More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3387 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3387  phosphoglycolate phosphatase  100 
 
 		 225 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0781845 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2054  phosphoglycolate phosphatase  94.22 
 
 		 225 aa  424  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.203866 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2193  phosphoglycolate phosphatase  85.65 
 
 		 225 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.83571  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3482  phosphoglycolate phosphatase  75.78 
 
 		 228 aa  346  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.981101 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2075  phosphoglycolate phosphatase  73.76 
 
 		 228 aa  315  4e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.299627  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1479  phosphoglycolate phosphatase  71.9 
 
 		 231 aa  313  9.999999999999999e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.781791  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1220  phosphoglycolate phosphatase  70.23 
 
 		 225 aa  296  1e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2701  phosphoglycolate phosphatase  52.61 
 
 		 230 aa  221  7e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364651  normal  0.0856305 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0118  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 1  48.37 
 
 		 232 aa  212  2.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0954  phosphoglycolate phosphatase  51.13 
 
 		 233 aa  209  3e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1296  phosphoglycolate phosphatase  50.68 
 
 		 233 aa  207  9e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0205291  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2571  phosphoglycolate phosphatase  47.51 
 
 		 233 aa  195  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0542226 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2296  phosphoglycolate phosphatase  47.51 
 
 		 233 aa  195  5.000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.75758  normal  0.0287022 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2252  phosphoglycolate phosphatase  49.32 
 
 		 233 aa  194  6e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.191906  normal  0.672709 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0877  phosphoglycolate phosphatase  46.51 
 
 		 227 aa  194  9e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.336164  normal  0.0645651 
 
 
-
 
NC_004310  BR1008  phosphoglycolate phosphatase  44.39 
 
 		 234 aa  193  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1574  phosphoglycolate phosphatase  47.93 
 
 		 227 aa  193  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0357575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0975  phosphoglycolate phosphatase  43.93 
 
 		 234 aa  192  3e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190554  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2091  phosphoglycolate phosphatase  43.27 
 
 		 233 aa  191  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2080  phosphoglycolate phosphatase  47.85 
 
 		 237 aa  190  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1458  phosphoglycolate phosphatase  45.02 
 
 		 231 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.677189  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3547  phosphoglycolate phosphatase  47.22 
 
 		 238 aa  182  3e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2233  phosphoglycolate phosphatase  43.78 
 
 		 238 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.25252  normal  0.513173 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1089  phosphoglycolate phosphatase  42.15 
 
 		 227 aa  177  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.396739  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2014  phosphoglycolate phosphatase  41.94 
 
 		 236 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4555  phosphoglycolate phosphatase  47.12 
 
 		 461 aa  172  3.9999999999999995e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.82365  normal  0.133597 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3219  phosphoglycolate phosphatase  52.94 
 
 		 232 aa  168  6e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1198  phosphoglycolate phosphatase  42.86 
 
 		 223 aa  153  2.9999999999999998e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.042458  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0969  phosphoglycolate phosphatase  40.09 
 
 		 229 aa  145  4.0000000000000006e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.829291 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1295  HAD-superfamily hydrolase  42.34 
 
 		 224 aa  140  9.999999999999999e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.647127  normal  0.296731 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1371  phosphoglycolate phosphatase  44.13 
 
 		 222 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.203788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3193  phosphoglycolate phosphatase  39.02 
 
 		 250 aa  139  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1187  phosphoglycolate phosphatase  39.06 
 
 		 218 aa  135  4e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00990405  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2504  phosphoglycolate phosphatase  39.01 
 
 		 229 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.900598  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1166  HAD family hydrolase  39.01 
 
 		 229 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.779812  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0783  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 1  39.8 
 
 		 222 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6944  phosphoglycolate phosphatase  39.17 
 
 		 257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2015  HAD family hydrolase  39.01 
 
 		 237 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.260233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3998  phosphoglycolate phosphatase  38.97 
 
 		 226 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.739792  normal  0.543367 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0925  phosphoglycolate phosphatase  36.71 
 
 		 224 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2083  phosphoglycolate phosphatase  36.67 
 
 		 226 aa  125  5e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.609164  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2274  phosphoglycolate phosphatase  39.18 
 
 		 216 aa  125  5e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2251  phosphoglycolate phosphatase  36.87 
 
 		 229 aa  124  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0006  phosphoglycolate phosphatase  34.8 
 
 		 226 aa  124  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.537352  normal  0.527818 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2847  phosphoglycolate phosphatase  35.81 
 
 		 227 aa  123  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.212796  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3246  phosphoglycolate phosphatase  35.81 
 
 		 227 aa  123  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.181824  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2760  putative phosphoglycolate phosphatase  38.89 
 
 		 221 aa  122  5e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0219607 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0766  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 1  37.56 
 
