217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2498 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2498  haloacid dehalogenase, type II  100 
 
 		 242 aa  494  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0700401  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2963  haloacid dehalogenase, type II  84.52 
 
 		 241 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2814  haloacid dehalogenase, type II  73.14 
 
 		 242 aa  363  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0540446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3998  putative (S)-2-haloacid dehalogenase  73.19 
 
 		 239 aa  360  9e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.666733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2786  haloacid dehalogenase, type II  71.91 
 
 		 241 aa  357  8e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1404  haloacid dehalogenase, type II  55.74 
 
 		 346 aa  246  3e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1601  haloacid dehalogenase, type II  55.74 
 
 		 346 aa  246  3e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.321746  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2536  haloacid dehalogenase, type II  55.74 
 
 		 344 aa  246  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.762748  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0260  haloacid dehalogenase, type II  55.51 
 
 		 336 aa  246  3e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0962  haloacid dehalogenase, type II  55.51 
 
 		 316 aa  245  4e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0223  haloacid dehalogenase, type II  55.51 
 
 		 240 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.285633  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0507  haloacid dehalogenase, type II  54.24 
 
 		 240 aa  241  7e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.817391  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4708  putative haloacid dehalogenase  51.72 
 
 		 233 aa  241  9e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.301624  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53790  putative haloacid dehalogenase  51.72 
 
 		 233 aa  241  9e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0417823  normal  0.160959 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0739  haloacid dehalogenase, type II  49.36 
 
 		 233 aa  231  5e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.42181  normal  0.827752 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0108  haloacid dehalogenase, type II  49.79 
 
 		 239 aa  230  1e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0083  haloacid dehalogenase, type II  52.77 
 
 		 234 aa  230  1e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.767236  normal  0.307849 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4539  haloacid dehalogenase, type II  46.38 
 
 		 239 aa  226  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0366562  normal  0.757002 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4220  haloacid dehalogenase, type II  46.81 
 
 		 242 aa  225  4e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1310  haloacid dehalogenase, type II  50.22 
 
 		 240 aa  225  6e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3474  haloacid dehalogenase, type II  47.88 
 
 		 240 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0637675 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5600  haloacid dehalogenase, type II  49.58 
 
 		 240 aa  223  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4315  haloacid dehalogenase, type II  47.46 
 
 		 266 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.103346  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4051  haloacid dehalogenase, type II  47.46 
 
 		 266 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3446  haloacid dehalogenase, type II  47.46 
 
 		 266 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.301788 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3953  haloacid dehalogenase, type II  46.61 
 
 		 252 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.797127  normal  0.122028 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1485  haloacid dehalogenase, type II  46.41 
 
 		 235 aa  219  1.9999999999999999e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0508  haloacid dehalogenase, type II  50.62 
 
 		 245 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0228305  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2027  haloacid dehalogenase, type II  45.34 
 
 		 240 aa  215  5e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.253695  normal  0.218956 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1029  haloacid dehalogenase, type II  46.55 
 
 		 241 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1108  haloacid dehalogenase, type II  46.12 
 
 		 241 aa  212  4.9999999999999996e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3493  haloacid dehalogenase, type II  46.98 
 
 		 237 aa  208  8e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.017334  normal  0.49554 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0093  haloacid dehalogenase, type II  55.45 
 
 		 203 aa  206  3e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0102  haloacid dehalogenase, type II  55.45 
 
 		 203 aa  206  3e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0923081 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3206  haloacid dehalogenase, type II  43.78 
 
 		 228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1791  HAD family hydrolase  44.4 
 
 		 240 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0351964 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1324  haloacid dehalogenase, type II  45.69 
 
 		 240 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3706  haloacid dehalogenase, type II  45.8 
 
 		 242 aa  182  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4382  haloacid dehalogenase, type II  44.64 
 
 		 233 aa  174  8e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2679  haloacid dehalogenase, type II  58.11 
 
 		 149 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.154065  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3414  haloacid dehalogenase, type II  41.03 
 
 		 233 aa  161  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.392985 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0492  haloacid dehalogenase, type II  40.83 
 
 		 232 aa  160  2e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4408  haloacid dehalogenase, type II  40.6 
 
 		 233 aa  159  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3008  haloacid dehalogenase, type II  42.11 
 
 		 248 aa  158  6e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.21479 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5331  haloacid dehalogenase, type II  40.77 
 
 		 233 aa  158  9e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.416578  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05830  haloacid dehalogenase, type II (AFU_orthologue; AFUA_2G07750)  36.19 
 
 		 263 aa  148  6e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.675232 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6423  haloacid dehalogenase, type II  30.1 
 
 		 234 aa  99.4  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.599394 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6135  haloacid dehalogenase, type II  29.61 
 
 		 234 aa  99.4  5e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0447  haloacid dehalogenase, type II  29.52 
 
 		 230 aa  92.4  6e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.399561 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2716  haloacid dehalogenase type II  30.15 
 
