More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4640 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_4640  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
427 aa  830    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.74459  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  59.07 
 
 
865 aa  279  6e-74  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  56.33 
 
 
562 aa  265  1e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4019  putative PAS/PAC sensor protein  59.26 
 
 
614 aa  264  2e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  47.03 
 
 
866 aa  263  4.999999999999999e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  56.47 
 
 
627 aa  261  2e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  53.58 
 
 
932 aa  256  5e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  46.18 
 
 
685 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13090  Stage II sporulation protein E (SpoIIE)  49.3 
 
 
576 aa  253  4.0000000000000004e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  55.42 
 
 
607 aa  250  4e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  52.87 
 
 
553 aa  249  7e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  43.05 
 
 
730 aa  232  8.000000000000001e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  53.46 
 
 
930 aa  226  4e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  54.96 
 
 
956 aa  224  2e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  49.82 
 
 
652 aa  224  3e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  54.22 
 
 
770 aa  219  7e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  53.09 
 
 
723 aa  219  1e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  44.96 
 
 
618 aa  212  1e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4485  putative PAS/PAC sensor protein  51.43 
 
 
547 aa  207  2e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.110526  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  51.61 
 
 
544 aa  206  6e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2019  protein serine/threonine phosphatase  46.52 
 
 
308 aa  206  8e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  43.36 
 
 
572 aa  202  9.999999999999999e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  43.34 
 
 
546 aa  193  4e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  45.04 
 
 
607 aa  188  1e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06030  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  41.92 
 
 
567 aa  188  2e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.486099  normal  0.150997 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  45.39 
 
 
576 aa  187  4e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  47.46 
 
 
692 aa  179  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0659  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  44.03 
 
 
450 aa  173  3.9999999999999995e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808889  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3278  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  45.38 
 
 
775 aa  173  5.999999999999999e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771244  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  44.44 
 
 
670 aa  164  3e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  38.31 
 
 
585 aa  164  3e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  42.5 
 
 
574 aa  163  5.0000000000000005e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  46.04 
 
 
583 aa  163  7e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  39.39 
 
 
760 aa  157  4e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  41.16 
 
 
757 aa  151  2e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  41.44 
 
 
570 aa  144  2e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  37.45 
 
 
453 aa  140  3e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  36.96 
 
 
828 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.22 
 
 
1248 aa  136  7.000000000000001e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4118  ANTAR domain protein with unknown sensor  39.46 
 
 
847 aa  135  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  37.29 
 
 
716 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  36.58 
 
 
580 aa  131  2.0000000000000002e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  34.26 
 
 
591 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6994  putative PAS/PAC sensor protein  39.5 
 
 
797 aa  130  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126059  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  41.06 
 
 
745 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  40.17 
 
 
1039 aa  128  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3736  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
1017 aa  128  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 
1390 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 
1390 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 
1390 aa  128  3e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8733  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  36.9 
 
 
532 aa  127  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.13 
 
 
560 aa  126  9e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1934  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.53 
 
 
1015 aa  124  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.452261  normal  0.114848 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39 
 
 
1370 aa  125  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.32 
 
 
1385 aa  125  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  42.36 
 
 
639 aa  125  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0207  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  38.43 
 
 
613 aa  124  4e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647646 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.21 
 
 
1361 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0700  sensory box/response regulator  30.26 
 
 
637 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2798  response regulator receiver modulated serine phosphatase  38.21 
 
 
538 aa  121  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2818  putative PAS/PAC sensor protein  29.65 
 
 
649 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.61 
 
 
1260 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  44.06 
 
 
607 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.62 
 
 
1383 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  43.83 
 
 
664 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  37.82 
 
 
474 aa  120  6e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  41.94 
 
 
629 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  35.51 
 
 
851 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.71 
 
 
1260 aa  117  3e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0414  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  35.66 
 
 
581 aa  117  3e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  41.94 
 
 
629 aa  117  5e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.29 
 
 
2654 aa  116  6.9999999999999995e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  34.88 
 
 
573 aa  116  7.999999999999999e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  36.31 
 
 
474 aa  115  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  36.23 
 
 
700 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  37.08 
 
 
746 aa  115  1.0000000000000001e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.88 
 
 
1326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.129878 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5852  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  38.57 
 
 
424 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.910285  normal  0.678328 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.97 
 
 
952 aa  115  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  39.2 
 
 
641 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  34.35 
 
 
771 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3693  Fis family transcriptional regulator  39.86 
 
 
486 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  35.76 
 
 
486 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.04 
 
 
634 aa  114  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.125308  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.1 
 
 
579 aa  114  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2371  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.7 
 
 
1171 aa  114  3e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.516834  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  35.76 
 
 
486 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  35.76 
 
 
486 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  36.8 
 
 
692 aa  114  4.0000000000000004e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2597  putative PAS/PAC sensor protein  40.93 
 
 
594 aa  114  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.158438 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3764  putative PAS/PAC sensor protein  40.93 
 
 
643 aa  114  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.124369  normal  0.415801 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3744  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.61 
 
 
412 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  32.89 
 
 
721 aa  113  5e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.85 
 
 
1221 aa  113  6e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0361  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.41 
 
 
871 aa  113  6e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.363033  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  38.71 
 
 
630 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3606  protein serine/threonine phosphatase  38.75 
 
 
395 aa  113  8.000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  39.58 
 
 
488 aa  112  9e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  39.58 
 
 
488 aa  112  9e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3741  putative PAS/PAC sensor protein  37.86 
 
 
1268 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>