More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1014 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0810  TonB-dependent receptor  55.37 
 
 		 746 aa  851    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1014  TonB-dependent receptor, putative  100 
 
 		 760 aa  1562    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0876  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor, C-terminal  95.26 
 
 		 760 aa  1500    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.341234  normal  0.740329 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0602  TonB-dependent receptor  56.77 
 
 		 747 aa  860    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.520923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1876  TonB-dependent receptor  33.56 
 
 		 815 aa  318  3e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0562721 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2519  TonB-dependent receptor  28.5 
 
 		 782 aa  279  1e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0131105 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04406  TonB-dependent outer membrane Receptor  28.95 
 
 		 766 aa  274  4.0000000000000004e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4698  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 		 828 aa  240  5.999999999999999e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.648479 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0913  TonB-dependent receptor  29.49 
 
 		 786 aa  221  3e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0111103  normal  0.947577 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0510  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 		 798 aa  213  7.999999999999999e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.426482  hitchhiker  0.00139676 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0734  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 736 aa  209  1e-52  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0702  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 729 aa  200  7e-50  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3042  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 841 aa  192  1e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4625  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 		 753 aa  190  7e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.175039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3525  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 766 aa  169  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03673  TonB-dependent receptor  26.03 
 
 		 768 aa  162  3e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2543  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 796 aa  157  9e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02512  TonB-dependent receptor  24.57 
 
 		 777 aa  156  1e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4483  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  25.77 
 
 		 768 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.793937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1945  TonB-dependent receptor  23.53 
 
 		 738 aa  145  4e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2302  TonB-dependent receptor  23.53 
 
 		 738 aa  145  4e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0671  TonB-dependent receptor, putative  25.3 
 
 		 768 aa  144  7e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2134  TonB-dependent receptor plug  23.03 
 
 		 781 aa  138  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.682313 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2636  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 747 aa  138  5e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.942188 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3415  TonB-dependent receptor  24.01 
 
 		 792 aa  137  9e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.151131 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0308  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 791 aa  130  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2269  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 		 772 aa  126  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0940  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 780 aa  127  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4420  TonB-dependent receptor  22.36 
 
 		 762 aa  121  4.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2385  TonB-dependent receptor  23.07 
 
 		 799 aa  120  7.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.817554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0440  TonB-dependent receptor, putative  22.63 
 
 		 734 aa  107  8e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1198  TonB-dependent receptor  22.57 
 
 		 754 aa  103  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211844 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1483  TonB-dependent receptor  22.57 
 
 		 754 aa  103  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2634  TonB-dependent receptor plug  23.31 
 
 		 814 aa  103  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1495  TonB-dependent receptor  22.31 
 
 		 792 aa  100  7e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.879614 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0676  TonB-dependent receptor  22.3 
 
 		 756 aa  100  9e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.102109  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0957  TonB-dependent receptor  22.53 
 
 		 790 aa  97.8  6e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2072  TonB-dependent receptor  22.24 
 
 		 786 aa  96.7  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.516649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1512  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 782 aa  95.9  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.116652 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3410  TonB-dependent receptor  21.32 
 
 		 781 aa  94  9e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2298  TonB-dependent receptor  21.69 
 
 		 735 aa  92.8  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.951085  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1941  TonB-dependent receptor  21.69 
 
 		 735 aa  92.8  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.299321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0160  outer membrane receptor protein  22.44 
 
 		 740 aa  89  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0718  hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  26.51 
 
 		 724 aa  84.3  0.000000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3363  TonB-dependent receptor  23.28 
 
 		 765 aa  79.3  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1484  TonB-dependent receptor  29.32 
 
 		 777 aa  79.3  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.828493  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  25.64 
 
 		 709 aa  79  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2061  TonB-dependent receptor  21.3 
 
 		 742 aa  78.2  0.0000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.302386  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1455  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 835 aa  77.8  0.0000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0713  TonB-dependent receptor  22.7 
 
