More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_2019 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_2019  protein serine/threonine phosphatase  100 
 
 
308 aa  600  1e-170  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4640  putative PAS/PAC sensor protein  46.52 
 
 
427 aa  206  5e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.74459  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13090  Stage II sporulation protein E (SpoIIE)  42.29 
 
 
576 aa  201  9.999999999999999e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  44.67 
 
 
865 aa  200  1.9999999999999998e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  44.34 
 
 
627 aa  195  8.000000000000001e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  45.58 
 
 
607 aa  188  8e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  42.56 
 
 
866 aa  186  4e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  42.12 
 
 
562 aa  181  9.000000000000001e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  40.39 
 
 
932 aa  181  1e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  43.79 
 
 
956 aa  179  4e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  41.78 
 
 
607 aa  176  5e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  43.46 
 
 
685 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  42.47 
 
 
544 aa  173  2.9999999999999996e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  41.12 
 
 
652 aa  172  7.999999999999999e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4019  putative PAS/PAC sensor protein  43.98 
 
 
614 aa  170  2e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.86 
 
 
553 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  39.09 
 
 
730 aa  166  6.9999999999999995e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  39.16 
 
 
930 aa  159  5e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06030  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  38.01 
 
 
567 aa  158  1e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.486099  normal  0.150997 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  39.65 
 
 
574 aa  156  4e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  37.32 
 
 
618 aa  155  6e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  38.54 
 
 
723 aa  154  2e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4485  putative PAS/PAC sensor protein  40.96 
 
 
547 aa  154  2e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.110526  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  41.37 
 
 
770 aa  151  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  42.42 
 
 
546 aa  149  6e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  37.68 
 
 
585 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40.39 
 
 
576 aa  141  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0659  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.85 
 
 
450 aa  141  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808889  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  40.62 
 
 
572 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  39.22 
 
 
692 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3278  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  46.91 
 
 
775 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771244  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  35.33 
 
 
580 aa  139  6e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  38.33 
 
 
760 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  37.54 
 
 
583 aa  137  3.0000000000000003e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  36.46 
 
 
670 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  37.13 
 
 
817 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  34.98 
 
 
828 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  34.62 
 
 
851 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.13 
 
 
1361 aa  126  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.14 
 
 
1248 aa  126  6e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  35.76 
 
 
453 aa  125  7e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  37.85 
 
 
573 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 
1390 aa  123  3e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 
1390 aa  123  3e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 
1390 aa  123  3e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2597  putative PAS/PAC sensor protein  38.52 
 
 
594 aa  122  7e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.158438 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3764  putative PAS/PAC sensor protein  38.52 
 
 
643 aa  122  7e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.124369  normal  0.415801 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.64 
 
 
1370 aa  120  3e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  35.02 
 
 
744 aa  119  7e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.62 
 
 
1045 aa  119  7.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  37.15 
 
 
1039 aa  118  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.95 
 
 
952 aa  115  6.9999999999999995e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.33 
 
 
1383 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  34.62 
 
 
570 aa  112  8.000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.55 
 
 
560 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.36 
 
 
616 aa  112  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 
1385 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6994  putative PAS/PAC sensor protein  43.01 
 
 
797 aa  110  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126059  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  32.2 
 
 
700 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3071  protein serine/threonine phosphatase  37.69 
 
 
260 aa  110  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.136695 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34940  fused histidine kinase with GAF domain/SpoIIE-like protein  34.94 
 
 
537 aa  110  3e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.24735  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  31.95 
 
 
765 aa  108  9.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0743  putative PAS/PAC sensor protein  35.1 
 
 
855 aa  108  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.565533 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3606  protein serine/threonine phosphatase  38.81 
 
 
395 aa  108  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  35.14 
 
 
772 aa  108  2e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  32.87 
 
 
693 aa  107  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2814  putative PAS/PAC sensor protein  34.1 
 
 
709 aa  107  3e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0793374  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  32.19 
 
 
697 aa  106  4e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  37.37 
 
 
757 aa  106  5e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4619  putative PAS/PAC sensor protein  34.84 
 
 
409 aa  105  7e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  32.99 
 
 
697 aa  105  8e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  30.14 
 
 
688 aa  103  3e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.04 
 
 
1711 aa  102  8e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  30.86 
 
 
753 aa  102  9e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5165  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.96 
 
 
583 aa  101  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115407  normal  0.0326575 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.73 
 
 
738 aa  102  1e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  32.04 
 
 
721 aa  102  1e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4921  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.82 
 
 
549 aa  102  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.923256  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  35.27 
 
 
1432 aa  100  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4118  ANTAR domain protein with unknown sensor  41.27 
 
 
847 aa  100  4e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0207  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.56 
 
 
613 aa  100  4e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647646 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  32.53 
 
 
591 aa  100  5e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4200  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  33.68 
 
 
702 aa  99.8  6e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00190608  normal  0.0466919 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6225  putative PAS/PAC sensor protein  33.8 
 
 
713 aa  99.8  6e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40.93 
 
 
549 aa  99.4  7e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00204881 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  35.02 
 
 
743 aa  98.2  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  30.04 
 
 
688 aa  97.4  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  35.98 
 
 
755 aa  96.7  4e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3501  putative PAS/PAC sensor protein  34.12 
 
 
1225 aa  96.3  7e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.480314  normal  0.404449 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  33.78 
 
 
745 aa  95.9  8e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  30.39 
 
 
1051 aa  95.9  8e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0479  response regulator receiver modulated serine phosphatase  32.66 
 
 
529 aa  95.1  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.53029  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  33.12 
 
 
754 aa  94.4  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  33.61 
 
 
771 aa  94  3e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3329  ANTAR domain protein with unknown sensor  33.21 
 
 
830 aa  93.2  4e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  31.95 
 
 
776 aa  91.3  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5090  protein serine/threonine phosphatase  30.62 
 
 
487 aa  90.5  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000290329  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  31.54 
 
 
716 aa  89.7  5e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2798  response regulator receiver modulated serine phosphatase  31.6 
 
 
538 aa  89.7  5e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0731  response regulator receiver modulated serine phosphatase  30.92 
 
 
396 aa  89.7  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>