90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1997 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_0676  TonB-dependent receptor  74.27 
 
 		 756 aa  1130    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.102109  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1997  TonB-dependent receptor, putative  100 
 
 		 741 aa  1534    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0440  TonB-dependent receptor, putative  84.21 
 
 		 734 aa  1308    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1253  TonB-dependent receptor, putative  72.8 
 
 		 740 aa  1105    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0080071  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1540  TonB-dependent receptor, putative  69.92 
 
 		 730 aa  1066    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0160  outer membrane receptor protein  34.29 
 
 		 740 aa  416  9.999999999999999e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2061  TonB-dependent receptor  31.52 
 
 		 742 aa  393  1e-108  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.302386  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0957  TonB-dependent receptor  33.43 
 
 		 790 aa  385  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1198  TonB-dependent receptor  30.49 
 
 		 754 aa  375  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211844 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1483  TonB-dependent receptor  30.49 
 
 		 754 aa  375  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0369  TonB-dependent receptor  32.13 
 
 		 782 aa  352  1e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2072  TonB-dependent receptor  30.39 
 
 		 786 aa  344  4e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.516649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0734  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 736 aa  172  2e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0702  TonB-dependent receptor  25.9 
 
 		 729 aa  168  4e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1484  hypothetical protein  30.55 
 
 		 398 aa  148  3e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1199  hypothetical protein  30.55 
 
 		 398 aa  148  3e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00052926 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3467  TonB-dependent receptor  29.03 
 
 		 285 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2302  TonB-dependent receptor  23.26 
 
 		 738 aa  107  9e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1945  TonB-dependent receptor  23.26 
 
 		 738 aa  107  9e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0810  TonB-dependent receptor  22.75 
 
 		 746 aa  106  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3525  TonB-dependent receptor  22.31 
 
 		 766 aa  97.4  8e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3363  TonB-dependent receptor  21 
 
 		 765 aa  89.4  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3415  TonB-dependent receptor  21.94 
 
 		 792 aa  89  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.151131 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2636  TonB-dependent receptor  19.95 
 
 		 747 aa  85.1  0.000000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.942188 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4698  TonB-dependent receptor  23.92 
 
 		 828 aa  84  0.000000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.648479 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2385  TonB-dependent receptor  21.68 
 
 		 799 aa  82.8  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.817554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4625  TonB-dependent receptor  20.69 
 
 		 753 aa  82.4  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.175039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2543  TonB-dependent receptor  21.87 
 
 		 796 aa  80.1  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0602  TonB-dependent receptor  24.23 
 
 		 747 aa  80.1  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.520923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04406  TonB-dependent outer membrane Receptor  26.71 
 
 		 766 aa  79.7  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0940  TonB-dependent receptor  21.88 
 
 		 780 aa  77.4  0.0000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0913  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 786 aa  73.2  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0111103  normal  0.947577 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02512  TonB-dependent receptor  27.73 
 
 		 777 aa  69.7  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4483  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  27.49 
 
 		 768 aa  68.6  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.793937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0876  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor, C-terminal  25.1 
 
 		 760 aa  67.4  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.341234  normal  0.740329 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0671  TonB-dependent receptor, putative  23.02 
 
 		 768 aa  67  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1876  TonB-dependent receptor  19.57 
 
 		 815 aa  66.2  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0562721 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1014  TonB-dependent receptor, putative  25.1 
 
 		 760 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2134  TonB-dependent receptor plug  22.74 
 
 		 781 aa  62.8  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.682313 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6086  TonB-dependent siderophore receptor  28.06 
 
 		 829 aa  62  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.252964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2500  TonB-dependent receptor  21.29 
 
 		 733 aa  59.7  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0308  TonB-dependent receptor  23.89 
 
 		 791 aa  59.3  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3042  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 841 aa  58.9  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0121  TonB-dependent siderophore receptor  25.9 
 
 		 797 aa  58.5  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0277  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 775 aa  58.5  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  0.280389 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1484  TonB-dependent receptor  23.26 
 
