More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3410 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4420  TonB-dependent receptor  47.49 
 
 		 762 aa  691    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02852  TonB-dependent receptor  58.59 
 
 		 808 aa  970    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2585  TonB-dependent receptor  55.58 
 
 		 790 aa  894    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0776775  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3410  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 781 aa  1599    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1495  TonB-dependent receptor  41.26 
 
 		 792 aa  565  1e-160  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.879614 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0308  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 791 aa  219  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3525  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 		 766 aa  198  3e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3415  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 		 792 aa  186  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.151131 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2302  TonB-dependent receptor  23.63 
 
 		 738 aa  173  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1945  TonB-dependent receptor  23.63 
 
 		 738 aa  173  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4625  TonB-dependent receptor  23.52 
 
 		 753 aa  166  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.175039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02512  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 777 aa  155  2.9999999999999998e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0940  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 780 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0671  TonB-dependent receptor, putative  25.06 
 
 		 768 aa  144  5e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03673  TonB-dependent receptor  23.96 
 
 		 768 aa  139  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2269  TonB-dependent receptor  22.67 
 
 		 772 aa  123  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2634  TonB-dependent receptor plug  24.04 
 
 		 814 aa  114  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3363  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 765 aa  110  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2636  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 747 aa  108  5e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.942188 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4483  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  27.56 
 
 		 768 aa  104  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.793937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2385  TonB-dependent receptor  29.73 
 
 		 799 aa  103  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.817554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0876  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor, C-terminal  21.28 
 
 		 760 aa  102  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.341234  normal  0.740329 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2543  TonB-dependent receptor  30.08 
 
 		 796 aa  98.6  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546908  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1014  TonB-dependent receptor, putative  21.32 
 
 		 760 aa  94  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2519  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 		 782 aa  89.4  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0131105 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0008  TonB-dependent siderophore receptor  27.85 
 
 		 713 aa  89  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000108759 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1484  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 		 777 aa  83.2  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.828493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1455  TonB-dependent receptor  29.15 
 
 		 835 aa  81.6  0.00000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1826  TonB-dependent siderophore receptor  28.88 
 
 		 779 aa  77.8  0.0000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.605271  normal  0.34402 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0734  TonB-dependent receptor  24.12 
 
 		 736 aa  76.3  0.000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0602  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 747 aa  76.6  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.520923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4698  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 828 aa  75.5  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.648479 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0810  TonB-dependent receptor  27.19 
 
 		 746 aa  75.1  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3042  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 841 aa  74.7  0.000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0701  TonB-dependent siderophore receptor  24.74 
 
 		 778 aa  74.3  0.000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0300951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04406  TonB-dependent outer membrane Receptor  30.09 
 
 		 766 aa  74.3  0.000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1142  TonB-dependent siderophore receptor  26.97 
 
 		 711 aa  72.4  0.00000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.634377  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1289  TonB-dependent receptor domain-containing protein  25.09 
 
 		 727 aa  72  0.00000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00967025  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0957  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 		 790 aa  71.6  0.00000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2072  TonB-dependent receptor  24.35 
 
 		 786 aa  70.5  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.516649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0798  TonB-dependent siderophore receptor  25.91 
 
 		 773 aa  70.9  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.302135 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2772  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 794 aa  68.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.600395  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0102  TonB-dependent siderophore receptor  27.27 
 
 		 795 aa  68.2  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0913  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 786 aa  67.4  0.0000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0111103  normal  0.947577 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0121  TonB-dependent siderophore receptor  24.63 
 
 		 797 aa  67.4  0.0000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3641  TonB-dependent receptor, putative  26.38 
 
 		 697 aa  67.4  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000783326  normal  0.0764781 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  27.08 
 
 		 634 aa  66.6  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0702  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 		 729 aa  66.6  0.000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32740  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 820 aa  65.1  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.014522  hitchhiker  0.000022757 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2308  TonB-dependent siderophore receptor  23.08 
 
 		 693 aa  64.7  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00270239  normal  0.034674 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3953  TonB-dependent siderophore receptor  26.67 
 
 		 701 aa  64.3  0.000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000731032  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06299  hypothetical protein  24.6 
 
 		 715 aa  63.5  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0458  TonB-dependent siderophore receptor  24.15 
 
 		 705 aa  63.5  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1079  TonB-dependent siderophore receptor  22.86 
 
 		 714 aa  62.8  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.181404  normal  0.689217 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0493  TonB-dependent siderophore receptor  26.73 
 
