More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_0086 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  57.53 
 
 
866 aa  707    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
685 aa  1329    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  52.31 
 
 
865 aa  655    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  52.57 
 
 
956 aa  616  1e-175  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  52.04 
 
 
930 aa  617  1e-175  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  46.24 
 
 
932 aa  545  1e-153  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  47.19 
 
 
730 aa  534  1e-150  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4485  putative PAS/PAC sensor protein  47.24 
 
 
547 aa  396  1e-109  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.110526  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  53.15 
 
 
607 aa  385  1e-105  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  45.26 
 
 
572 aa  379  1e-104  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  42.27 
 
 
562 aa  355  1e-96  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  41.19 
 
 
553 aa  350  5e-95  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  39.53 
 
 
546 aa  305  3.0000000000000004e-81  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  39.44 
 
 
723 aa  275  2.0000000000000002e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4019  putative PAS/PAC sensor protein  47.7 
 
 
614 aa  271  4e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4640  putative PAS/PAC sensor protein  46.18 
 
 
427 aa  267  4e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.74459  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  34.16 
 
 
574 aa  249  2e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  38.8 
 
 
618 aa  238  2e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  55.42 
 
 
770 aa  232  2e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13090  Stage II sporulation protein E (SpoIIE)  47.04 
 
 
576 aa  224  3e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  35.4 
 
 
607 aa  224  6e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  36.64 
 
 
585 aa  215  1.9999999999999998e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  38.26 
 
 
760 aa  214  4.9999999999999996e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  36.86 
 
 
544 aa  213  7e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  45.13 
 
 
652 aa  213  1e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  35.55 
 
 
583 aa  204  3e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  37.09 
 
 
580 aa  190  7e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  37.82 
 
 
570 aa  187  4e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3278  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  43.6 
 
 
775 aa  186  9e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771244  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  45.45 
 
 
576 aa  184  4.0000000000000006e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2019  protein serine/threonine phosphatase  43.46 
 
 
308 aa  183  8.000000000000001e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  32.31 
 
 
581 aa  180  7e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  42.54 
 
 
692 aa  176  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  39.46 
 
 
670 aa  173  6.999999999999999e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  30.53 
 
 
688 aa  173  1e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06030  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  41.83 
 
 
567 aa  172  2e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.486099  normal  0.150997 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  35.73 
 
 
573 aa  167  4e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  37.84 
 
 
757 aa  167  5e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0659  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.8 
 
 
450 aa  167  5.9999999999999996e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808889  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4200  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  30.73 
 
 
702 aa  163  9e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00190608  normal  0.0466919 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.79 
 
 
579 aa  162  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.47 
 
 
750 aa  161  4e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  33.85 
 
 
721 aa  156  1e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  38.26 
 
 
817 aa  154  4e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.06 
 
 
1045 aa  154  7e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  39.68 
 
 
745 aa  152  2e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1151  serine phosphatase  36.27 
 
 
713 aa  151  4e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  33.33 
 
 
753 aa  150  6e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  31.28 
 
 
591 aa  150  8e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  38.44 
 
 
1039 aa  150  9e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1043  sensory box histidine kinase  56.35 
 
 
767 aa  150  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382651  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  30.25 
 
 
693 aa  148  3e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.34 
 
 
616 aa  148  3e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  30.5 
 
 
697 aa  148  4.0000000000000006e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2814  putative PAS/PAC sensor protein  28.41 
 
 
709 aa  145  3e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0793374  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  36.48 
 
 
700 aa  144  5e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  37.55 
 
 
453 aa  144  5e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  31.43 
 
 
743 aa  143  9e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.8 
 
 
1711 aa  143  9.999999999999999e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  33.41 
 
 
765 aa  141  3e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  40.72 
 
 
1432 aa  141  3.9999999999999997e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  38.55 
 
 
851 aa  140  6e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  29.55 
 
 
744 aa  139  1e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5201  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.41 
 
 
728 aa  137  6.0000000000000005e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.171311  normal  0.162808 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0207  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.86 
 
 
613 aa  136  9.999999999999999e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647646 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  29.37 
 
 
754 aa  136  9.999999999999999e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2597  putative PAS/PAC sensor protein  37.5 
 
 
594 aa  136  9.999999999999999e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.158438 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3764  putative PAS/PAC sensor protein  37.5 
 
 
643 aa  136  9.999999999999999e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.124369  normal  0.415801 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  34.68 
 
 
716 aa  136  9.999999999999999e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  32.86 
 
 
776 aa  136  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6225  putative PAS/PAC sensor protein  31.35 
 
 
713 aa  135  3e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.07 
 
 
1248 aa  134  5e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  36.19 
 
 
692 aa  134  5e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40.43 
 
 
560 aa  134  6e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0743  putative PAS/PAC sensor protein  29.31 
 
 
855 aa  134  6.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.565533 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4276  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.85 
 
 
779 aa  134  6.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1989  putative PAS/PAC sensor protein  30.47 
 
 
722 aa  133  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.965966  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  33.69 
 
 
1051 aa  132  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35020  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  35.76 
 
 
437 aa  131  4.0000000000000003e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  36.86 
 
 
697 aa  131  5.0000000000000004e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  37.64 
 
 
828 aa  130  7.000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1643  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.23 
 
 
633 aa  129  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.231435  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32 
 
 
952 aa  128  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.73 
 
 
1361 aa  128  3e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.22 
 
 
1390 aa  128  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.22 
 
 
1390 aa  128  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.22 
 
 
1390 aa  128  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34940  fused histidine kinase with GAF domain/SpoIIE-like protein  37.42 
 
 
537 aa  127  7e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.24735  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.36 
 
 
738 aa  126  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5165  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.75 
 
 
583 aa  125  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115407  normal  0.0326575 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.73 
 
 
1385 aa  125  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0287  protein phosphatase 2C-like protein  35.64 
 
 
743 aa  125  3e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.575817  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2643  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.41 
 
 
688 aa  125  4e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000425716  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2798  response regulator receiver modulated serine phosphatase  37.41 
 
 
538 aa  124  7e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.23 
 
 
1370 aa  122  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4524  protein serine/threonine phosphatase  32.7 
 
 
693 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280283 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.34 
 
 
989 aa  122  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4104  stage II sporulation E family protein  32.39 
 
 
694 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0202  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.74 
 
 
1054 aa  122  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5539  putative GAF sensor protein  36.09 
 
 
431 aa  121  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.509272  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>