More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0347 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
723 aa  1419    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  38.93 
 
 
760 aa  398  1e-109  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  41.83 
 
 
580 aa  343  5e-93  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  39.01 
 
 
570 aa  320  5e-86  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  39.64 
 
 
865 aa  303  5.000000000000001e-81  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  40.42 
 
 
866 aa  295  2e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  42.2 
 
 
553 aa  294  4e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  42.08 
 
 
562 aa  286  7e-76  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  38.41 
 
 
932 aa  280  7e-74  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  39.46 
 
 
730 aa  276  8e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  43.39 
 
 
685 aa  275  3e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  42.79 
 
 
607 aa  270  5.9999999999999995e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4485  putative PAS/PAC sensor protein  43.26 
 
 
547 aa  266  8.999999999999999e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.110526  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  43.57 
 
 
956 aa  262  1e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  34.66 
 
 
581 aa  258  3e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  38.77 
 
 
618 aa  251  3e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  42.31 
 
 
572 aa  248  3e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  36.66 
 
 
607 aa  238  4e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4640  putative PAS/PAC sensor protein  53.09 
 
 
427 aa  232  2e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.74459  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  33.4 
 
 
574 aa  230  7e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  35.7 
 
 
585 aa  229  1e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  52 
 
 
770 aa  224  4e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4019  putative PAS/PAC sensor protein  44.62 
 
 
614 aa  220  6e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  45.78 
 
 
930 aa  218  2.9999999999999998e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  34.69 
 
 
745 aa  210  7e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  34.73 
 
 
583 aa  209  1e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06030  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  45.88 
 
 
567 aa  196  2e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.486099  normal  0.150997 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13090  Stage II sporulation protein E (SpoIIE)  39.56 
 
 
576 aa  196  2e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  40.31 
 
 
627 aa  191  2.9999999999999997e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  41.96 
 
 
546 aa  189  2e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  41.42 
 
 
652 aa  187  5e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  30 
 
 
670 aa  180  8e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  32.32 
 
 
1039 aa  178  3e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3638  protein serine/threonine phosphatase  32.32 
 
 
693 aa  174  3.9999999999999995e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.718947  normal  0.379759 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  39.47 
 
 
573 aa  173  7.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0659  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40.26 
 
 
450 aa  170  1e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808889  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  34.45 
 
 
817 aa  169  2e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  31.68 
 
 
692 aa  169  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  41.5 
 
 
544 aa  167  5e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  32.3 
 
 
716 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  31.48 
 
 
721 aa  164  5.0000000000000005e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  30.28 
 
 
754 aa  162  2e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  38.54 
 
 
591 aa  162  2e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2019  protein serine/threonine phosphatase  38.54 
 
 
308 aa  162  3e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  29.32 
 
 
700 aa  162  3e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.32 
 
 
576 aa  161  3e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  29.78 
 
 
771 aa  159  1e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  29.89 
 
 
744 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.69 
 
 
1390 aa  156  1e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.69 
 
 
1390 aa  156  1e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.69 
 
 
1390 aa  156  1e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5165  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  38.04 
 
 
583 aa  155  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115407  normal  0.0326575 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  35.5 
 
 
688 aa  154  5e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  29.75 
 
 
765 aa  153  1e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.69 
 
 
579 aa  153  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3278  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.68 
 
 
775 aa  149  1.0000000000000001e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771244  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.46 
 
 
1045 aa  147  6e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  38.18 
 
 
746 aa  145  2e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4104  stage II sporulation E family protein  33.25 
 
 
694 aa  144  8e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4524  protein serine/threonine phosphatase  32.94 
 
 
693 aa  143  9.999999999999999e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280283 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.41 
 
 
560 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.01 
 
 
616 aa  141  3.9999999999999997e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.67 
 
 
952 aa  141  4.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1259  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  52.27 
 
 
578 aa  140  7e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  35.77 
 
 
828 aa  140  8.999999999999999e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  29.55 
 
 
697 aa  139  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  29.82 
 
 
743 aa  139  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4200  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  38.73 
 
 
702 aa  139  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00190608  normal  0.0466919 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2597  putative PAS/PAC sensor protein  40.38 
 
 
594 aa  138  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.158438 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3764  putative PAS/PAC sensor protein  40.38 
 
 
643 aa  138  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.124369  normal  0.415801 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.21 
 
 
1248 aa  137  5e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  33.78 
 
 
757 aa  137  7.000000000000001e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  30 
 
 
697 aa  137  8e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  30.22 
 
 
753 aa  136  9.999999999999999e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  34.44 
 
 
851 aa  136  9.999999999999999e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.67 
 
 
750 aa  135  3e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0207  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  38.57 
 
 
613 aa  135  3e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647646 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0462  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.04 
 
 
1138 aa  134  3.9999999999999996e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.84915  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1217  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.03 
 
 
1877 aa  134  5e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2346  hypothetical protein  49.66 
 
 
364 aa  134  6e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  40.07 
 
 
1432 aa  134  6e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  37.75 
 
 
693 aa  134  6.999999999999999e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  32.99 
 
 
453 aa  134  7.999999999999999e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  35.31 
 
 
688 aa  134  9e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0662  putative PAS/PAC sensor protein  52.07 
 
 
644 aa  132  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.39 
 
 
1361 aa  132  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0875  PAS sensor protein  48.65 
 
 
488 aa  132  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.111744 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0835  signal transduction histidine kinase  48.65 
 
 
488 aa  132  3e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3604  signal transduction histidine kinase  54.92 
 
 
354 aa  131  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  51.49 
 
 
743 aa  131  4.0000000000000003e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.5 
 
 
1385 aa  131  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0801  signal transduction histidine kinase  47.3 
 
 
488 aa  131  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.185769  normal  0.110715 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.58 
 
 
1711 aa  131  4.0000000000000003e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3280  PAS sensor protein  54.92 
 
 
354 aa  131  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.24 
 
 
1820 aa  130  6e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4361  putative PAS/PAC sensor protein  50.41 
 
 
365 aa  130  7.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.16012  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6225  putative PAS/PAC sensor protein  30.28 
 
 
713 aa  129  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.83 
 
 
481 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3478  putative signal transduction histidine kinase  51.94 
 
 
354 aa  129  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3564  histidine kinase  44.2 
 
 
544 aa  128  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>