More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_1252 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  57.04 
 
 
932 aa  744    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
730 aa  1425    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  53.6 
 
 
930 aa  661    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  50.22 
 
 
866 aa  634  1e-180  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  48.88 
 
 
865 aa  610  1e-173  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  49.49 
 
 
956 aa  580  1e-164  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  47.78 
 
 
685 aa  551  1e-155  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  57.08 
 
 
607 aa  455  1.0000000000000001e-126  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4485  putative PAS/PAC sensor protein  46.32 
 
 
547 aa  393  1e-108  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.110526  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  42.35 
 
 
553 aa  343  7e-93  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  40.56 
 
 
562 aa  338  2.9999999999999997e-91  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  44.24 
 
 
572 aa  337  5.999999999999999e-91  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  41.64 
 
 
546 aa  297  4e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  39.8 
 
 
723 aa  291  3e-77  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4640  putative PAS/PAC sensor protein  44.14 
 
 
427 aa  256  1.0000000000000001e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.74459  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  32.87 
 
 
618 aa  231  4e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  33.5 
 
 
607 aa  228  4e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  33.39 
 
 
574 aa  227  5.0000000000000005e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13090  Stage II sporulation protein E (SpoIIE)  46.32 
 
 
576 aa  225  2e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  44.38 
 
 
627 aa  223  9.999999999999999e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  32.92 
 
 
585 aa  218  4e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  50.6 
 
 
770 aa  203  7e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  45.28 
 
 
652 aa  197  6e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4019  putative PAS/PAC sensor protein  44.59 
 
 
614 aa  196  1e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  34.57 
 
 
583 aa  196  1e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  33.1 
 
 
760 aa  189  1e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  42.62 
 
 
544 aa  186  1.0000000000000001e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  32.74 
 
 
570 aa  186  2.0000000000000003e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  32.19 
 
 
580 aa  185  3e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2019  protein serine/threonine phosphatase  40.65 
 
 
308 aa  183  8.000000000000001e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  29.23 
 
 
688 aa  178  2e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06030  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  42.34 
 
 
567 aa  172  3e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.486099  normal  0.150997 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  31.82 
 
 
670 aa  171  4e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  32.18 
 
 
692 aa  163  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  40 
 
 
716 aa  161  3e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40.2 
 
 
576 aa  160  1e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4200  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  30.63 
 
 
702 aa  159  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00190608  normal  0.0466919 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0659  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  42 
 
 
450 aa  158  4e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808889  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  39.38 
 
 
745 aa  158  4e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  28.19 
 
 
817 aa  156  2e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  30.34 
 
 
753 aa  154  5.9999999999999996e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  31.05 
 
 
591 aa  153  1e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3278  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  41.6 
 
 
775 aa  153  1e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771244  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  30.59 
 
 
581 aa  147  9e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  31.66 
 
 
757 aa  145  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  33.23 
 
 
573 aa  143  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  30.59 
 
 
765 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2643  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.24 
 
 
688 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000425716  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.45 
 
 
1045 aa  142  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  36.99 
 
 
1432 aa  140  7.999999999999999e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.65 
 
 
750 aa  140  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0287  protein phosphatase 2C-like protein  33.55 
 
 
743 aa  139  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.575817  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  29.25 
 
 
721 aa  139  3.0000000000000003e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  35.16 
 
 
1039 aa  137  5e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  29.21 
 
 
744 aa  137  8e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  30.5 
 
 
743 aa  136  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.86 
 
 
616 aa  137  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  33.55 
 
 
697 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  40.98 
 
 
746 aa  136  1.9999999999999998e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2597  putative PAS/PAC sensor protein  30.37 
 
 
594 aa  135  3e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.158438 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.56 
 
 
1711 aa  135  3e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.02 
 
 
560 aa  135  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  36.19 
 
 
453 aa  135  3e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  29.27 
 
 
754 aa  135  3.9999999999999996e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 
1248 aa  134  6.999999999999999e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5165  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.74 
 
 
583 aa  134  9e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115407  normal  0.0326575 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.64 
 
 
952 aa  132  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.23 
 
 
1370 aa  131  4.0000000000000003e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  28.01 
 
 
697 aa  130  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0186  protein serine/threonine phosphatase  32.71 
 
 
512 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.03 
 
 
1390 aa  129  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.03 
 
 
1390 aa  129  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.03 
 
 
1390 aa  129  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0207  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.99 
 
 
613 aa  128  3e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647646 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5201  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  30.7 
 
 
728 aa  127  6e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.171311  normal  0.162808 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3638  protein serine/threonine phosphatase  36.67 
 
 
693 aa  127  6e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.718947  normal  0.379759 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  29.03 
 
 
700 aa  127  8.000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  29.61 
 
 
579 aa  126  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  30.98 
 
 
776 aa  126  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  34.15 
 
 
828 aa  125  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.27 
 
 
1361 aa  125  2e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0665  protein serine/threonine phosphatase  33.33 
 
 
800 aa  124  4e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.72005 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34940  fused histidine kinase with GAF domain/SpoIIE-like protein  34.15 
 
 
537 aa  124  7e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.24735  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2814  putative PAS/PAC sensor protein  35.88 
 
 
709 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0793374  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1151  serine phosphatase  35.23 
 
 
713 aa  121  6e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1043  sensory box histidine kinase  50.43 
 
 
767 aa  120  7.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382651  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.31 
 
 
1383 aa  120  7.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  34.78 
 
 
1051 aa  120  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2911  protein serine/threonine phosphatase  35.44 
 
 
658 aa  119  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4921  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  30.28 
 
 
549 aa  119  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.923256  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0743  putative PAS/PAC sensor protein  28.75 
 
 
855 aa  119  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.565533 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1989  putative PAS/PAC sensor protein  29.66 
 
 
722 aa  119  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.965966  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2839  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.98 
 
 
1478 aa  118  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.95588 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.11 
 
 
1385 aa  119  3e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  33.45 
 
 
851 aa  119  3e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5539  putative GAF sensor protein  32.58 
 
 
431 aa  118  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.509272  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0145  protein serine/threonine phosphatase  33.42 
 
 
425 aa  117  6.9999999999999995e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4524  protein serine/threonine phosphatase  30.23 
 
 
693 aa  117  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280283 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4276  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.68 
 
 
779 aa  116  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1643  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.54 
 
 
633 aa  116  2.0000000000000002e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.231435  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>