More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4988 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  57.53 
 
 
685 aa  682    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
866 aa  1697    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  51.75 
 
 
956 aa  750    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  54.32 
 
 
930 aa  823    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  49.32 
 
 
932 aa  714    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  53.39 
 
 
865 aa  791    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  50.22 
 
 
730 aa  588  1e-166  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  50.28 
 
 
572 aa  450  1e-125  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  54.12 
 
 
607 aa  412  1e-113  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4485  putative PAS/PAC sensor protein  47.66 
 
 
547 aa  400  9.999999999999999e-111  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.110526  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  41.26 
 
 
562 aa  350  7e-95  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  41.56 
 
 
553 aa  340  5e-92  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  42.6 
 
 
546 aa  326  1e-87  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  40.34 
 
 
723 aa  285  2.0000000000000002e-75  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4640  putative PAS/PAC sensor protein  47.03 
 
 
427 aa  263  1e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.74459  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  46.41 
 
 
627 aa  259  1e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4019  putative PAS/PAC sensor protein  48.3 
 
 
614 aa  245  1.9999999999999999e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  35.11 
 
 
574 aa  244  5e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  38.44 
 
 
618 aa  231  3e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  49.02 
 
 
652 aa  223  9.999999999999999e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  53.01 
 
 
770 aa  222  3e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  34.45 
 
 
607 aa  219  2e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  39.76 
 
 
760 aa  216  1.9999999999999998e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13090  Stage II sporulation protein E (SpoIIE)  45.38 
 
 
576 aa  212  2e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  31.81 
 
 
585 aa  202  1.9999999999999998e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  45.48 
 
 
544 aa  199  2.0000000000000003e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  34.41 
 
 
580 aa  194  8e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  36.94 
 
 
570 aa  191  7e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  34.28 
 
 
583 aa  186  1.0000000000000001e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2019  protein serine/threonine phosphatase  42.56 
 
 
308 aa  186  2.0000000000000003e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  29.13 
 
 
688 aa  182  2e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2814  putative PAS/PAC sensor protein  30.68 
 
 
709 aa  172  2e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0793374  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  41.33 
 
 
692 aa  170  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06030  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  43.27 
 
 
567 aa  170  1e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.486099  normal  0.150997 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  31.63 
 
 
670 aa  168  4e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  41.95 
 
 
576 aa  168  4e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  37.83 
 
 
745 aa  162  2e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  29.6 
 
 
817 aa  159  2e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4200  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  31.89 
 
 
702 aa  159  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00190608  normal  0.0466919 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  35.87 
 
 
1039 aa  158  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0659  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.62 
 
 
450 aa  158  4e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808889  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  32.8 
 
 
591 aa  158  5.0000000000000005e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  32.43 
 
 
753 aa  156  2e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3278  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.15 
 
 
775 aa  155  4e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771244  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  36.08 
 
 
716 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  32.22 
 
 
581 aa  149  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5165  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  30.23 
 
 
583 aa  147  7.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115407  normal  0.0326575 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  31.2 
 
 
573 aa  144  7e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5201  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.28 
 
 
728 aa  143  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.171311  normal  0.162808 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  34.25 
 
 
757 aa  143  9.999999999999999e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  35.19 
 
 
453 aa  143  1.9999999999999998e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.51 
 
 
750 aa  141  4.999999999999999e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.18 
 
 
989 aa  140  7e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0287  protein phosphatase 2C-like protein  31.95 
 
 
743 aa  140  1e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.575817  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  31.11 
 
 
744 aa  140  1e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.1 
 
 
579 aa  139  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.92 
 
 
560 aa  139  3.0000000000000003e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1151  serine phosphatase  41.06 
 
 
713 aa  138  4e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.41 
 
 
1045 aa  138  5e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.54 
 
 
1807 aa  137  6.0000000000000005e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.869779  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  33.24 
 
 
700 aa  138  6.0000000000000005e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0186  protein serine/threonine phosphatase  32.78 
 
 
512 aa  137  9e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2643  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.94 
 
 
688 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000425716  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.59 
 
 
1711 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  37.96 
 
 
746 aa  135  3e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2839  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.82 
 
 
1478 aa  135  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.95588 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0207  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  42.67 
 
 
613 aa  135  3.9999999999999996e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647646 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  31.15 
 
 
697 aa  135  3.9999999999999996e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  30.47 
 
 
765 aa  135  3.9999999999999996e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  29.31 
 
 
743 aa  134  6e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  29.69 
 
 
754 aa  134  6e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  31.81 
 
 
692 aa  133  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34940  fused histidine kinase with GAF domain/SpoIIE-like protein  36.04 
 
 
537 aa  133  2.0000000000000002e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.24735  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  35.1 
 
 
688 aa  132  3e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35020  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  31.12 
 
 
437 aa  132  3e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  29.91 
 
 
776 aa  132  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.61 
 
 
1248 aa  132  3e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.03 
 
 
952 aa  131  4.0000000000000003e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  30.4 
 
 
616 aa  131  6e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  29.34 
 
 
721 aa  130  1.0000000000000001e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2597  putative PAS/PAC sensor protein  28.86 
 
 
594 aa  129  3e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.158438 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0665  protein serine/threonine phosphatase  35.01 
 
 
800 aa  129  3e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.72005 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  33.67 
 
 
693 aa  129  3e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0743  putative PAS/PAC sensor protein  28.21 
 
 
855 aa  128  4.0000000000000003e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.565533 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3638  protein serine/threonine phosphatase  36.55 
 
 
693 aa  128  4.0000000000000003e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.718947  normal  0.379759 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  38.46 
 
 
930 aa  128  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  34.98 
 
 
697 aa  128  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1043  sensory box histidine kinase  47.62 
 
 
767 aa  128  5e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382651  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6994  putative PAS/PAC sensor protein  42.01 
 
 
797 aa  128  5e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126059  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1643  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.2 
 
 
633 aa  127  6e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.231435  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  37.86 
 
 
1432 aa  127  7e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  38.11 
 
 
930 aa  125  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3736  putative PAS/PAC sensor protein  37.5 
 
 
1017 aa  124  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0202  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.71 
 
 
1054 aa  124  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0906  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.94 
 
 
1195 aa  122  3e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  34.46 
 
 
771 aa  122  3e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2264  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  33.04 
 
 
525 aa  122  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0874374 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  38.77 
 
 
934 aa  121  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3764  putative PAS/PAC sensor protein  27.63 
 
 
643 aa  120  9.999999999999999e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.124369  normal  0.415801 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2280  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.96 
 
 
821 aa  120  9.999999999999999e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>