More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0590 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_3787  TonB-dependent receptor  67.49 
 
 
751 aa  1005    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000153626  decreased coverage  0.00000099878 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0630  TonB-dependent receptor  70.42 
 
 
727 aa  1040    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0349605  normal  0.294722 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3399  TonB-dependent receptor  70.69 
 
 
727 aa  1046    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.186836  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0713  TonB-dependent receptor  68.93 
 
 
729 aa  1021    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000508975  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3888  TonB-dependent receptor  66.91 
 
 
730 aa  977    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000154411  decreased coverage  0.00438264 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0590  putative TonB-dependent receptor protein  100 
 
 
737 aa  1519    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000188689  decreased coverage  0.000190482 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0023  TonB-dependent receptor  41.02 
 
 
747 aa  514  1e-144  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4270  TonB-dependent receptor  41.13 
 
 
880 aa  475  1e-132  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.156647  decreased coverage  0.00504276 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0445  TonB-dependent receptor  35.63 
 
 
734 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000342866  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0878  TonB-dependent receptor  36.29 
 
 
773 aa  421  1e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3109  TonB-dependent receptor  33.02 
 
 
738 aa  413  1e-114  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0242785  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0508  TonB-dependent receptor  35.65 
 
 
764 aa  407  1.0000000000000001e-112  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.786517  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  28.84 
 
 
705 aa  212  2e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3367  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 
684 aa  201  3e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.238056  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1512  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 
782 aa  200  9e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.116652 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0973  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 
683 aa  196  9e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00145441  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0923  TonB-dependent receptor  26.68 
 
 
684 aa  195  2e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.854225  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3564  TonB-dependent receptor  26.68 
 
 
684 aa  195  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000148134  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0935  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 
683 aa  194  6e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000201333  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3439  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 
684 aa  192  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.587459  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0939  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 
683 aa  188  4e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0878917  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0937  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 
683 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000203673  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  26.74 
 
 
700 aa  182  1e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0948  TonB-dependent receptor domain-containing protein  25.77 
 
 
691 aa  179  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.915378  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1102  TonB-dependent receptor domain-containing protein  25.58 
 
 
683 aa  169  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  25.15 
 
 
703 aa  144  8e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0609  TonB-dependent siderophore receptor  25.58 
 
 
710 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001068  vibrioferrin receptor PvuA  23.98 
 
 
712 aa  138  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4596  TonB-dependent siderophore receptor  24.68 
 
 
774 aa  135  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3231  TonB-dependent siderophore receptor  25.14 
 
 
687 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854124  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3142  TonB-dependent siderophore receptor  24.34 
 
 
688 aa  130  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4613  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  24.03 
 
 
774 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21730  putative TonB-dependent receptor  24.59 
 
 
721 aa  127  5e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1207  iron(III) dicitrate transport protein fecA  23.77 
 
 
782 aa  127  6e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  23.76 
 
 
675 aa  127  6e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0818  TonB-dependent receptor, plug  30.15 
 
 
518 aa  127  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000136965  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1280  TonB-dependent siderophore receptor  24.93 
 
 
731 aa  126  2e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0800812  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1038  TonB-dependent siderophore receptor  23.84 
 
 
782 aa  124  5e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1853  TonB-dependent receptor  23.94 
 
 
721 aa  124  9e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4787  TonB-dependent siderophore receptor  25.28 
 
 
696 aa  123  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2724  TonB-dependent receptor  24.65 
 
 
709 aa  120  7e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.424768 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0897  TonB-dependent siderophore receptor  24.86 
 
 
809 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448435  normal  0.28892 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0867  FecA-like outer membrane receptor  25.14 
 
 
809 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.272294  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3851  TonB-dependent siderophore receptor  23.82 
 
 
711 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4311  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 
809 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0939329 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3784  TonB-dependent siderophore receptor  25.52 
 
 
807 aa  117  7.999999999999999e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.894959 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0911  TonB-dependent siderophore receptor  24.17 
 
 
809 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.11228 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0923  TonB-dependent siderophore receptor  23.15 
 