 		 222 aa  121  8e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1985  phosphoglycolate phosphatase  34.93 
 
 		 223 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.554471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0729  HAD family hydrolase  36.07 
 
 		 225 aa  121  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0945  putative 2-phosphoglycolate phosphatase  39.58 
 
 		 226 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2290  HAD family hydrolase  36.65 
 
 		 223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.783453  normal  0.134252 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1823  phosphoglycolate phosphatase  37.88 
 
 		 224 aa  118  7.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1500  phosphoglycolate phosphatase  37.88 
 
 		 224 aa  118  7.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0783789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0710  phosphoglycolate phosphatase  36.11 
 
 		 218 aa  118  9e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.113573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4786  phosphoglycolate phosphatase  37.44 
 
 		 272 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.602175 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1630  phosphoglycolate phosphatase  37.7 
 
 		 224 aa  116  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0752  phosphoglycolate phosphatase  37.67 
 
 		 272 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07930  phosphoglycolate phosphatase  37.67 
 
 		 272 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282972 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0230  phosphoglycolate phosphatase  37.67 
 
 		 232 aa  115  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.135549  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2581  phosphoglycolate phosphatase  37.61 
 
 		 221 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3722  phosphoglycolate phosphatase  37.67 
 
 		 232 aa  115  3.9999999999999997e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0244843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3961  phosphoglycolate phosphatase  37.67 
 
 		 232 aa  115  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.512442  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0265  phosphoglycolate phosphatase  33.33 
 
 		 227 aa  115  5e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1573  phosphoglycolate phosphatase  37.7 
 
 		 229 aa  115  6e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0617  HAD family hydrolase  39.56 
 
 		 224 aa  115  7.999999999999999e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.422175  normal  0.344237 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2878  phosphoglycolate phosphatase  34.11 
 
 		 226 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2229  phosphoglycolate phosphatase  34.7 
 
 		 227 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.40738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2363  phosphoglycolate phosphatase  33.33 
 
 		 227 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.496506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0447  phosphoglycolate phosphatase  35.21 
 
 		 272 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.558752 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3516  phosphoglycolate phosphatase  37.82 
 
 		 229 aa  113  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1237  HAD family hydrolase  33.85 
 
 		 229 aa  113  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1508  phosphoglycolate phosphatase  34.65 
 
 		 228 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.313556  normal  0.0200123 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3122  HAD family hydrolase  35.05 
 
 		 214 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2496  phosphoglycolate phosphatase  33.79 
 
 		 221 aa  113  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00378  phosphoglycolate phosphatase  36.65 
 
 		 250 aa  112  3e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.590108  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3184  phosphoglycolate phosphatase  39.01 
 
 		 221 aa  112  5e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0450  phosphoglycolate phosphatase  36.28 
 
 		 272 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.416285 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2493  phosphoglycolate phosphatase  30.88 
 
 		 225 aa  112  6e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2937  phosphoglycolate phosphatase  35.78 
 
 		 218 aa  111  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1514  phosphoglycolate phosphatase  34.09 
 
 		 243 aa  111  8.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00414525  decreased coverage  0.0000736152 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0416  phosphoglycolate phosphatase  36.28 
 
 		 272 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02162  phosphoglycolate phosphatase  33.64 
 
 		 225 aa  111  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5119  phosphoglycolate phosphatase  36.45 
 
 		 272 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0347  phosphoglycolate phosphatase  34.2 
 
 		 235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2583  phosphoglycolate phosphatase  35.32 
 
 		 227 aa  109  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0460  phosphoglycolate phosphatase  34.76 
 
 		 229 aa  109  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0934432  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46650  phosphoglycolate phosphatase  37.75 
 
 		 233 aa  109  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3031  2-phosphoglycolate phosphatase  36.63 
 
 		 256 aa  110  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0909  phosphoglycolate phosphatase  37.37 
 
 		 222 aa  109  4.0000000000000004e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0265  phosphoglycolate phosphatase  35.07 
 
 		 232 aa  108  5e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.210779  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0220  phosphoglycolate phosphatase  33.33 
 
 		 231 aa  108  6e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0486776 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1278  phosphoglycolate phosphatase  35.32 
 
 		 218 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.546429  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3361  phosphoglycolate phosphatase  33.16 
 
 		 227 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2192  phosphoglycolate phosphatase  35.79 
 
 		 217 aa  107  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0131  HAD family hydrolase  34.02 
 
 		 236 aa  107  1e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0176  phosphoglycolate phosphatase  30.59 
 
 		 224 aa  107  1e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.790253  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1483  phosphoglycolate phosphatase  33.48 
 
 		 231 aa  107  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.539513 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3996  phosphoglycolate phosphatase  32.65 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1410  phosphoglycolate phosphatase  31.31 
 
 		 225 aa  106  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>