More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0275 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0275  haloacid dehalogenase, type II  100 
 
 
227 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3956  haloacid dehalogenase, type II  66.82 
 
 
260 aa  305  3e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00421  Cryptic haloacid dehalogenase 1  47.95 
 
 
241 aa  226  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10473  Cryptic haloacid dehalogenase 1  45.21 
 
 
222 aa  197  2.0000000000000003e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.236103  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2564  haloacid dehalogenase, type II  41.36 
 
 
253 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.332654  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02344  Cryptic haloacid dehalogenase 1  64.66 
 
 
123 aa  164  6.9999999999999995e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.906915  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0968  haloacid dehalogenase, type II  38.84 
 
 
231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000314447 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1396  haloacid dehalogenase, type II  38.84 
 
 
231 aa  162  5.0000000000000005e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.430532  normal  0.787834 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0599  haloacid dehalogenase, type II  37.33 
 
 
225 aa  149  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.713052 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3515  haloacid dehalogenase, type II  39.17 
 
 
224 aa  146  3e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.174925  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3130  haloacid dehalogenase, type II  34.55 
 
 
224 aa  142  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1645  haloacid dehalogenase, type II  34.08 
 
 
243 aa  142  5e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0249  HAD superfamily hydrolase  32.73 
 
 
224 aa  139  3e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5153  haloacid dehalogenase, type II  34.23 
 
 
228 aa  125  7e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0530  haloacid dehalogenase, type II  29.3 
 
 
229 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5186  haloacid dehalogenase, type II  29.3 
 
 
229 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.828389  normal  0.288245 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4920  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 2 (HAD-like)  33.04 
 
 
223 aa  107  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.175084  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2236  haloacid dehalogenase, type II  28.05 
 
 
222 aa  105  4e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.765842  normal  0.282262 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2713  haloacid dehalogenase, type II  30.22 
 
 
226 aa  102  7e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5721  haloacid dehalogenase, type II  31.22 
 
 
234 aa  101  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0014238 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2026  haloacid dehalogenase, type II  30.04 
 
 
228 aa  100  1e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0563733 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3955  haloacid dehalogenase, type II  28.76 
 
 
226 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3811  haloacid dehalogenase, type II  28.32 
 
 
226 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.277165  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1202  haloacid dehalogenase, type II  30.32 
 
 
223 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.673793  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2142  haloacid dehalogenase, type II  31.08 
 
 
226 aa  100  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000781607  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3868  haloacid dehalogenase, type II  27.85 
 
 
226 aa  95.9  4e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4165  haloacid dehalogenase, type II  30.13 
 
 
239 aa  94  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2901  L-2-haloalkanoic acid dehalogenase, HAD superfamily protein  27.85 
 
 
225 aa  93.6  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.674247 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3570  haloacid dehalogenase, type II  29 
 
 
229 aa  93.2  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0754891  normal  0.0443573 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3098  haloacid dehalogenase, type II  28.77 
 
 
227 aa  92.8  4e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.651364  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1673  haloacid dehalogenase, type II  31.19 
 
 
223 aa  92.8  4e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0642121  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4499  haloacid dehalogenase, type II  31.22 
 
 
225 aa  92  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.191667  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2254  haloacid dehalogenase, type II  27.19 
 
 
233 aa  91.3  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00115148  normal  0.719984 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1658  haloacid dehalogenase, type II  27.39 
 
 
228 aa  90.5  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00863248  normal  0.745098 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3726  haloacid dehalogenase, type II  28.9 
 
 
228 aa  90.1  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000162438  normal  0.339167 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0978  haloacid dehalogenase, type II  29.9 
 
 
247 aa  89.4  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0158  2-haloacid dehalogenase  28.02 
 
 
236 aa  89  6e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1301  haloacid dehalogenase, type II  24.55 
 
 
232 aa  87.4  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0171222  normal  0.0801733 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1235  haloacid dehalogenase, type II  24.55 
 
 
232 aa  87.4  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.194686  normal  0.923531 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2616  haloacid dehalogenase, type II  27.32 
 
 
260 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0354122  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5307  haloacid dehalogenase, type II  30.3 
 
 
234 aa  87  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.031599 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6423  haloacid dehalogenase, type II  27.43 
 
 
234 aa  86.3  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.599394 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6135  haloacid dehalogenase, type II  26.99 
 
 
234 aa  85.5  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2517  haloacid dehalogenase, type II  25.91 
 
 
227 aa  85.1  8e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.280833  normal  0.373224 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1654  2-haloacid dehalogenase  25.91 
 
 
251 aa  84.3  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4679  haloacid dehalogenase, type II  29.05 
 
 
246 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0171  haloacid dehalogenase, type II  25.79 
 
 
224 aa  82.8  0.000000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.523643  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2489  haloacid dehalogenase, type II  24.38 
 
