More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd1591_2724 on replicon NC_012912
Organism: Dickeya zeae Ech1591



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  52.04 
 
 
692 aa  655    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  52.04 
 
 
692 aa  655    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.11 
 
 
692 aa  659    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.68 
 
 
687 aa  656    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  52.04 
 
 
692 aa  655    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.04 
 
 
692 aa  655    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.04 
 
 
692 aa  654    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  54.75 
 
 
688 aa  694    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  100 
 
 
723 aa  1462    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.04 
 
 
692 aa  655    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.52 
 
 
692 aa  657    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  52.04 
 
 
692 aa  655    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  81.08 
 
 
724 aa  1158    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.52 
 
 
692 aa  657    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.04 
 
 
692 aa  654    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  52.61 
 
 
690 aa  666    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  51.9 
 
 
687 aa  659    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  49.86 
 
 
733 aa  631  1e-179  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  52.31 
 
 
670 aa  565  1e-160  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  52.14 
 
 
670 aa  566  1e-160  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.21 
 
 
670 aa  564  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  51.97 
 
 
648 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  51.97 
 
 
668 aa  562  1e-158  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  51.97 
 
 
670 aa  561  1e-158  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  51.97 
 
 
670 aa  561  1e-158  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  51.97 
 
 
670 aa  561  1e-158  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  45.77 
 
 
674 aa  407  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.1 
 
 
875 aa  366  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  50.39 
 
 
510 aa  360  5e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  46.78 
 
 
556 aa  354  2e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.97 
 
 
1082 aa  354  2.9999999999999997e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  52.09 
 
 
473 aa  351  2e-95  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  52.31 
 
 
379 aa  348  2e-94  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.06 
 
 
541 aa  348  2e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.71 
 
 
693 aa  346  7e-94  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.27 
 
 
664 aa  343  9e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.07 
 
 
488 aa  342  2e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  46.61 
 
 
479 aa  340  4e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  35.42 
 
 
699 aa  340  5.9999999999999996e-92  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  46.98 
 
 
575 aa  340  7e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  36.87 
 
 
699 aa  340  7e-92  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  36.93 
 
 
700 aa  337  3.9999999999999995e-91  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.97 
 
 
648 aa  337  3.9999999999999995e-91  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  40.94 
 
 
517 aa  337  5.999999999999999e-91  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.16 
 
 
515 aa  335  1e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2552  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.78 
 
 
525 aa  333  7.000000000000001e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1401  NifA subfamily transcriptional regulator  41.97 
 
 
562 aa  333  8e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2456  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.97 
 
 
525 aa  333  8e-90  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0352047  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  53.85 
 
 
342 aa  330  4e-89  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.97 
 
 
699 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.07 
 
 
694 aa  328  3e-88  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  45.01 
 
 
514 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  51.78 
 
 
630 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.62 
 
 
653 aa  327  5e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  45.45 
 
 
551 aa  325  2e-87  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  49.16 
 
 
474 aa  323  5e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.24 
 
 
635 aa  323  8e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  47.63 
 
 
516 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  48.32 
 
 
806 aa  322  1.9999999999999998e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  48.63 
 
 
726 aa  320  5e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  50.56 
 
 
629 aa  320  7.999999999999999e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  50.56 
 
 
629 aa  319  9e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.14 
 
 
515 aa  317  7e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.44 
 
 
1139 aa  316  8e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.4 
 
 
602 aa  316  9.999999999999999e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  44.2 
 
 
509 aa  316  9.999999999999999e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  47.91 
 
 
488 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  47.91 
 
 
488 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  44.42 
 
 
624 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.31 
 
 
521 aa  313  6.999999999999999e-84  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  47.95 
 
 
488 aa  313  6.999999999999999e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2429  NifA subfamily transcriptional regulator  39.29 
 
 
522 aa  313  9e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0629809 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  48.32 
 
 
486 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  48.32 
 
 
486 aa  312  2e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  48.35 
 
 
486 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  48.35 
 
 
486 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  43.33 
 
 
513 aa  311  2.9999999999999997e-83  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  47.89 
 
 
488 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  47.4 
 
 
488 aa  310  4e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.09 
 
 
509 aa  311  4e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  47.51 
 
 
484 aa  310  6.999999999999999e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.06 
 
 
601 aa  309  1.0000000000000001e-82  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  48.36 
 
 
639 aa  309  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  50.97 
 
 
664 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  50.69 
 
 
641 aa  307  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  48.55 
 
 
607 aa  306  9.000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1470  NifA subfamily transcriptional regulator  52.48 
 
 
926 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.07 
 
 
650 aa  306  1.0000000000000001e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.29 
 
 
457 aa  306  1.0000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  47.92 
 
 
647 aa  306  1.0000000000000001e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.45 
 
 
457 aa  305  2.0000000000000002e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  46.13 
 
 
641 aa  304  4.0000000000000003e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  46.24 
 
 
480 aa  304  4.0000000000000003e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.43 
 
 
515 aa  304  4.0000000000000003e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.74 
 
 
473 aa  304  5.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.74 
 
 
473 aa  304  5.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0918  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.46 
 
 
554 aa  302  1e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48 
 
 
457 aa  302  2e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.09 
 
 
473 aa  302  2e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.88 
 
 
522 aa  301  2e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.860902  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>