More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0274 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  100 
 
 
474 aa  980    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  61.55 
 
 
488 aa  609  1e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  62.18 
 
 
486 aa  608  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  61.55 
 
 
488 aa  608  1e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  61.34 
 
 
488 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  62.18 
 
 
486 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3082  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  62.53 
 
 
482 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  62.18 
 
 
486 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  61.34 
 
 
488 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  61.97 
 
 
486 aa  604  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  62.63 
 
 
486 aa  599  1e-170  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  60.64 
 
 
488 aa  593  1e-168  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3693  Fis family transcriptional regulator  62.13 
 
 
486 aa  591  1e-167  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  60.3 
 
 
480 aa  587  1e-166  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  59.2 
 
 
474 aa  578  1e-164  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2932  sigma-54 factor, interaction region  58.55 
 
 
495 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00176909  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  60.98 
 
 
484 aa  568  1e-161  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  50.42 
 
 
630 aa  485  1e-136  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  50.74 
 
 
629 aa  484  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  50.53 
 
 
629 aa  480  1e-134  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  49.47 
 
 
639 aa  476  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  50.1 
 
 
664 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  48 
 
 
607 aa  458  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  46.61 
 
 
624 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  49.69 
 
 
641 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  42.71 
 
 
473 aa  359  7e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.59 
 
 
488 aa  349  7e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.71 
 
 
653 aa  347  2e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  50.42 
 
 
556 aa  345  1e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  47.66 
 
 
510 aa  344  2e-93  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  51.27 
 
 
726 aa  344  2e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  50.29 
 
 
806 aa  342  1e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  49.43 
 
 
516 aa  341  2e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  40.65 
 
 
575 aa  339  5.9999999999999996e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.72 
 
 
1139 aa  338  9e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.94 
 
 
457 aa  330  2e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.59 
 
 
664 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.74 
 
 
648 aa  327  3e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  51.18 
 
 
674 aa  326  5e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.14 
 
 
1082 aa  325  8.000000000000001e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.16 
 
 
723 aa  323  3e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.29 
 
 
670 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  48.29 
 
 
668 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  50 
 
 
688 aa  321  1.9999999999999998e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.05 
 
 
650 aa  321  1.9999999999999998e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.57 
 
 
541 aa  321  1.9999999999999998e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  48.29 
 
 
670 aa  320  3e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.29 
 
 
670 aa  320  3e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  48.29 
 
 
670 aa  320  3e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.29 
 
 
670 aa  320  3e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.29 
 
 
648 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1295  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.38 
 
 
457 aa  319  7.999999999999999e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.62254e-16 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  48 
 
 
670 aa  318  1e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  48.73 
 
 
687 aa  318  1e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.99 
 
 
875 aa  317  3e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  46.94 
 
 
733 aa  317  4e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.48 
 
 
724 aa  316  5e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  44.47 
 
 
551 aa  315  8e-85  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2930  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.25 
 
 
457 aa  314  1.9999999999999998e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.41 
 
 
692 aa  313  2.9999999999999996e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.41 
 
 
692 aa  313  2.9999999999999996e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.55 
 
 
692 aa  313  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.41 
 
 
687 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  48.26 
 
 
690 aa  313  3.9999999999999997e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.41 
 
 
687 aa  313  4.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.55 
 
 
692 aa  312  6.999999999999999e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.68 
 
 
692 aa  312  7.999999999999999e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  48.55 
 
 
692 aa  312  9e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.55 
 
 
692 aa  312  9e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  48.55 
 
 
692 aa  312  9e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  48.55 
 
 
692 aa  312  9e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.55 
 
 
692 aa  312  9e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.12 
 
 
692 aa  312  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.48 
 
 
693 aa  311  2e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.64 
 
 
602 aa  308  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.97 
 
 
481 aa  306  4.0000000000000004e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.06 
 
 
515 aa  306  4.0000000000000004e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  44.93 
 
 
699 aa  306  5.0000000000000004e-82  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  46.15 
 
 
647 aa  306  6e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.2 
 
 
635 aa  306  7e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  48.92 
 
 
348 aa  305  9.000000000000001e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  37.34 
 
 
648 aa  305  1.0000000000000001e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  50.33 
 
 
342 aa  305  1.0000000000000001e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  45.68 
 
 
479 aa  304  2.0000000000000002e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  45.74 
 
 
641 aa  303  5.000000000000001e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.13 
 
 
699 aa  301  1e-80  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  42.93 
 
 
507 aa  301  2e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  45.97 
 
 
699 aa  300  3e-80  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.78 
 
 
515 aa  298  1e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.05 
 
 
601 aa  298  1e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5989  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.91 
 
 
459 aa  298  2e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.999422  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.16 
 
 
463 aa  297  2e-79  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.37 
 
 
480 aa  298  2e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  44.5 
 
 
537 aa  296  5e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.06 
 
 
485 aa  295  1e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
379 aa  295  1e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  48.75 
 
 
657 aa  295  2e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1742  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.46 
 
 
346 aa  295  2e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167315  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4242  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.46 
 
 
660 aa  294  2e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.06 
 
 
483 aa  294  2e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>