 
777 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04157  ferric citrate outer membrane transporter  22.65 
 
 
774 aa  110  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3709  TonB-dependent siderophore receptor  22.65 
 
 
774 aa  110  7.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0483354  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04120  hypothetical protein  22.65 
 
 
774 aa  110  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4868  iron(III) dicitrate transport protein FecA  22.68 
 
 
774 aa  110  7.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0743  TonB-dependent siderophore receptor  22.84 
 
 
774 aa  110  8.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.689224  normal  0.515767 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2308  TonB-dependent siderophore receptor  25.21 
 
 
693 aa  109  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00270239  normal  0.034674 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5807  ferric citrate outer membrane transporter  23.08 
 
 
717 aa  106  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5169  TonB-dependent siderophore receptor  24.69 
 
 
723 aa  102  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  22.73 
 
 
704 aa  100  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2453  TonB-dependent siderophore receptor  24.36 
 
 
720 aa  99  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.591762  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3090  ferric vibrioferrin receptor  23.22 
 
 
690 aa  99  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0290295  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4646  TonB-dependent siderophore receptor  21.75 
 
 
708 aa  97.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01932  TonB-dependent outer membrane Receptor  23.31 
 
 
713 aa  94.4  6e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  22.85 
 
 
710 aa  88.6  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  23.28 
 
 
706 aa  87.4  9e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0833  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 
411 aa  84.7  0.000000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0977  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 
411 aa  84.7  0.000000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  23.16 
 
 
742 aa  83.2  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0531  TonB-dependent siderophore receptor  23.35 
 
 
702 aa  83.2  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3500  TonB-dependent siderophore receptor  23.35 
 
 
702 aa  83.2  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5806  ferric citrate outer membrane transporter  28.02 
 
 
731 aa  79.3  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47190  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  34.88 
 
 
784 aa  79.7  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0485  TonB-dependent receptor  23.61 
 
 
702 aa  77.4  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.517963  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13430  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  32.65 
 
 
784 aa  74.7  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1204  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  32.65 
 
 
784 aa  74.3  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.814963  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6883  TonB-dependent receptor  24.53 
 
 
821 aa  74.3  0.000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  22.69 
 
 
726 aa  73.9  0.000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4376  TonB-dependent siderophore receptor  23.11 
 
 
706 aa  73.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0886158 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4266  TonB-dependent siderophore receptor  23.11 
 
 
706 aa  73.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.569556  normal  0.280378 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  23.28 
 
 
681 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000158  TonB-dependent heme and hemoglobin receptor HutA  23.67 
 
 
693 aa  72.8  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00497898  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1261  ferric receptor CfrA  28.07 
 
 
702 aa  72  0.00000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  24.96 
 
 
728 aa  70.9  0.00000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4532  TonB-dependent receptor  21.61 
 
 
813 aa  70.1  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.885203  normal  0.799433 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0519  heme transport protein HutA  23.44 
 
 
698 aa  70.1  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0847  ferric receptor CfrA  27.75 
 
 
696 aa  69.7  0.0000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2540  hypothetical protein  27.5 
 
 
601 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.600129  normal  0.687458 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6744  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 
731 aa  68.9  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.468719 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1014  TonB-dependent receptor, putative  24.18 
 
 
760 aa  68.6  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3742  TonB-dependent receptor plug  27.53 
 
 
715 aa  68.6  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3345  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 
705 aa  68.2  0.0000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3472  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 
705 aa  68.2  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.280502  normal  0.0143409 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  23.58 
 
 
705 aa  67.8  0.0000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0602  TonB-dependent receptor  21.96 
 
 
747 aa  67  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.520923  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0810  TonB-dependent receptor  26.63 
 
 
746 aa  67  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3037  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 
736 aa  66.2  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.117014 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.74 
 
 
615 aa  66.6  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4029  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 
719 aa  65.9  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.34 
 
 
616 aa  65.9  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3527  TonB-dependent receptor  29.03 
 
 
694 aa  65.9  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2662  TonB system receptor  23.46 
 
 
680 aa  65.9  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0618091  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 
694 aa  65.1  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>