More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_4166 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  69.09 
 
 
753 aa  1035    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
765 aa  1527    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  56.65 
 
 
754 aa  767    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  55.5 
 
 
744 aa  756    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  54.9 
 
 
743 aa  742    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  36.28 
 
 
776 aa  382  1e-104  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6225  putative PAS/PAC sensor protein  31.43 
 
 
713 aa  247  4.9999999999999997e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  31.94 
 
 
573 aa  228  3e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  29.64 
 
 
697 aa  228  4e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  30.38 
 
 
817 aa  227  8e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.29 
 
 
1045 aa  217  8e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  28.95 
 
 
616 aa  205  2e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1989  putative PAS/PAC sensor protein  29.83 
 
 
722 aa  202  1.9999999999999998e-50  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.965966  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  29.11 
 
 
591 aa  197  5.000000000000001e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0743  putative PAS/PAC sensor protein  29.22 
 
 
855 aa  194  6e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.565533 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  29.7 
 
 
1039 aa  191  2.9999999999999997e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.23 
 
 
952 aa  190  7e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  30.33 
 
 
579 aa  179  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  32.43 
 
 
688 aa  171  4e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1151  serine phosphatase  34.54 
 
 
713 aa  169  2e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.59 
 
 
750 aa  167  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  29.11 
 
 
574 aa  162  2e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2597  putative PAS/PAC sensor protein  30.77 
 
 
594 aa  154  4e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.158438 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3501  putative PAS/PAC sensor protein  31.42 
 
 
1225 aa  154  5.9999999999999996e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.480314  normal  0.404449 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  34.05 
 
 
581 aa  152  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3764  putative PAS/PAC sensor protein  39.03 
 
 
643 aa  151  5e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.124369  normal  0.415801 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  30.15 
 
 
607 aa  150  9e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.51 
 
 
1711 aa  148  3e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  29.82 
 
 
723 aa  147  6e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  32.32 
 
 
607 aa  144  6e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  36.26 
 
 
692 aa  141  3.9999999999999997e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  28.81 
 
 
738 aa  141  3.9999999999999997e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  34.07 
 
 
688 aa  141  3.9999999999999997e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  30.26 
 
 
697 aa  141  3.9999999999999997e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  31.9 
 
 
716 aa  141  3.9999999999999997e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  30.87 
 
 
618 aa  141  4.999999999999999e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  33.6 
 
 
1432 aa  140  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  33.41 
 
 
685 aa  139  2e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  28.86 
 
 
700 aa  139  3.0000000000000003e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3736  putative PAS/PAC sensor protein  37.65 
 
 
1017 aa  137  8e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  32.46 
 
 
760 aa  137  9e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  28.63 
 
 
670 aa  136  9.999999999999999e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
562 aa  136  9.999999999999999e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  30.88 
 
 
866 aa  135  3e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.42 
 
 
549 aa  134  5e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00204881 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  31.56 
 
 
865 aa  134  5e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  33.56 
 
 
580 aa  134  6e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  28.26 
 
 
745 aa  134  9e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  32.17 
 
 
757 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  29.46 
 
 
585 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  30.97 
 
 
570 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2453  serine phosphatase  31.63 
 
 
438 aa  132  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4485  putative PAS/PAC sensor protein  31.9 
 
 
547 aa  131  5.0000000000000004e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.110526  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8305  putative PAS/PAC sensor protein  35.61 
 
 
528 aa  131  5.0000000000000004e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.817018 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6792  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  42.03 
 
 
585 aa  130  7.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  27.98 
 
 
693 aa  130  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.11 
 
 
1361 aa  129  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  31.9 
 
 
583 aa  127  9e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  30.41 
 
 
721 aa  124  7e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  30.77 
 
 
851 aa  123  9.999999999999999e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  29.66 
 
 
544 aa  122  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3638  protein serine/threonine phosphatase  29.77 
 
 
693 aa  122  1.9999999999999998e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.718947  normal  0.379759 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  29.44 
 
 
730 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34940  fused histidine kinase with GAF domain/SpoIIE-like protein  32.72 
 
 
537 aa  122  3e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.24735  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  35.84 
 
 
652 aa  122  3.9999999999999996e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  29.52 
 
 
932 aa  121  3.9999999999999996e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4122  Stage II sporulation E family protein  28.31 
 
 
805 aa  121  3.9999999999999996e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.530219  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  31.71 
 
 
828 aa  121  6e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3739  response regulator receiver modulated serine phosphatase  36.88 
 
 
523 aa  120  7e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.433453  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5165  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.59 
 
 
583 aa  120  9e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115407  normal  0.0326575 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2814  putative PAS/PAC sensor protein  32.1 
 
 
709 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0793374  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0479  response regulator receiver modulated serine phosphatase  33.89 
 
 
529 aa  120  9.999999999999999e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.53029  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2542  putative PAS/PAC sensor protein  32.06 
 
 
637 aa  118  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3089  putative PAS/PAC sensor protein  28.96 
 
 
676 aa  117  7.999999999999999e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.51 
 
 
1370 aa  117  7.999999999999999e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  26.09 
 
 
746 aa  116  1.0000000000000001e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  30.65 
 
 
956 aa  116  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2911  protein serine/threonine phosphatase  30.02 
 
 
658 aa  117  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.51 
 
 
1390 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  28.54 
 
 
771 aa  116  2.0000000000000002e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.51 
 
 
1390 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.51 
 
 
1390 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4019  putative PAS/PAC sensor protein  33.04 
 
 
614 aa  115  4.0000000000000004e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0287  protein phosphatase 2C-like protein  31.07 
 
 
743 aa  114  6e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.575817  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1586  putative phytochrome sensor protein  30.96 
 
 
1087 aa  114  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0975529 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  32.95 
 
 
546 aa  114  7.000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  38.12 
 
 
560 aa  114  9e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  32.2 
 
 
453 aa  114  9e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2062  serine phosphatase  28.57 
 
 
366 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.39738 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2648  putative phytochrome sensor protein  31.05 
 
 
1087 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0169  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.7 
 
 
711 aa  112  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00160079  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  29.01 
 
 
572 aa  111  5e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4200  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  27.36 
 
 
702 aa  110  8.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00190608  normal  0.0466919 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  26.73 
 
 
692 aa  110  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5201  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  30.59 
 
 
728 aa  110  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.171311  normal  0.162808 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0145  protein serine/threonine phosphatase  31.37 
 
 
425 aa  110  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.41 
 
 
553 aa  110  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1230  serine phosphatase  27.98 
 
 
1100 aa  109  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.081901 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2798  response regulator receiver modulated serine phosphatase  32.86 
 
 
538 aa  109  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  32.46 
 
 
627 aa  109  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>