More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A3064 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  90.59 
 
 
692 aa  1292    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  90.59 
 
 
692 aa  1292    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  90.59 
 
 
692 aa  1292    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  99.86 
 
 
692 aa  1421    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  90.59 
 
 
692 aa  1294    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  86.99 
 
 
690 aa  1240    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  99.71 
 
 
687 aa  1408    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  90.59 
 
 
692 aa  1292    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  90.59 
 
 
692 aa  1294    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  90.59 
 
 
692 aa  1292    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  52.52 
 
 
723 aa  657    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  90.74 
 
 
692 aa  1296    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.83 
 
 
724 aa  650    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  61 
 
 
688 aa  816    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  99.85 
 
 
687 aa  1410    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  100 
 
 
692 aa  1423    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  99.86 
 
 
692 aa  1419    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.79 
 
 
670 aa  523  1e-147  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  44.06 
 
 
733 aa  525  1e-147  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  50.53 
 
 
668 aa  519  1e-146  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.53 
 
 
648 aa  520  1e-146  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.7 
 
 
670 aa  520  1e-146  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  50.62 
 
 
670 aa  520  1e-146  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  50.53 
 
 
670 aa  520  1e-146  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  50.44 
 
 
670 aa  519  1e-146  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.35 
 
 
670 aa  518  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  45.32 
 
 
674 aa  417  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  54.36 
 
 
473 aa  364  3e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  52.15 
 
 
379 aa  355  2e-96  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.01 
 
 
664 aa  355  2e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.76 
 
 
648 aa  354  2.9999999999999997e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  56.78 
 
 
342 aa  353  4e-96  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.06 
 
 
1082 aa  353  7e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.87 
 
 
488 aa  353  8e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.4 
 
 
693 aa  352  1e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  47.15 
 
 
556 aa  351  2e-95  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  39.01 
 
 
699 aa  351  3e-95  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  47.2 
 
 
510 aa  347  3e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.08 
 
 
875 aa  340  4e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.12 
 
 
1139 aa  338  9.999999999999999e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.91 
 
 
541 aa  339  9.999999999999999e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  48.35 
 
 
575 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  50.59 
 
 
806 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.71 
 
 
515 aa  338  1.9999999999999998e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.08 
 
 
694 aa  337  3.9999999999999995e-91  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  37.76 
 
 
699 aa  336  7e-91  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  36.69 
 
 
700 aa  336  1e-90  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  46.79 
 
 
479 aa  336  1e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.29 
 
 
653 aa  334  3e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.96 
 
 
602 aa  333  9e-90  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  47.97 
 
 
516 aa  333  9e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.5 
 
 
635 aa  331  3e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.21 
 
 
699 aa  329  1.0000000000000001e-88  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  46.72 
 
 
551 aa  327  6e-88  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  48.69 
 
 
486 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  48.69 
 
 
486 aa  321  3e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  48.69 
 
 
486 aa  321  3e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  48.69 
 
 
486 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  51.3 
 
 
664 aa  318  2e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  50.89 
 
 
641 aa  317  4e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  47.38 
 
 
488 aa  317  7e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  48.09 
 
 
480 aa  316  8e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  45.55 
 
 
517 aa  315  9.999999999999999e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  47.09 
 
 
488 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  47.09 
 
 
488 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  50.86 
 
 
629 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  50.71 
 
 
647 aa  314  2.9999999999999996e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  50.86 
 
 
629 aa  315  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  52.08 
 
 
726 aa  314  3.9999999999999997e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  51.3 
 
 
641 aa  314  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  49.41 
 
 
474 aa  313  4.999999999999999e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  48.52 
 
 
488 aa  313  5.999999999999999e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.78 
 
 
650 aa  313  6.999999999999999e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  48.91 
 
 
607 aa  312  1e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  47.81 
 
 
624 aa  312  1e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  49.86 
 
 
639 aa  311  2e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  50.43 
 
 
630 aa  311  2e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3082  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.25 
 
 
482 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  49.56 
 
 
486 aa  310  5.9999999999999995e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.85 
 
 
470 aa  310  8e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2429  NifA subfamily transcriptional regulator  38.73 
 
 
522 aa  309  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0629809 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  41.53 
 
 
514 aa  309  1.0000000000000001e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.07 
 
 
473 aa  309  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.45 
 
 
473 aa  309  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.23 
 
 
481 aa  309  1.0000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.45 
 
 
473 aa  309  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  52.38 
 
 
687 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  47.66 
 
 
474 aa  309  1.0000000000000001e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  46.76 
 
 
488 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2552  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.73 
 
 
525 aa  308  3e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2456  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.92 
 
 
525 aa  308  3e-82  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0352047  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1401  NifA subfamily transcriptional regulator  45.45 
 
 
562 aa  307  4.0000000000000004e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  47.65 
 
 
484 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.32 
 
 
515 aa  305  2.0000000000000002e-81  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.68 
 
 
461 aa  303  1e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2932  sigma-54 factor, interaction region  42.23 
 
 
495 aa  302  1e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00176909  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  42.93 
 
 
509 aa  301  2e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3693  Fis family transcriptional regulator  48.55 
 
 
486 aa  301  3e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  41.46 
 
 
513 aa  300  4e-80  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.5 
 
 
601 aa  300  5e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>