More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2834 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  73.15 
 
 		 488 aa  711    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  74.26 
 
 		 488 aa  724    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  74.2 
 
 		 486 aa  717    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  72.03 
 
 		 484 aa  659    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3693  Fis family transcriptional regulator  70.19 
 
 		 486 aa  671    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  72.73 
 
 		 486 aa  683    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  74.2 
 
 		 486 aa  718    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2932  sigma-54 factor, interaction region  69.66 
 
 		 495 aa  656    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00176909  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  75.11 
 
 		 488 aa  730    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  75.32 
 
 		 488 aa  732    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  68.8 
 
 		 480 aa  669    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  74.89 
 
 		 488 aa  726    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  100 
 
 		 474 aa  971    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  73.99 
 
 		 486 aa  716    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3082  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  70.3 
 
 		 482 aa  672    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  73.77 
 
 		 486 aa  712    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  59.2 
 
 		 474 aa  578  1e-164  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  49.89 
 
 		 639 aa  473  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  49.79 
 
 		 630 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  49.36 
 
 		 629 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  49.36 
 
 		 629 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  48.52 
 
 		 607 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  48.63 
 
 		 641 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  47.58 
 
 		 664 aa  438  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  46.51 
 
 		 624 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 473 aa  355  1e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  49.59 
 
 		 556 aa  347  3e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  42.11 
 
 		 641 aa  343  4e-93  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.22 
 
 		 653 aa  338  1.9999999999999998e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.7 
 
 		 664 aa  333  6e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  37.05 
 
 		 575 aa  331  1e-89  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.74 
 
 		 693 aa  329  6e-89  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.7 
 
 		 648 aa  328  1.0000000000000001e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.75 
 
 		 875 aa  327  2.0000000000000001e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.82 
 
 		 1139 aa  323  4e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 687 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.23 
 
 		 488 aa  318  1e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  46.89 
 
 		 726 aa  317  2e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  47.58 
 
 		 806 aa  318  2e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 510 aa  315  8e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  46.22 
 
 		 516 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  38.56 
 
 		 648 aa  313  3.9999999999999997e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.95 
 
 		 692 aa  313  5.999999999999999e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.53 
 
 		 515 aa  312  6.999999999999999e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.408228 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  47.95 
 
 		 692 aa  312  1e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.95 
 
 		 692 aa  312  1e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.95 
 
 		 692 aa  312  1e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  47.95 
 
 		 692 aa  312  1e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  47.95 
 
 		 692 aa  312  1e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  43.53 
 
 		 551 aa  311  1e-83  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.95 
 
 		 692 aa  312  1e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.95 
 
 		 692 aa  311  2e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  46.33 
 
 		 647 aa  311  2e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  48.38 
 
 		 690 aa  310  5e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.66 
 
 		 687 aa  310  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.55 
 
 		 541 aa  309  6.999999999999999e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.66 
 
 		 692 aa  309  6.999999999999999e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.66 
 
 		 687 aa  309  9e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.66 
 
 		 692 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.67 
 
 		 457 aa  308  1.0000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.66 
 
 		 692 aa  308  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  47.51 
 
 		 688 aa  308  2.0000000000000002e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.95 
 
 		 1082 aa  307  3e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.92 
 
 		 635 aa  307  3e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2569  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.7 
 
 		 509 aa  306  6e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.393427  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.19 
 
 		 481 aa  306  7e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.56 
 
 		 456 aa  304  2.0000000000000002e-81  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  47.11 
 
 		 479 aa  305  2.0000000000000002e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.59 
 
 		 650 aa  304  2.0000000000000002e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.6 
 
 		 602 aa  304  3.0000000000000004e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  48.58 
 
 		 674 aa  303  4.0000000000000003e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.42 
 
 		 670 aa  303  6.000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.14 
 
 		 670 aa  302  7.000000000000001e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  47.14 
 
 		 670 aa  302  8.000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  47.14 
 
 		 668 aa  302  1e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.14 
 
 		 670 aa  302  1e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  47.14 
 
 		 670 aa  302  1e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.42 
 
 		 648 aa  301  1e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  46.86 
 
 		 670 aa  300  5e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 699 aa  299  6e-80  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.83 
 
 		 459 aa  299  7e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  44.69 
 
 		 733 aa  298  1e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 379 aa  297  3e-79  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 551 aa  296  4e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1934  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.9 
 
 		 476 aa  296  5e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.808753  normal  0.132653 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.39 
 
 		 723 aa  295  1e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.2 
 
 		 544 aa  294  2e-78  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.38 
 
 		 724 aa  293  4e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.06 
 
 		 521 aa  292  1e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0601  Fis family transcriptional regulator  47.21 
 
 		 369 aa  291  2e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.69 
 
 		 515 aa  291  2e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2604  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.61 
 
 		 459 aa  290  3e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  47.38 
 
 		 509 aa  290  4e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1201  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.71 
 
 		 471 aa  289  7e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2085  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.92 
 
 		 457 aa  289  9e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3125  putative sigma54 specific transcriptional regulator  46.49 
 
 		 703 aa  288  1e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.189473  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0918  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.4 
 
 		 554 aa  288  1e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4242  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.37 
 
 		 660 aa  288  1e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.82 
 
 		 694 aa  289  1e-76  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 699 aa  288  1e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>