More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0940 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_2543  TonB-dependent receptor  45.51 
 
 		 796 aa  645    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03673  TonB-dependent receptor  70.25 
 
 		 768 aa  1121    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0940  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 780 aa  1582    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0671  TonB-dependent receptor, putative  28.83 
 
 		 768 aa  231  5e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2269  TonB-dependent receptor  29.1 
 
 		 772 aa  228  3e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4483  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  27.92 
 
 		 768 aa  226  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.793937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2636  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 		 747 aa  223  9.999999999999999e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.942188 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3363  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 765 aa  209  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02512  TonB-dependent receptor  26.98 
 
 		 777 aa  186  1.0000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3415  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 792 aa  186  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.151131 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2302  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 		 738 aa  181  2.9999999999999997e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1945  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 		 738 aa  181  2.9999999999999997e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1484  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 777 aa  170  9e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.828493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3525  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 766 aa  169  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4625  TonB-dependent receptor  26.39 
 
 		 753 aa  161  5e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.175039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1876  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 815 aa  158  3e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0562721 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2385  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 799 aa  155  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.817554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3410  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 781 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4420  TonB-dependent receptor  23.85 
 
 		 762 aa  138  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0810  TonB-dependent receptor  24.25 
 
 		 746 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0308  TonB-dependent receptor  24.02 
 
 		 791 aa  133  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0913  TonB-dependent receptor  24.3 
 
 		 786 aa  131  5.0000000000000004e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0111103  normal  0.947577 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0602  TonB-dependent receptor  23.43 
 
 		 747 aa  130  8.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.520923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0876  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor, C-terminal  24.37 
 
 		 760 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.341234  normal  0.740329 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1014  TonB-dependent receptor, putative  24.55 
 
 		 760 aa  127  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0734  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 		 736 aa  127  1e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02852  TonB-dependent receptor  24.7 
 
 		 808 aa  122  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0702  TonB-dependent receptor  23.32 
 
 		 729 aa  113  1.0000000000000001e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2634  TonB-dependent receptor plug  24.46 
 
 		 814 aa  111  5e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1495  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 792 aa  109  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.879614 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0510  TonB-dependent receptor  23.71 
 
 		 798 aa  106  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.426482  hitchhiker  0.00139676 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2134  TonB-dependent receptor plug  22.18 
 
 		 781 aa  97.8  6e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.682313 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2519  TonB-dependent receptor  28.81 
 
 		 782 aa  92  4e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0131105 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04406  TonB-dependent outer membrane Receptor  27.83 
 
 		 766 aa  90.5  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0440  TonB-dependent receptor, putative  21.82 
 
 		 734 aa  89  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1540  TonB-dependent receptor, putative  21.5 
 
 		 730 aa  88.2  6e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1455  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 		 835 aa  85.9  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2585  TonB-dependent receptor  28.33 
 
 		 790 aa  85.5  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0776775  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4698  TonB-dependent receptor  23.48 
 
 		 828 aa  81.3  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.648479 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4894  TonB-dependent siderophore receptor  27.76 
 
 		 714 aa  80.5  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.142345  normal  0.811526 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2061  TonB-dependent receptor  22.59 
 
 		 742 aa  79.7  0.0000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.302386  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0160  outer membrane receptor protein  23.35 
 
 		 740 aa  78.2  0.0000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4959  TonB-dependent receptor  27.84 
 
 		 706 aa  77.4  0.0000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1997  TonB-dependent receptor, putative  21.88 
 
 		 741 aa  77  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4483  TonB-dependent siderophore receptor  28.45 
 
 		 712 aa  73.9  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000188322  hitchhiker  0.0000171512 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3953  TonB-dependent siderophore receptor  28.43 
 
 		 701 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000731032  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4236  TonB-dependent siderophore receptor  27.16 
 
 		 710 aa  72.4  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000695536  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3841  TonB-dependent siderophore receptor  29.75 
 
 		 712 aa  71.6  0.00000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000249714  hitchhiker  0.000312087 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4042  TonB-dependent siderophore receptor  27.69 
 
 		 697 aa  71.2  0.00000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.296308  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3042  TonB-dependent receptor  28.15 
 
 		 841 aa  70.1  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4504  TonB-dependent siderophore receptor  28.15 
 