 		 777 aa  56.6  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.828493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0510  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 798 aa  56.2  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.426482  hitchhiker  0.00139676 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0444  TonB-dependent receptor  30.13 
 
 		 667 aa  56.2  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2519  TonB-dependent receptor  23.21 
 
 		 782 aa  56.2  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0131105 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2269  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 772 aa  55.8  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2772  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 794 aa  53.1  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.600395  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  21.52 
 
 		 764 aa  52.8  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03673  TonB-dependent receptor  24.12 
 
 		 768 aa  52.4  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1826  TonB-dependent siderophore receptor  27.53 
 
 		 779 aa  51.6  0.00006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.605271  normal  0.34402 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32740  TonB-dependent receptor  23.96 
 
 		 820 aa  50.8  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.014522  hitchhiker  0.000022757 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1455  TonB-dependent receptor  22.87 
 
 		 835 aa  50.8  0.00009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1486  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 693 aa  50.1  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.643669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1115  TonB-dependent receptor  29.35 
 
 		 649 aa  49.3  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.95294  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2555  TonB-dependent receptor  25.91 
 
 		 702 aa  50.1  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4755  TonB-dependent siderophore receptor  24.62 
 
 		 797 aa  48.5  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.251254  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3410  TonB-dependent receptor  22.53 
 
 		 781 aa  48.9  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4624  TonB-dependent siderophore receptor  24.62 
 
 		 797 aa  48.5  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185618  decreased coverage  0.0000000123032 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1206  TonB-dependent siderophore receptor, putative  27.59 
 
 		 833 aa  48.1  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.843883  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4761  TonB-dependent siderophore receptor  27.08 
 
 		 797 aa  48.1  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0880  TonB-dependent receptor  24.66 
 
 		 680 aa  48.1  0.0006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2752  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 736 aa  48.1  0.0006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000933457  normal  0.355865 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3327  TonB-dependent siderophore receptor  25.86 
 
 		 799 aa  47.8  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0155  TonB-dependent siderophore receptor  22.09 
 
 		 677 aa  47  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000133249 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1289  TonB-dependent receptor domain-containing protein  25.65 
 
 		 727 aa  46.6  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00967025  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3029  TonB-dependent receptor  27.61 
 
 		 919 aa  47  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.709462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0692  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 678 aa  46.2  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.218448  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4420  TonB-dependent receptor  23.57 
 
 		 762 aa  46.2  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0815  TonB-dependent siderophore receptor  22.09 
 
 		 714 aa  46.6  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.806497  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0815  TonB-dependent siderophore receptor  22.95 
 
 		 714 aa  46.6  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1077  TonB-dependent receptor, plug  24.88 
 
 		 856 aa  46.2  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.175922 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3864  TonB-dependent siderophore receptor  23.72 
 
 		 710 aa  45.4  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0182976  normal  0.0196444 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2634  TonB-dependent receptor plug  22.1 
 
 		 814 aa  45.1  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1847  TonB-dependent siderophore receptor  23.72 
 
 		 729 aa  45.4  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.343723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2736  TonB-dependent siderophore receptor  25.12 
 
 		 705 aa  45.1  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111092 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2776  TonB-dependent siderophore receptor  26.43 
 
 		 817 aa  45.4  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.265415  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2405  TonB-dependent receptor, plug  23.26 
 
 		 786 aa  45.4  0.004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0816065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3527  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 694 aa  45.4  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3979  ferrichrome outer membrane transporter  25.52 
 
 		 729 aa  45.1  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0701  TonB-dependent siderophore receptor  23.68 
 
 		 778 aa  45.1  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0300951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3229  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 		 768 aa  44.7  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2832  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 		 768 aa  44.7  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  21.11 
 
 		 680 aa  44.7  0.007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0492  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 		 762 aa  44.3  0.008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0231  TonB-dependent siderophore receptor  26.61 
 
 		 771 aa  44.3  0.009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1735  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 		 713 aa  44.3  0.009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00374581  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>