More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1241 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
1432 aa  2697    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3501  putative PAS/PAC sensor protein  48.03 
 
 
1225 aa  863    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.480314  normal  0.404449 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.79 
 
 
1045 aa  250  1e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  35.04 
 
 
697 aa  238  5.0000000000000005e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  37.72 
 
 
573 aa  237  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  37.04 
 
 
817 aa  236  3e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0743  putative PAS/PAC sensor protein  39.52 
 
 
855 aa  234  6e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.565533 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  32.54 
 
 
1039 aa  216  2.9999999999999995e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.5 
 
 
616 aa  211  1e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  31.98 
 
 
591 aa  210  2e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.09 
 
 
579 aa  204  9.999999999999999e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1989  putative PAS/PAC sensor protein  32.03 
 
 
722 aa  202  3e-50  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.965966  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6225  putative PAS/PAC sensor protein  32.68 
 
 
713 aa  196  3e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.47 
 
 
952 aa  194  8e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  31.6 
 
 
744 aa  194  8e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  32.08 
 
 
754 aa  191  8e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  32.51 
 
 
697 aa  188  5e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  33.26 
 
 
688 aa  186  3e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  34.96 
 
 
743 aa  186  3e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  34 
 
 
693 aa  186  3e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  33.93 
 
 
776 aa  186  3e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  32.94 
 
 
700 aa  182  4e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  30.61 
 
 
753 aa  174  9e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8305  putative PAS/PAC sensor protein  35.85 
 
 
528 aa  173  2e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.817018 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  32.62 
 
 
765 aa  174  2e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3764  putative PAS/PAC sensor protein  43.12 
 
 
643 aa  169  2.9999999999999998e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.124369  normal  0.415801 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2597  putative PAS/PAC sensor protein  43.12 
 
 
594 aa  168  5.9999999999999996e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.158438 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  35.69 
 
 
688 aa  167  1.0000000000000001e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.5 
 
 
1385 aa  160  2e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1151  serine phosphatase  43.18 
 
 
713 aa  159  3e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  34.24 
 
 
692 aa  159  5.0000000000000005e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  37.36 
 
 
851 aa  156  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.46 
 
 
738 aa  153  2e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  32.46 
 
 
670 aa  150  2.0000000000000003e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  36.78 
 
 
828 aa  150  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.75 
 
 
1361 aa  150  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  33.04 
 
 
745 aa  149  3e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  32.98 
 
 
692 aa  146  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.56 
 
 
1711 aa  146  3e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5165  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.03 
 
 
583 aa  145  5e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115407  normal  0.0326575 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  39.75 
 
 
544 aa  145  6e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.83 
 
 
1248 aa  143  1.9999999999999998e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  31.52 
 
 
574 aa  140  1e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.78 
 
 
1390 aa  140  1e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.78 
 
 
1390 aa  140  1e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.78 
 
 
1390 aa  140  1e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34940  fused histidine kinase with GAF domain/SpoIIE-like protein  34.63 
 
 
537 aa  140  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.24735  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  34.94 
 
 
546 aa  140  2e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  41.57 
 
 
750 aa  139  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2814  putative PAS/PAC sensor protein  39.3 
 
 
709 aa  138  6.0000000000000005e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0793374  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  38.18 
 
 
453 aa  137  9.999999999999999e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  30.67 
 
 
771 aa  137  1.9999999999999998e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4200  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  41.18 
 
 
702 aa  136  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00190608  normal  0.0466919 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  32.06 
 
 
580 aa  136  3e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  33.51 
 
 
730 aa  135  3.9999999999999996e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  33.47 
 
 
932 aa  135  3.9999999999999996e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  34.04 
 
 
607 aa  135  5e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  40.72 
 
 
685 aa  134  9e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  38.96 
 
 
652 aa  134  1.0000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  31.9 
 
 
746 aa  133  2.0000000000000002e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  34.06 
 
 
562 aa  133  3e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.19 
 
 
560 aa  133  3e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  33.82 
 
 
607 aa  131  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  33.44 
 
 
721 aa  130  2.0000000000000002e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3089  putative PAS/PAC sensor protein  35.9 
 
 
676 aa  130  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3638  protein serine/threonine phosphatase  33.41 
 
 
693 aa  128  9e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.718947  normal  0.379759 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  37.86 
 
 
866 aa  127  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  38.85 
 
 
572 aa  127  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  32.45 
 
 
570 aa  127  2e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  35.77 
 
 
1051 aa  126  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  36 
 
 
627 aa  126  4e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  30.7 
 
 
716 aa  125  5e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  30.45 
 
 
581 aa  125  8e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.84 
 
 
549 aa  124  9.999999999999999e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00204881 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2083  PAS/protein phosphatase 2C-like  35.16 
 
 
672 aa  124  1.9999999999999998e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.25 
 
 
553 aa  123  1.9999999999999998e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  31.57 
 
 
865 aa  122  4.9999999999999996e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  36.4 
 
 
583 aa  122  4.9999999999999996e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.4 
 
 
1383 aa  122  6e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.08 
 
 
1370 aa  122  6e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  36.91 
 
 
757 aa  120  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6792  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  42.78 
 
 
585 aa  120  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  40.07 
 
 
723 aa  120  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4019  putative PAS/PAC sensor protein  36.84 
 
 
614 aa  119  3e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  28.05 
 
 
618 aa  119  3.9999999999999997e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  35.81 
 
 
585 aa  118  1.0000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  35.64 
 
 
930 aa  116  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06030  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  37.83 
 
 
567 aa  115  8.000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.486099  normal  0.150997 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  35.43 
 
 
760 aa  114  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3736  putative PAS/PAC sensor protein  38.87 
 
 
1017 aa  114  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3071  protein serine/threonine phosphatase  41.75 
 
 
260 aa  113  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.136695 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.77 
 
 
576 aa  113  3e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13090  Stage II sporulation protein E (SpoIIE)  32.67 
 
 
576 aa  112  5e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3278  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  38.4 
 
 
775 aa  112  7.000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771244  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0169  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.26 
 
 
711 aa  111  9.000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00160079  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4640  putative PAS/PAC sensor protein  38.11 
 
 
427 aa  110  2e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.74459  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6994  putative PAS/PAC sensor protein  37.91 
 
 
797 aa  110  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126059  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  36.73 
 
 
755 aa  110  2e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1253  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  27.34 
 
 
1332 aa  110  3e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2026  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
964 aa  109  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>