More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3764 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2597  putative PAS/PAC sensor protein  95.72 
 
 
594 aa  1009    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.158438 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3764  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
643 aa  1256    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.124369  normal  0.415801 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6225  putative PAS/PAC sensor protein  50.43 
 
 
713 aa  488  1e-136  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1989  putative PAS/PAC sensor protein  42.2 
 
 
722 aa  355  1e-96  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.965966  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0743  putative PAS/PAC sensor protein  35.63 
 
 
855 aa  242  1e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.565533 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  31.53 
 
 
817 aa  219  1e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  30.8 
 
 
688 aa  217  5e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.18 
 
 
952 aa  196  8.000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.62 
 
 
616 aa  196  1e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  33.05 
 
 
754 aa  194  3e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  43.09 
 
 
1045 aa  194  3e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  35.25 
 
 
1039 aa  188  3e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  43.84 
 
 
573 aa  187  4e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  32.61 
 
 
562 aa  181  4.999999999999999e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.53 
 
 
579 aa  179  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1151  serine phosphatase  43.56 
 
 
713 aa  175  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  38.51 
 
 
697 aa  174  3.9999999999999995e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  32.1 
 
 
591 aa  174  5.999999999999999e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  37.25 
 
 
697 aa  173  6.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  43.51 
 
 
750 aa  173  6.999999999999999e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  42.46 
 
 
1432 aa  173  7.999999999999999e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  33.41 
 
 
776 aa  167  5e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  36.6 
 
 
700 aa  166  2.0000000000000002e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  35.33 
 
 
688 aa  162  2e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  31.25 
 
 
765 aa  161  4e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  37.67 
 
 
453 aa  159  1e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  35.62 
 
 
692 aa  159  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6792  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  45.11 
 
 
585 aa  158  3e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  39.44 
 
 
744 aa  158  3e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  38.21 
 
 
828 aa  157  8e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  31.7 
 
 
743 aa  155  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3501  putative PAS/PAC sensor protein  42.31 
 
 
1225 aa  154  5.9999999999999996e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.480314  normal  0.404449 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  36.79 
 
 
693 aa  151  4e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  34.89 
 
 
851 aa  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  39.3 
 
 
753 aa  147  5e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.89 
 
 
1370 aa  145  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2814  putative PAS/PAC sensor protein  35.96 
 
 
709 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0793374  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  35.64 
 
 
574 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.78 
 
 
553 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5165  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  28.44 
 
 
583 aa  137  8e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115407  normal  0.0326575 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  29.18 
 
 
670 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34940  fused histidine kinase with GAF domain/SpoIIE-like protein  35.64 
 
 
537 aa  135  1.9999999999999998e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.24735  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8305  putative PAS/PAC sensor protein  41.75 
 
 
528 aa  135  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.817018 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.47 
 
 
1248 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  38.22 
 
 
560 aa  135  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.62 
 
 
1361 aa  134  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  30.07 
 
 
570 aa  134  5e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  36.5 
 
 
583 aa  133  9e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  40.38 
 
 
723 aa  133  1.0000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  28.49 
 
 
866 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4200  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  37.65 
 
 
702 aa  132  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00190608  normal  0.0466919 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  29.59 
 
 
865 aa  131  3e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.58 
 
 
1390 aa  131  3e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  35.86 
 
 
685 aa  132  3e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.58 
 
 
1390 aa  131  3e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
1385 aa  131  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  31.51 
 
 
607 aa  131  4.0000000000000003e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.58 
 
 
1390 aa  131  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  33.95 
 
 
721 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  39.38 
 
 
544 aa  129  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  29.74 
 
 
730 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  36.55 
 
 
760 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0479  response regulator receiver modulated serine phosphatase  34.77 
 
 
529 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.53029  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3739  response regulator receiver modulated serine phosphatase  37.89 
 
 
523 aa  126  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.433453  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  35.52 
 
 
1051 aa  126  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  37.37 
 
 
607 aa  126  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  27.32 
 
 
932 aa  125  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.25 
 
 
1711 aa  124  4e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  33.77 
 
 
618 aa  123  9.999999999999999e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2019  protein serine/threonine phosphatase  38.52 
 
 
308 aa  123  9.999999999999999e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0169  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.83 
 
 
711 aa  123  9.999999999999999e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00160079  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2264  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  34.43 
 
 
525 aa  122  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0874374 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  28.54 
 
 
581 aa  121  3e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  36.26 
 
 
772 aa  122  3e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  34.94 
 
 
580 aa  121  3.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  34.77 
 
 
757 aa  120  6e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6994  putative PAS/PAC sensor protein  38.93 
 
 
797 aa  120  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126059  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0659  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.64 
 
 
450 aa  119  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808889  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  33.86 
 
 
546 aa  116  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3089  putative PAS/PAC sensor protein  34.51 
 
 
676 aa  116  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.1 
 
 
1383 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.51 
 
 
576 aa  115  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2798  response regulator receiver modulated serine phosphatase  34.19 
 
 
538 aa  114  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.16 
 
 
738 aa  115  4.0000000000000004e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  26.59 
 
 
930 aa  114  6e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  29.82 
 
 
585 aa  114  8.000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4640  putative PAS/PAC sensor protein  40.25 
 
 
427 aa  113  9e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.74459  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  33.22 
 
 
652 aa  113  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1253  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  29.97 
 
 
1332 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  34.38 
 
 
627 aa  112  3e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3736  putative PAS/PAC sensor protein  37.8 
 
 
1017 aa  111  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3329  ANTAR domain protein with unknown sensor  37.82 
 
 
830 aa  111  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2092  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.59 
 
 
882 aa  112  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.112279  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4118  ANTAR domain protein with unknown sensor  39.41 
 
 
847 aa  111  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  35.06 
 
 
572 aa  110  7.000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  36.21 
 
 
692 aa  109  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3278  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.14 
 
 
775 aa  108  3e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771244  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40.65 
 
 
549 aa  108  4e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00204881 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2849  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.25 
 
 
961 aa  108  4e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.230006  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0541  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.33 
 
 
445 aa  107  5e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>