More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_2009 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  47.75 
 
 
956 aa  667    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  56.49 
 
 
730 aa  695    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  49.27 
 
 
866 aa  727    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
932 aa  1803    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  62.65 
 
 
930 aa  980    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  50.91 
 
 
865 aa  729    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  45.82 
 
 
685 aa  531  1e-149  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  44.55 
 
 
607 aa  425  1e-117  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4485  putative PAS/PAC sensor protein  42.5 
 
 
547 aa  353  1e-95  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.110526  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  41.22 
 
 
572 aa  315  1.9999999999999998e-84  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  38.18 
 
 
562 aa  307  5.0000000000000004e-82  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  38.19 
 
 
553 aa  300  9e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  38.41 
 
 
723 aa  268  2.9999999999999995e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4640  putative PAS/PAC sensor protein  53.58 
 
 
427 aa  257  6e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.74459  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13090  Stage II sporulation protein E (SpoIIE)  44.01 
 
 
576 aa  251  5e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  46.79 
 
 
627 aa  231  6e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  35.92 
 
 
607 aa  217  7e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  35.12 
 
 
618 aa  214  4.9999999999999996e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  30.28 
 
 
574 aa  208  4e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  49 
 
 
770 aa  202  3e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  45.4 
 
 
652 aa  200  7.999999999999999e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  35.68 
 
 
760 aa  196  2e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  31.61 
 
 
585 aa  195  3e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  42.54 
 
 
546 aa  191  7e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06030  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  44.35 
 
 
567 aa  183  1e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.486099  normal  0.150997 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2019  protein serine/threonine phosphatase  40.39 
 
 
308 aa  181  4.999999999999999e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  42.3 
 
 
544 aa  181  5.999999999999999e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  29.17 
 
 
688 aa  174  6.999999999999999e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  34.91 
 
 
583 aa  172  2e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  40.06 
 
 
716 aa  171  8e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  33.78 
 
 
692 aa  169  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  33.41 
 
 
570 aa  167  8e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40.2 
 
 
576 aa  166  1.0000000000000001e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  32.03 
 
 
670 aa  165  5.0000000000000005e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  31.06 
 
 
580 aa  164  8.000000000000001e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0659  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.3 
 
 
450 aa  162  3e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808889  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3278  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.47 
 
 
775 aa  161  5e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771244  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  32.24 
 
 
573 aa  160  8e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  38.56 
 
 
745 aa  157  7e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  32.3 
 
 
753 aa  155  4e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  32.61 
 
 
1039 aa  153  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  28.93 
 
 
817 aa  147  6e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3638  protein serine/threonine phosphatase  38.91 
 
 
693 aa  147  7.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.718947  normal  0.379759 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.02 
 
 
1045 aa  145  4e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.06 
 
 
1248 aa  144  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  38.38 
 
 
746 aa  142  3.9999999999999997e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  32.16 
 
 
697 aa  141  7e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  29.46 
 
 
581 aa  140  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  28.81 
 
 
616 aa  139  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.28 
 
 
750 aa  135  3e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.73 
 
 
579 aa  134  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  35.51 
 
 
828 aa  133  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.48 
 
 
1711 aa  132  3e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.07 
 
 
560 aa  130  8.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  27.14 
 
 
744 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35020  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  30.75 
 
 
437 aa  129  4.0000000000000003e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  33.92 
 
 
851 aa  129  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  27.88 
 
 
754 aa  128  5e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1151  serine phosphatase  29.25 
 
 
713 aa  127  1e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0207  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.17 
 
 
613 aa  127  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647646 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  30.51 
 
 
700 aa  126  2e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.34 
 
 
1390 aa  126  2e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  29.31 
 
 
776 aa  126  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.34 
 
 
1390 aa  126  2e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  33.71 
 
 
1051 aa  126  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.34 
 
 
1390 aa  126  2e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  30.26 
 
 
757 aa  126  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  30.78 
 
 
693 aa  125  4e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4122  Stage II sporulation E family protein  35.81 
 
 
805 aa  125  5e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.530219  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  37.07 
 
 
1432 aa  124  8e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  28.72 
 
 
591 aa  124  9e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  35.04 
 
 
771 aa  124  9.999999999999999e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1043  sensory box histidine kinase  47.41 
 
 
767 aa  123  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382651  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4200  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  28.09 
 
 
702 aa  122  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00190608  normal  0.0466919 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34940  fused histidine kinase with GAF domain/SpoIIE-like protein  34.88 
 
 
537 aa  122  3e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.24735  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  29.52 
 
 
765 aa  121  7e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2839  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.18 
 
 
1478 aa  120  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.95588 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.74 
 
 
1370 aa  120  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5165  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.45 
 
 
583 aa  119  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115407  normal  0.0326575 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5201  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  28.23 
 
 
728 aa  119  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.171311  normal  0.162808 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  30.34 
 
 
721 aa  119  3e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6994  putative PAS/PAC sensor protein  38.79 
 
 
797 aa  119  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126059  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  27.08 
 
 
688 aa  117  6.9999999999999995e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  33.89 
 
 
692 aa  117  6.9999999999999995e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0743  putative PAS/PAC sensor protein  33.81 
 
 
855 aa  117  7.999999999999999e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.565533 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0186  protein serine/threonine phosphatase  30.97 
 
 
512 aa  117  1.0000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.94 
 
 
1361 aa  117  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  27.91 
 
 
743 aa  116  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1643  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 
633 aa  115  3e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.231435  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  33.44 
 
 
697 aa  115  4.0000000000000004e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.79 
 
 
1383 aa  115  4.0000000000000004e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0287  protein phosphatase 2C-like protein  29.74 
 
 
743 aa  114  6e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.575817  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 
1385 aa  115  6e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  32.95 
 
 
453 aa  114  7.000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2643  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  30.74 
 
 
688 aa  114  7.000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000425716  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.77 
 
 
738 aa  114  8.000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3736  putative PAS/PAC sensor protein  37.05 
 
 
1017 aa  114  9e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2597  putative PAS/PAC sensor protein  34.04 
 
 
594 aa  113  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.158438 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0479  response regulator receiver modulated serine phosphatase  33.45 
 
 
529 aa  113  2.0000000000000002e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.53029  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3329  ANTAR domain protein with unknown sensor  35.86 
 
 
830 aa  112  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>