 		 729 aa  74.7  0.000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000508975  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3399  TonB-dependent receptor  23.06 
 
 		 727 aa  74.3  0.000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.186836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0630  TonB-dependent receptor  23.06 
 
 		 727 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0349605  normal  0.294722 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2744  TonB-dependent receptor  28.89 
 
 		 686 aa  73.9  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.339912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3229  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 768 aa  72.4  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2832  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 768 aa  72.4  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0531  TonB-dependent siderophore receptor  25.83 
 
 		 702 aa  71.6  0.00000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3500  TonB-dependent siderophore receptor  25.83 
 
 		 702 aa  71.6  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  26.59 
 
 		 692 aa  71.2  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4343  TonB-dependent outer membrane ferric coprogen receptor FitA  26.9 
 
 		 713 aa  71.2  0.00000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3324  TonB-dependent outer membrane ferric coprogen receptor FitA  26.58 
 
 		 713 aa  70.5  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.992566  normal  0.497085 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4373  TonB-dependent siderophore receptor  22.64 
 
 		 751 aa  70.5  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1853  TonB-dependent receptor  24.65 
 
 		 721 aa  70.1  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  25.08 
 
 		 792 aa  69.7  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 700 aa  68.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2387  TonB-dependent siderophore receptor  28.57 
 
 		 712 aa  69.3  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0590  putative TonB-dependent receptor protein  23.01 
 
 		 737 aa  69.3  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000188689  decreased coverage  0.000190482 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3787  TonB-dependent receptor  22.54 
 
 		 751 aa  68.6  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000153626  decreased coverage  0.00000099878 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0781  TonB-dependent receptor  21.44 
 
 		 757 aa  68.9  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.877086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4917  TonB-dependent siderophore receptor  26.48 
 
 		 778 aa  68.6  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.705684  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  26.03 
 
 		 726 aa  68.2  0.0000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 700 aa  68.2  0.0000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 700 aa  68.2  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 700 aa  68.2  0.0000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 715 aa  67.8  0.0000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1253  TonB-dependent receptor, putative  23.19 
 
 		 740 aa  67.8  0.0000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0080071  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4462  TonB-dependent siderophore receptor  26.18 
 
 		 757 aa  67.4  0.0000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0705188 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21730  putative TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 721 aa  67  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  26.77 
 
 		 700 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1492  TonB-dependent receptor  27.32 
 
 		 711 aa  66.6  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 700 aa  66.6  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  26.77 
 
 		 700 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 700 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3000  TonB-dependent receptor  22.29 
 
 		 854 aa  66.2  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.249213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1997  TonB-dependent receptor, putative  25.1 
 
 		 741 aa  66.6  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3671  TonB-dependent receptor  27.65 
 
 		 705 aa  66.6  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 700 aa  66.2  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 717 aa  65.9  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4376  TonB-dependent siderophore receptor  23.72 
 
 		 706 aa  65.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0886158 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  22.61 
 
 		 712 aa  65.9  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4266  TonB-dependent siderophore receptor  23.72 
 
 		 706 aa  65.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.569556  normal  0.280378 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4596  TonB-dependent siderophore receptor  23.06 
 
 		 774 aa  65.5  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  23.94 
 
 		 713 aa  65.5  0.000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  23.29 
 
 		 715 aa  65.1  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3345  TonB-dependent receptor  27.19 
 
 		 705 aa  64.7  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 688 aa  64.7  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47140  putative TonB-dependent receptor  26.03 
 
 		 732 aa  64.7  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02469  ferrisiderophore receptor protein  23.83 
 
 		 695 aa  64.3  0.000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0909  TonB-dependent siderophore receptor  24.41 
 
 		 794 aa  64.3  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.794253 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1203  outer membrane ferric siderophore receptor  28.44 
 
 		 772 aa  63.9  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.83325  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 706 aa  63.5  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>