 		 696 aa  63.5  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.478973 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 688 aa  63.5  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3773  TonB-dependent siderophore receptor  25.75 
 
 		 701 aa  62.8  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  34.92 
 
 		 653 aa  62.8  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1440  TonB dependent, hydroxamate-type ferrisiderophore, outer membrane receptor  23.45 
 
 		 699 aa  62  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.453975  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003321  ferrichrome-iron receptor  22.39 
 
 		 711 aa  62  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4646  TonB-dependent siderophore receptor  25.2 
 
 		 708 aa  61.2  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4743  TonB-dependent receptor, putative  26.17 
 
 		 690 aa  60.8  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1610  TonB-dependent receptor  23.84 
 
 		 733 aa  60.8  0.00000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0179  TonB-dependent siderophore receptor  24.09 
 
 		 828 aa  60.5  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.267617 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47190  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  24.68 
 
 		 784 aa  60.1  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4127  TonB-dependent siderophore receptor  26.95 
 
 		 702 aa  60.8  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00050238  normal  0.542591 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0160  TonB-dependent siderophore receptor  24.09 
 
 		 828 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.728985  hitchhiker  0.000124393 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0089  TonB-dependent siderophore receptor  22.76 
 
 		 699 aa  59.7  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.26085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2950  TonB-dependent siderophore receptor  24.62 
 
 		 720 aa  59.7  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4798  TonB-dependent siderophore receptor  24.55 
 
 		 724 aa  59.7  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3979  ferrichrome outer membrane transporter  24.6 
 
 		 729 aa  59.7  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3922  TonB-dependent siderophore receptor  26.95 
 
 		 709 aa  59.7  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000715438  normal  0.0397715 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1503  TonB-dependent siderophore receptor  23.64 
 
 		 643 aa  60.1  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4363  TonB-dependent siderophore receptor  25.97 
 
 		 706 aa  59.3  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4307  TonB-dependent siderophore receptor  25.97 
 
 		 706 aa  59.3  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000234699  hitchhiker  0.000000000225287 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06160  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  23.44 
 
 		 797 aa  59.3  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.616824  normal  0.0240396 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2736  TonB-dependent siderophore receptor  24.26 
 
 		 705 aa  58.5  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111092 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4362  TonB-dependent siderophore receptor  25.97 
 
 		 706 aa  58.2  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000023504  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  25.91 
 
 		 688 aa  58.5  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2341  TonB-dependent receptor  27.08 
 
 		 764 aa  58.5  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1156  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 715 aa  57.8  0.0000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0178  TonB-dependent siderophore receptor  23.4 
 
 		 828 aa  57.8  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4504  TonB-dependent siderophore receptor  27.06 
 
 		 703 aa  57.8  0.0000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000141313  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2399  TonB-dependent siderophore receptor  25.16 
 
 		 729 aa  57.8  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.380948 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1876  TonB-dependent receptor  30.3 
 
 		 815 aa  57.8  0.0000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0562721 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0510  TonB-dependent receptor  28.99 
 
 		 798 aa  57.8  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.426482  hitchhiker  0.00139676 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04157  ferric citrate outer membrane transporter  23.79 
 
 		 774 aa  57.4  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3709  TonB-dependent siderophore receptor  23.79 
 
 		 774 aa  57.4  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0483354  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2496  TonB-dependent siderophore receptor  29.3 
 
 		 785 aa  57  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1814  putative putative ferrichrome-iron receptor  25.39 
 
 		 693 aa  57.4  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4673  TonB-dependent siderophore receptor  25.09 
 
 		 727 aa  57  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04120  hypothetical protein  23.79 
 
 		 774 aa  57.4  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0743  TonB-dependent siderophore receptor  23.79 
 
 		 774 aa  57.4  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.689224  normal  0.515767 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4868  iron(III) dicitrate transport protein FecA  23.79 
 
 		 774 aa  57.4  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3043  TonB-dependent siderophore receptor  24.11 
 
 		 819 aa  56.2  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.635062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2867  TonB-dependent siderophore receptor  26.25 
 
 		 733 aa  56.6  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0132982  normal  0.0165927 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3133  TonB-dependent siderophore receptor  25.2 
 
 		 776 aa  56.2  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.989614  normal  0.593866 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1491  TonB-dependent siderophore receptor  22.41 
 
 		 717 aa  56.2  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000036194  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4567  TonB-dependent siderophore receptor  24.73 
 
 		 746 aa  56.2  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.436524  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12430  TonB-dependent siderophore receptor  25.85 
 
 		 753 aa  56.2  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.396509  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>