 
271 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.154459  hitchhiker  0.000896523 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1362  putative 2-haloalkanoic acid dehalogenase protein  23.66 
 
 
233 aa  81.6  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1226  haloacid dehalogenase, type II  25.55 
 
 
253 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.613669  normal  0.177429 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1364  haloacid dehalogenase, type II  26.83 
 
 
267 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0919236  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2474  haloacid dehalogenase, type II  26.83 
 
 
258 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.168146  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1589  haloacid dehalogenase, type II  26.83 
 
 
260 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.126144  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3221  haloacid dehalogenase, type II  26.83 
 
 
267 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.726743  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2527  haloacid dehalogenase, type II  26.83 
 
 
267 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2091  haloacid dehalogenase, type II  26.83 
 
 
267 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00337197  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6026  haloacid dehalogenase, type II  25.11 
 
 
255 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.414052  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2051  haloacid dehalogenase, type II  25.11 
 
 
255 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.255902  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2070  haloacid dehalogenase, type II  25.11 
 
 
255 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.421316  normal  0.779082 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0453  haloacid dehalogenase, type II  25.89 
 
 
225 aa  80.9  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2046  haloacid dehalogenase, type II  24.34 
 
 
227 aa  80.9  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2128  haloacid dehalogenase, type II  27.8 
 
 
198 aa  79.7  0.00000000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  hitchhiker  0.00190875  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1648  HAD family hydrolase  24.69 
 
 
270 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.322198  normal  0.025801 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1951  haloacid dehalogenase, type II  26.13 
 
 
222 aa  79  0.00000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1952  HAD family hydrolase  23.45 
 
 
233 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.478316  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1995  haloacid dehalogenase, type II  26.83 
 
 
251 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.018403  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0565  haloacid dehalogenase, type II  28.99 
 
 
217 aa  77.4  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0566  haloacid dehalogenase, type II  28.99 
 
 
255 aa  77.4  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1953  haloacid dehalogenase, type II  25.11 
 
 
253 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.438446  normal  0.480955 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2083  haloacid dehalogenase, type II  25.11 
 
 
253 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2198  haloacid dehalogenase, type II  23.15 
 
 
230 aa  75.9  0.0000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4516  haloacid dehalogenase, type II  25.22 
 
 
242 aa  75.5  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal  0.435146 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2700  haloacid dehalogenase, type II  27.18 
 
 
227 aa  74.3  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0174983  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5360  haloacid dehalogenase, type II  24.67 
 
 
253 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.068509  normal  0.238794 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6092  haloacid dehalogenase, type II  28 
 
 
222 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.350061  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1493  HAD family hydrolase  28 
 
 
222 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259091 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4367  haloacid dehalogenase, type II  23.61 
 
 
227 aa  74.7  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.318125  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0461  haloacid dehalogenase, type II  24.78 
 
 
240 aa  74.3  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.396268 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5265  pyrophosphatase PpaX  37.29 
 
 
216 aa  73.2  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0582  haloacid dehalogenase, type II  28.64 
 
 
220 aa  73.2  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.618635  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1389  haloacid dehalogenase, type II  23.87 
 
 
237 aa  73.2  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0325211  normal  0.752698 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3619  haloacid dehalogenase, type II  27.31 
 
 
224 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4839  pyrophosphatase PpaX  37.29 
 
 
216 aa  72.8  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0447  haloacid dehalogenase, type II  29.55 
 
 
230 aa  72.8  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.399561 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4854  pyrophosphatase PpaX  37.29 
 
 
216 aa  72.8  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1310  haloacid dehalogenase, type II  39.85 
 
 
240 aa  72.8  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2700  (S)-2-haloacid dehalogenase  26.01 
 
 
229 aa  72.8  0.000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4954  pyrophosphatase PpaX  38.14 
 
 
215 aa  73.2  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5322  pyrophosphatase PpaX  37.29 
 
 
216 aa  72.8  0.000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5280  pyrophosphatase PpaX  37.29 
 
 
216 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5677  pyrophosphatase PpaX  37.29 
 
 
216 aa  72.8  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5246  pyrophosphatase PpaX  37.29 
 
 
216 aa  72  0.000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1768  haloacid dehalogenase, type II  22.69 
 
 
237 aa  71.6  0.000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.610342  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0108  haloacid dehalogenase, type II  42.86 
 
 
239 aa  71.2  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1452  haloacid dehalogenase, type II  27.86 
 
 
225 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0186268  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0860  haloacid dehalogenase, type II  27.18 
 
 
220 aa  71.2  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.427031  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5010  pyrophosphatase PpaX  36.44 
 
 
216 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5390  pyrophosphatase PpaX  36.44 
 
 
216 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3582  haloacid dehalogenase, type II  25.31 
 
 
255 aa  70.1  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3296  haloacid dehalogenase, type II  27.06 
 
 
224 aa  69.7  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.565366  normal  0.796791 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>