 		 227 aa  86.3  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.28006 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2680  haloacid dehalogenase, type II  56.94 
 
 		 99 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.202486  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10473  Cryptic haloacid dehalogenase 1  30.69 
 
 		 222 aa  70.5  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.236103  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3130  haloacid dehalogenase, type II  29.33 
 
 		 224 aa  65.9  0.0000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0275  haloacid dehalogenase, type II  43 
 
 		 227 aa  63.5  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2025  HAD family hydrolase  26.63 
 
 		 223 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0440204 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0599  haloacid dehalogenase, type II  27.86 
 
 		 225 aa  60.1  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.713052 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0978  haloacid dehalogenase, type II  26.24 
 
 		 247 aa  60.1  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4737  haloacid dehalogenase, type II  22.93 
 
 		 279 aa  59.7  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4292  HAD family hydrolase  24.88 
 
 		 230 aa  58.9  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3956  haloacid dehalogenase, type II  33.33 
 
 		 260 aa  58.5  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0901  haloacid dehalogenase, type II  24.9 
 
 		 231 aa  58.2  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3515  haloacid dehalogenase, type II  28.86 
 
 		 224 aa  57.8  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.174925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0969  HAD family hydrolase  25.56 
 
 		 225 aa  57.8  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1654  2-haloacid dehalogenase  26.73 
 
 		 251 aa  57  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1783  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 1  29.38 
 
 		 222 aa  57  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0250  HAD family hydrolase  26.47 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.204333  normal  0.0355708 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2198  haloacid dehalogenase, type II  24.52 
 
 		 230 aa  57  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6192  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 2 (HAD-like)  24.4 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.544063  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0286  HAD family hydrolase  25.98 
 
 		 225 aa  55.8  0.0000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1301  haloacid dehalogenase, type II  25.24 
 
 		 232 aa  55.5  0.0000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0171222  normal  0.0801733 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2479  phosphoglycolate phosphatase  27.9 
 
 		 228 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0669626  normal  0.547058 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2233  phosphoglycolate phosphatase  25.23 
 
 		 238 aa  55.1  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.25252  normal  0.513173 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1235  haloacid dehalogenase, type II  25.36 
 
 		 232 aa  54.7  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.194686  normal  0.923531 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1202  haloacid dehalogenase, type II  31.69 
 
 		 223 aa  54.7  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.673793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5821  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 2 (HAD-like)  27 
 
 		 223 aa  55.1  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.544479  normal  0.692522 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4905  hypothetical protein  27.18 
 
 		 224 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0453  haloacid dehalogenase, type II  25.37 
 
 		 225 aa  53.5  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1279  CbbY family protein  25.42 
 
 		 230 aa  52.8  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.183021  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2938  HAD family hydrolase  25.42 
 
 		 230 aa  52.8  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02539  haloalkanoic acid dehalogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G14460)  23.81 
 
 		 297 aa  51.2  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_09518  haloalkanoic acid dehalogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G14460)  23.81 
 
 		 243 aa  51.6  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4940  L-2-haloalkanoic acid dehalogenase  26.67 
 
 		 224 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4367  haloacid dehalogenase, type II  24.88 
 
 		 227 aa  51.6  0.00001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.318125  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4618  HAD family hydrolase  26.26 
 
 		 224 aa  51.6  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1673  haloacid dehalogenase, type II  27.42 
 
 		 223 aa  51.6  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0642121  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4962  HAD family hydrolase  26.19 
 
 		 266 aa  51.2  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0536074  normal  0.0487746 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1388  haloacid dehalogenase  22.73 
 
 		 234 aa  50.8  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3180  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 2 (HAD-like)  29.55 
 
 		 236 aa  50.4  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.177133  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6581  HAD family hydrolase  25 
 
 		 236 aa  50.8  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.413006  normal  0.229645 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3811  haloacid dehalogenase, type II  29.23 
 
 		 226 aa  50.1  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.277165  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3177  phosphoglycolate phosphatase  26.14 
 
 		 246 aa  50.1  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3116  HAD family hydrolase  28.68 
 
 		 249 aa  49.7  0.00004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3570  haloacid dehalogenase, type II  26.57 
 
 		 229 aa  49.7  0.00004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0754891  normal  0.0443573 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4906  hypothetical protein  26.15 
 
 		 223 aa  49.7  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.792086  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3955  haloacid dehalogenase, type II  26.29 
 
 		 226 aa  49.3  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0403  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  27.18 
 
 		 215 aa  49.7  0.00005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1952  HAD family hydrolase  25.11 
 
 		 233 aa  49.3  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.478316  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2446  phosphoglycolate phosphatase  27.82 
 
 		 225 aa  49.7  0.00005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02868  hydrolase  28.03 
 
 		 245 aa  49.3  0.00005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2236  haloacid dehalogenase, type II  21.39 
 
 		 222 aa  49.7  0.00005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.765842  normal  0.282262 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>