More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1020 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  100 
 
 
516 aa  1048    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  64.23 
 
 
575 aa  515  1.0000000000000001e-145  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  66.58 
 
 
806 aa  501  1e-140  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.13 
 
 
488 aa  460  9.999999999999999e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  58.67 
 
 
556 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  56.27 
 
 
510 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  56.2 
 
 
726 aa  389  1e-107  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  56.9 
 
 
687 aa  387  1e-106  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  52.86 
 
 
648 aa  378  1e-103  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  52.87 
 
 
473 aa  378  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  52.69 
 
 
664 aa  375  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.85 
 
 
1139 aa  369  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  52.96 
 
 
647 aa  365  1e-100  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.17 
 
 
875 aa  353  2.9999999999999997e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
484 aa  349  6e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  49.29 
 
 
488 aa  345  1e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  49.29 
 
 
488 aa  344  2e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  49.01 
 
 
488 aa  343  4e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  52.49 
 
 
674 aa  342  7e-93  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.07 
 
 
693 aa  342  9e-93  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  49.01 
 
 
488 aa  342  1e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  51.55 
 
 
641 aa  342  1e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  49.43 
 
 
474 aa  340  2.9999999999999998e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.03 
 
 
1082 aa  340  2.9999999999999998e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  49.86 
 
 
551 aa  338  9.999999999999999e-92  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.91 
 
 
635 aa  338  9.999999999999999e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  51.34 
 
 
479 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.25 
 
 
451 aa  337  2.9999999999999997e-91  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.59 
 
 
692 aa  337  2.9999999999999997e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  49.29 
 
 
486 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  49.29 
 
 
486 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  49.59 
 
 
692 aa  337  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.59 
 
 
692 aa  337  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.59 
 
 
692 aa  337  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  49.59 
 
 
692 aa  337  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  49.59 
 
 
692 aa  337  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  49.29 
 
 
486 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  49.29 
 
 
486 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.59 
 
 
692 aa  336  5.999999999999999e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  48.61 
 
 
486 aa  336  7e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  49.71 
 
 
648 aa  336  7.999999999999999e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.47 
 
 
653 aa  335  1e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.32 
 
 
692 aa  335  2e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  49.05 
 
 
690 aa  334  2e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  48.87 
 
 
488 aa  334  3e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  48.55 
 
 
699 aa  332  7.000000000000001e-90  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.97 
 
 
692 aa  332  7.000000000000001e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.04 
 
 
687 aa  332  8e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.97 
 
 
692 aa  332  8e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.97 
 
 
687 aa  332  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.97 
 
 
692 aa  332  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  47.16 
 
 
700 aa  330  3e-89  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.41 
 
 
699 aa  330  4e-89  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  47.03 
 
 
480 aa  329  6e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.05 
 
 
456 aa  329  7e-89  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  47.93 
 
 
624 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3693  Fis family transcriptional regulator  48.16 
 
 
486 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.64 
 
 
467 aa  327  4.0000000000000003e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.21045  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.48 
 
 
650 aa  326  5e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  51.56 
 
 
342 aa  325  8.000000000000001e-88  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.29 
 
 
670 aa  325  1e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.14 
 
 
694 aa  325  2e-87  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2310  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.04 
 
 
469 aa  324  2e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.294968  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  45.99 
 
 
670 aa  324  2e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2398  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.04 
 
 
469 aa  324  2e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.313034  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  45.99 
 
 
668 aa  324  3e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.99 
 
 
670 aa  324  3e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  45.99 
 
 
670 aa  324  3e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3082  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.03 
 
 
482 aa  324  3e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.14 
 
 
541 aa  323  4e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.52 
 
 
481 aa  323  4e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  46.69 
 
 
641 aa  323  4e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0970  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.98 
 
 
459 aa  323  4e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000694494  normal  0.524712 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  45.88 
 
 
630 aa  323  5e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.6 
 
 
453 aa  323  6e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.63 
 
 
723 aa  323  6e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.99 
 
 
670 aa  323  7e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.72 
 
 
648 aa  323  7e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.42 
 
 
480 aa  322  8e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.24 
 
 
453 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  45.72 
 
 
670 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  46.43 
 
 
664 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2932  sigma-54 factor, interaction region  46.76 
 
 
495 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00176909  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.99 
 
 
456 aa  320  3e-86  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  42.26 
 
 
466 aa  320  3.9999999999999996e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0790  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.31 
 
 
466 aa  320  3.9999999999999996e-86  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.25 
 
 
458 aa  320  6e-86  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  45.33 
 
 
629 aa  319  7.999999999999999e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.2 
 
 
453 aa  319  7.999999999999999e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  51.09 
 
 
348 aa  319  7.999999999999999e-86  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.13 
 
 
463 aa  318  1e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  47.55 
 
 
699 aa  318  1e-85  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  45.05 
 
 
629 aa  317  3e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.47 
 
 
463 aa  316  5e-85  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.15 
 
 
454 aa  316  8e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.06 
 
 
461 aa  315  9.999999999999999e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37 
 
 
455 aa  315  9.999999999999999e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.85 
 
 
478 aa  314  1.9999999999999998e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4242  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.51 
 
 
660 aa  315  1.9999999999999998e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  48.4 
 
 
379 aa  314  1.9999999999999998e-84  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>