More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3660 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  100 
 
 
488 aa  1013    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  89.88 
 
 
488 aa  896    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  76.03 
 
 
486 aa  747    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3693  Fis family transcriptional regulator  74.79 
 
 
486 aa  729    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  92.18 
 
 
486 aa  900    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  91.97 
 
 
486 aa  898    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  75.48 
 
 
484 aa  707    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2932  sigma-54 factor, interaction region  75.21 
 
 
495 aa  742    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00176909  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  96.48 
 
 
488 aa  967    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  96.27 
 
 
488 aa  965    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  73.13 
 
 
480 aa  710    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  96.48 
 
 
488 aa  967    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  74.26 
 
 
474 aa  724    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  91.97 
 
 
486 aa  899    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  92.18 
 
 
486 aa  901    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3082  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  74.69 
 
 
482 aa  729    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  61.34 
 
 
474 aa  602  1.0000000000000001e-171  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  48.63 
 
 
630 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  48.73 
 
 
639 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  48.52 
 
 
629 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  47.99 
 
 
629 aa  462  1e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  47.32 
 
 
664 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  48.42 
 
 
607 aa  449  1e-125  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  47.98 
 
 
641 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  45.59 
 
 
624 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  46.89 
 
 
473 aa  359  6e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  50.26 
 
 
556 aa  353  2.9999999999999997e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  48.3 
 
 
575 aa  351  2e-95  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  49.01 
 
 
516 aa  342  8e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  49.15 
 
 
726 aa  341  2e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  41.25 
 
 
641 aa  338  9.999999999999999e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.89 
 
 
664 aa  333  3e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.74 
 
 
648 aa  333  4e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.86 
 
 
1139 aa  332  7.000000000000001e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.2 
 
 
653 aa  329  7e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.69 
 
 
648 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.4 
 
 
670 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  48.4 
 
 
668 aa  327  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.4 
 
 
670 aa  327  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.4 
 
 
670 aa  327  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  48.4 
 
 
670 aa  327  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  46.49 
 
 
647 aa  327  4.0000000000000003e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  48.06 
 
 
687 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  48.4 
 
 
670 aa  326  5e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.99 
 
 
488 aa  324  2e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  47.44 
 
 
806 aa  323  3e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  48.1 
 
 
670 aa  324  3e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  47.92 
 
 
510 aa  322  7e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.62 
 
 
693 aa  320  3.9999999999999996e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.51 
 
 
650 aa  316  6e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.35 
 
 
635 aa  314  1.9999999999999998e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  44.96 
 
 
733 aa  313  4.999999999999999e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.56 
 
 
875 aa  313  4.999999999999999e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  46.65 
 
 
688 aa  313  5.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.25 
 
 
544 aa  313  6.999999999999999e-84  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.8 
 
 
692 aa  311  2e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  47.8 
 
 
692 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.8 
 
 
692 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.4 
 
 
723 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  47.8 
 
 
692 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.8 
 
 
692 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.93 
 
 
457 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.8 
 
 
692 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.56 
 
 
541 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  47.8 
 
 
692 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  44.33 
 
 
551 aa  310  2.9999999999999997e-83  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.8 
 
 
692 aa  310  4e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.76 
 
 
687 aa  310  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.44 
 
 
1082 aa  309  6.999999999999999e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.76 
 
 
692 aa  309  9e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.76 
 
 
687 aa  309  9e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.96 
 
 
459 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.76 
 
 
692 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.76 
 
 
692 aa  307  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.22 
 
 
515 aa  308  2.0000000000000002e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  47.38 
 
 
674 aa  307  3e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.55 
 
 
724 aa  306  6e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.15 
 
 
521 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  45.81 
 
 
690 aa  304  2.0000000000000002e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  45.03 
 
 
479 aa  303  5.000000000000001e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2930  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.58 
 
 
457 aa  303  6.000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.47 
 
 
602 aa  302  8.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1295  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.71 
 
 
457 aa  301  2e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.62254e-16 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.42 
 
 
481 aa  300  4e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.5 
 
 
515 aa  298  2e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  40.49 
 
 
551 aa  298  2e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  36.65 
 
 
648 aa  296  5e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  46.13 
 
 
509 aa  296  6e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  47.78 
 
 
342 aa  296  6e-79  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  49.35 
 
 
379 aa  296  7e-79  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2361  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.94 
 
 
450 aa  294  2e-78  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2569  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.77 
 
 
509 aa  295  2e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.393427  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  39.39 
 
 
514 aa  293  3e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.13 
 
 
509 aa  294  3e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.91 
 
 
456 aa  293  5e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3125  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.27 
 
 
703 aa  292  8e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.189473  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  45.04 
 
 
517 aa  292  9e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0168  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.86 
 
 
462 aa  290  5.0000000000000004e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  41.94 
 
 
539 aa  289  9e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3126  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  45.11 
 
 
684 aa  288  1e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>