 		 703 aa  68.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000141313  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4743  TonB-dependent receptor, putative  28.41 
 
 		 690 aa  68.2  0.0000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  26.74 
 
 		 785 aa  67.8  0.0000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3784  TonB-dependent receptor  21.49 
 
 		 772 aa  67.4  0.0000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.562566 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4307  TonB-dependent siderophore receptor  29.05 
 
 		 706 aa  67  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000234699  hitchhiker  0.000000000225287 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0369  TonB-dependent receptor  22.13 
 
 		 782 aa  66.2  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4127  TonB-dependent siderophore receptor  26.06 
 
 		 702 aa  66.2  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00050238  normal  0.542591 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4363  TonB-dependent siderophore receptor  29.05 
 
 		 706 aa  66.6  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3922  TonB-dependent siderophore receptor  25.66 
 
 		 709 aa  65.9  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000715438  normal  0.0397715 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03378  TonB-dependent receptor  24 
 
 		 798 aa  65.5  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0156374  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01505  putative TonB-dependent transmembrane receptor protein  24.58 
 
 		 803 aa  65.1  0.000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2072  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 786 aa  64.3  0.000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.516649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0531  TonB-dependent siderophore receptor  24.77 
 
 		 702 aa  62.8  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3500  TonB-dependent siderophore receptor  24.77 
 
 		 702 aa  62.8  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4014  TonB-dependent siderophore receptor  25.43 
 
 		 709 aa  63.2  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00017833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  22.16 
 
 		 698 aa  62.4  0.00000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1609  TonB-dependent receptor  23.3 
 
 		 684 aa  62.4  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.952193  normal  0.492474 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4362  TonB-dependent siderophore receptor  27.8 
 
 		 706 aa  62  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000023504  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3641  TonB-dependent receptor, putative  27.73 
 
 		 697 aa  62  0.00000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000783326  normal  0.0764781 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3577  hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  27.24 
 
 		 718 aa  61.2  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.601026  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1500  TonB-dependent siderophore receptor  25.16 
 
 		 755 aa  60.8  0.00000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000356406  normal  0.318798 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0120  TonB-dependent receptor  21.39 
 
 		 833 aa  60.1  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2266  TonB-dependent siderophore receptor  22.09 
 
 		 724 aa  59.3  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.238084  normal  0.145177 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1044  TonB-dependent siderophore receptor  26.15 
 
 		 724 aa  59.3  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00225756 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1596  TonB-dependent receptor  22.13 
 
 		 366 aa  59.7  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.626047 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  24.78 
 
 		 700 aa  59.3  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0979  TonB-dependent siderophore receptor  26.38 
 
 		 724 aa  58.9  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.16439 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1297  TonB-dependent siderophore receptor  27.11 
 
 		 721 aa  58.9  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01762  hypothetical protein  27.18 
 
 		 714 aa  59.3  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0957  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 790 aa  58.5  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0983  TonB-dependent siderophore receptor  26.38 
 
 		 723 aa  58.9  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.698273  normal  0.622732 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0508  TonB-dependent receptor  23.25 
 
 		 764 aa  58.9  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.786517  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3776  TonB-dependent siderophore receptor  23.96 
 
 		 707 aa  58.2  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.658574  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06761  hypothetical protein  26.34 
 
 		 690 aa  58.2  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4087  TonB-dependent receptor  28.28 
 
 		 694 aa  57.8  0.0000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3561  TonB-dependent siderophore receptor  28.72 
 
 		 713 aa  57.8  0.0000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 700 aa  57  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 680 aa  57  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63960  putative uter membrane protein precursor  28.08 
 
 		 708 aa  57  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4317  TonB-dependent siderophore receptor  24.85 
 
 		 760 aa  57.4  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00531839 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0676  TonB-dependent receptor  25.51 
 
 		 756 aa  56.2  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.102109  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 700 aa  56.6  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 700 aa  56.2  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1856  TonB-dependent receptor  23.2 
 
 		 688 aa  56.2  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.0244044 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 700 aa  56.2  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0434  TonB-dependent siderophore receptor  23.22 
 
 		 753 aa  56.2  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2772  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 		 794 aa  56.6  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.600395  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 700 aa  56.6  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 700 aa  56.6  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5556  outer membrane protein  28.03 
 
 		 703 aa  55.8  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.459514  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>