More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_13090 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_13090  Stage II sporulation protein E (SpoIIE)  100 
 
 
576 aa  1165    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06030  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  47.29 
 
 
567 aa  482  1e-135  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.486099  normal  0.150997 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4640  putative PAS/PAC sensor protein  49.3 
 
 
427 aa  253  6e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.74459  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  44.01 
 
 
932 aa  250  5e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  52.16 
 
 
865 aa  246  9.999999999999999e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  49.81 
 
 
627 aa  229  1e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  48.51 
 
 
930 aa  221  3.9999999999999997e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  48.43 
 
 
956 aa  219  1e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  47.22 
 
 
553 aa  218  2e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  47.04 
 
 
685 aa  216  9.999999999999999e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  44.14 
 
 
607 aa  213  5.999999999999999e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  45.38 
 
 
866 aa  212  1e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  45.02 
 
 
730 aa  207  4e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  43.65 
 
 
562 aa  206  9e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  40.87 
 
 
652 aa  206  1e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4019  putative PAS/PAC sensor protein  43.87 
 
 
614 aa  204  5e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2019  protein serine/threonine phosphatase  42.29 
 
 
308 aa  201  3e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3278  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  44.63 
 
 
775 aa  199  2.0000000000000003e-49  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771244  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  38.98 
 
 
770 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  39.24 
 
 
723 aa  184  5.0000000000000004e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  41.55 
 
 
576 aa  182  1e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4485  putative PAS/PAC sensor protein  43.28 
 
 
547 aa  180  5.999999999999999e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.110526  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  39.66 
 
 
544 aa  179  1e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  38.74 
 
 
546 aa  178  3e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  37.13 
 
 
618 aa  176  7e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  35.6 
 
 
1202 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  37.04 
 
 
585 aa  165  3e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0659  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40.08 
 
 
450 aa  162  2e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808889  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2399  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.09 
 
 
1131 aa  162  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  37.8 
 
 
692 aa  160  9e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2096  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 
1140 aa  159  2e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166751  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  35.14 
 
 
607 aa  157  4e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  38.17 
 
 
572 aa  155  2e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  36.49 
 
 
670 aa  153  1e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.66 
 
 
1370 aa  151  3e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.56 
 
 
1385 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.67 
 
 
1514 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.94 
 
 
1711 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.21 
 
 
1390 aa  149  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.21 
 
 
1390 aa  149  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.34 
 
 
1514 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.88 
 
 
1390 aa  147  5e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.69 
 
 
1415 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.6 
 
 
1361 aa  144  6e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0148  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.89 
 
 
1048 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.872071 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  33.87 
 
 
574 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.05 
 
 
1383 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.54 
 
 
688 aa  139  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.52 
 
 
889 aa  139  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  34.69 
 
 
828 aa  139  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  35.86 
 
 
745 aa  137  5e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  30.84 
 
 
1427 aa  137  8e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.82 
 
 
1631 aa  136  9e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.89 
 
 
1426 aa  136  9e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  35.25 
 
 
817 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.88 
 
 
1248 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.87 
 
 
1559 aa  135  1.9999999999999998e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.29 
 
 
1383 aa  133  6.999999999999999e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.68 
 
 
957 aa  133  9e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.52 
 
 
944 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3692  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.18 
 
 
951 aa  133  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.408416  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  32.38 
 
 
570 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  36.05 
 
 
1051 aa  131  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  37.65 
 
 
746 aa  131  3e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.33 
 
 
560 aa  131  3e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.79 
 
 
1646 aa  131  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4352  multi-sensor hybrid histidine kinase  30 
 
 
1287 aa  130  5.0000000000000004e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.06083 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.54 
 
 
818 aa  130  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.46 
 
 
1076 aa  130  6e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.5 
 
 
1065 aa  130  7.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.83 
 
 
1036 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.58 
 
 
1057 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1086  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.61 
 
 
1431 aa  129  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  38.86 
 
 
1065 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2687  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.07 
 
 
1013 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.70216  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.04 
 
 
927 aa  128  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  36.73 
 
 
583 aa  127  4.0000000000000003e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0180  signal transduction histidine kinase  40 
 
 
380 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012775  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  29.41 
 
 
1299 aa  127  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.08 
 
 
1086 aa  127  8.000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  31.54 
 
 
453 aa  126  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.82 
 
 
1153 aa  125  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359014  hitchhiker  0.0000017622 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3141  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.45 
 
 
1406 aa  125  2e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.367834  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4502  diguanylate cyclase  34.98 
 
 
523 aa  125  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.25 
 
 
1651 aa  125  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  33.6 
 
 
851 aa  125  3e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  32.61 
 
 
580 aa  124  5e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  32.18 
 
 
716 aa  123  7e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4539  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  35.19 
 
 
1152 aa  124  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329946  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.51 
 
 
1092 aa  123  7e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.21 
 
 
1067 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  35.39 
 
 
771 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6994  putative PAS/PAC sensor protein  35.85 
 
 
797 aa  121  3e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126059  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4611  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.54 
 
 
1002 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.367657 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3714  histidine kinase  38.46 
 
 
438 aa  121  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  hitchhiker  0.000324406 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3898  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.45 
 
 
1003 aa  121  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504038  normal  0.0804481 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3745  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.51 
 
 
1010 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.412805  hitchhiker  0.00597184 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  36.47 
 
 
1039 aa  120  6e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4311  signal transduction histidine kinase  39.29 
 
 
365 aa  120  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.801495  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  37.36 
 
 
1086 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>