
 		 222 aa  71.2  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.503697  normal  0.912077 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5015  haloacid dehalogenase, type II  28.11 
 
 		 222 aa  70.5  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308174  normal  0.51159 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4415  haloacid dehalogenase, type II  28 
 
 		 222 aa  70.5  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5842  haloacid dehalogenase, type II  26.87 
 
 		 234 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2185  haloacid dehalogenase, type II  30 
 
 		 221 aa  68.9  0.00000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2910  haloacid dehalogenase, type II  26.44 
 
 		 222 aa  68.9  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0247  haloacid dehalogenase, type II  30.15 
 
 		 222 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1493  HAD family hydrolase  26 
 
 		 222 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00259091 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6593  haloacid dehalogenase, type II  24.87 
 
 		 222 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.838711 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3802  haloacid dehalogenase, type II  26.4 
 
 		 235 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.303335 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0159  HAD family hydrolase  29.65 
 
 		 222 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5632  haloacid dehalogenase, type II  27.92 
 
 		 221 aa  65.1  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3757  haloacid dehalogenase, type II  27.92 
 
 		 223 aa  63.9  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2786  haloacid dehalogenase, type II  26.51 
 
 		 241 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6423  haloacid dehalogenase, type II  24.9 
 
 		 234 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.599394 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0739  haloacid dehalogenase, type II  26.24 
 
 		 233 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.42181  normal  0.827752 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6135  haloacid dehalogenase, type II  24.9 
 
 		 234 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5542  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 2 (HAD-like)  23.53 
 
 		 226 aa  56.2  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.350775 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2814  haloacid dehalogenase, type II  26.44 
 
 		 242 aa  55.8  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0540446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3446  haloacid dehalogenase, type II  25.93 
 
 		 266 aa  55.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.301788 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1791  HAD family hydrolase  27.87 
 
 		 240 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0351964 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2963  haloacid dehalogenase, type II  28.9 
 
 		 241 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53790  putative haloacid dehalogenase  26.24 
 
 		 233 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0417823  normal  0.160959 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4708  putative haloacid dehalogenase  26.24 
 
 		 233 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.301624  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3474  haloacid dehalogenase, type II  25.1 
 
 		 240 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0637675 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2947  haloacid dehalogenase, type II  23.68 
 
 		 224 aa  53.9  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4315  haloacid dehalogenase, type II  24.69 
 
 		 266 aa  53.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.103346  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4051  haloacid dehalogenase, type II  24.69 
 
 		 266 aa  53.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3998  putative (S)-2-haloacid dehalogenase  26.04 
 
 		 239 aa  52.8  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.666733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3953  haloacid dehalogenase, type II  25.62 
 
 		 252 aa  52.8  0.000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.797127  normal  0.122028 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3206  haloacid dehalogenase, type II  23.44 
 
 		 228 aa  52.8  0.000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0108  haloacid dehalogenase, type II  27.1 
 
 		 239 aa  52.4  0.000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2498  haloacid dehalogenase, type II  26.19 
 
 		 242 aa  51.2  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0700401  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2563  HAD family hydrolase  28.03 
 
 		 256 aa  51.2  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.764506  normal  0.125502 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2054  phosphoglycolate phosphatase  29.06 
 
 		 225 aa  50.4  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.203866 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2972  HAD family hydrolase  31.75 
 
 		 231 aa  50.4  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0648694 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2564  HAD family hydrolase  27.43 
 
 		 231 aa  50.1  0.00004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0054388 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2027  haloacid dehalogenase, type II  23.14 
 
 		 240 aa  49.7  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.253695  normal  0.218956 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2493  hydrolase  30.69 
 
 		 235 aa  49.7  0.00005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.668245 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1654  2-haloacid dehalogenase  26.47 
 
 		 251 aa  49.7  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1514  phosphoglycolate phosphatase  28.63 
 
 		 243 aa  48.9  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00414525  decreased coverage  0.0000736152 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4737  haloacid dehalogenase, type II  22.84 
 
 		 279 aa  48.5  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1310  haloacid dehalogenase, type II  23.95 
 
 		 240 aa  48.1  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3387  phosphoglycolate phosphatase  28.45 
 
 		 225 aa  47.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0781845 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2999  HAD family hydrolase  32.67 
 
 		 259 aa  48.1  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.42477 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1576  HAD family hydrolase  26.02 
 
 		 225 aa  47.8  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1642  HAD family hydrolase  26.02 
 
 		 225 aa  47.8  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2716  haloacid dehalogenase type II  22.27 
 
 		 227 aa  47.8  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.28006 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2075  HAD family hydrolase  28.68 
 
 		 256 aa  47  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0507  haloacid dehalogenase, type II  25.6 
 
 		 240 aa  47  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.817391  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0093  haloacid dehalogenase, type II  25.13 
 
 		 203 aa  46.6  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0102  haloacid dehalogenase, type II  25.13 
 
 		 203 aa  46.6  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0923081 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0083  haloacid dehalogenase, type II  23.9 
 
 		 234 aa  46.2  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.767236  normal  0.307849 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1995  HAD family hydrolase  28.89 
 
 		 215 aa  45.4  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.273033 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6883  phosphoglycolate phosphatase  35.29 
 
 		 219 aa  45.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2014  HAD family hydrolase  27.94 
 
 		 231 aa  44.7  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1389  haloacid dehalogenase, type II  25.94 
 
 		 237 aa  44.3  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0325211  normal  0.752698 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2070  haloacid dehalogenase, type II  26.97 
 
 		 255 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.421316  normal  0.779082 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>