More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2667 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  100 
 
 
551 aa  1107    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0918  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.29 
 
 
554 aa  490  1e-137  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4753  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.5 
 
 
557 aa  490  1e-137  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.050677  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.9 
 
 
601 aa  469  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  49.91 
 
 
551 aa  453  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  56.65 
 
 
607 aa  423  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  61.13 
 
 
641 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  57.14 
 
 
639 aa  421  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  61.54 
 
 
664 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  56.42 
 
 
630 aa  413  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  59.66 
 
 
629 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  59.94 
 
 
629 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  59.09 
 
 
624 aa  398  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.12 
 
 
488 aa  363  3e-99  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1399  ATPase  50.62 
 
 
419 aa  361  2e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.07 
 
 
875 aa  351  2e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  47.33 
 
 
733 aa  351  2e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  46.46 
 
 
674 aa  348  1e-94  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  49.6 
 
 
699 aa  347  3e-94  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.56 
 
 
693 aa  346  5e-94  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  48.67 
 
 
668 aa  344  2e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.67 
 
 
670 aa  344  2e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  48.8 
 
 
670 aa  344  2e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  48.67 
 
 
670 aa  344  2e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.67 
 
 
670 aa  344  2e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.36 
 
 
1082 aa  344  2.9999999999999997e-93  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.8 
 
 
648 aa  344  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  48.93 
 
 
473 aa  343  5e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  48.4 
 
 
670 aa  342  7e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.4 
 
 
670 aa  342  7e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.37 
 
 
692 aa  342  8e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.37 
 
 
692 aa  341  2e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.37 
 
 
692 aa  341  2e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.87 
 
 
653 aa  340  4e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  50.27 
 
 
648 aa  339  7e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  47.12 
 
 
692 aa  339  9e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  47.12 
 
 
692 aa  339  9e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.12 
 
 
692 aa  339  9e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.12 
 
 
692 aa  339  9e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  47.12 
 
 
692 aa  339  9e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  49.71 
 
 
516 aa  339  9.999999999999999e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  46.59 
 
 
556 aa  336  5e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  48.92 
 
 
700 aa  335  9e-91  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.24 
 
 
687 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.88 
 
 
541 aa  335  1e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.72 
 
 
692 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.72 
 
 
687 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.72 
 
 
692 aa  335  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  46.85 
 
 
690 aa  334  2e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.72 
 
 
692 aa  334  3e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.41 
 
 
457 aa  333  4e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.45 
 
 
723 aa  333  6e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  49.13 
 
 
687 aa  333  6e-90  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  49.19 
 
 
699 aa  332  9e-90  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  46.17 
 
 
688 aa  330  4e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  42.79 
 
 
480 aa  330  5.0000000000000004e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.05 
 
 
699 aa  330  6e-89  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.83 
 
 
694 aa  328  2.0000000000000001e-88  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  48.3 
 
 
806 aa  328  2.0000000000000001e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.67 
 
 
724 aa  327  3e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4242  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.09 
 
 
660 aa  327  4.0000000000000003e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.85 
 
 
635 aa  325  1e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  47.58 
 
 
575 aa  325  2e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  48.31 
 
 
510 aa  324  2e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.59 
 
 
648 aa  324  3e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  49.86 
 
 
726 aa  323  4e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  54.6 
 
 
348 aa  323  7e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.04 
 
 
515 aa  322  9.999999999999999e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  45.09 
 
 
488 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.69 
 
 
664 aa  322  9.999999999999999e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0601  Fis family transcriptional regulator  51.98 
 
 
369 aa  321  1.9999999999999998e-86  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  49.86 
 
 
641 aa  321  1.9999999999999998e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.21 
 
 
602 aa  321  1.9999999999999998e-86  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  45.09 
 
 
488 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  44.84 
 
 
488 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2569  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  54.71 
 
 
509 aa  319  7.999999999999999e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.393427  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  44.47 
 
 
474 aa  317  3e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.8 
 
 
481 aa  316  8e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.28 
 
 
1139 aa  315  9.999999999999999e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  44.58 
 
 
484 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.9 
 
 
515 aa  313  2.9999999999999996e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  43.53 
 
 
474 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  44.33 
 
 
488 aa  313  5.999999999999999e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  44.86 
 
 
486 aa  312  7.999999999999999e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  46.98 
 
 
479 aa  311  1e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  43.36 
 
 
514 aa  310  5.9999999999999995e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  42.96 
 
 
488 aa  310  5.9999999999999995e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.16 
 
 
461 aa  308  1.0000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3693  Fis family transcriptional regulator  43.83 
 
 
486 aa  306  7e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  43.47 
 
 
486 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  43.47 
 
 
486 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  43.47 
 
 
486 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  48.92 
 
 
379 aa  303  4.0000000000000003e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  43.47 
 
 
486 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  49.38 
 
 
342 aa  303  5.000000000000001e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  55.52 
 
 
463 aa  303  7.000000000000001e-81  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  47.58 
 
 
647 aa  300  5e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  45.91 
 
 
513 aa  300  6e-80  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3126  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  42.93 
 
 
684 aa  299  8e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.42 
 
 
515 aa  299  8e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>