More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2522 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  79.45 
 
 		 509 aa  827    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  100 
 
 		 509 aa  1024    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  64.17 
 
 		 514 aa  633  1e-180  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  63.35 
 
 		 517 aa  630  1e-179  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3199  Fis family transcriptional regulator  58.87 
 
 		 520 aa  580  1e-164  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1300  putative phytochrome sensor protein  57.14 
 
 		 518 aa  569  1e-161  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.03 
 
 		 521 aa  472  1e-132  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3126  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  50 
 
 		 684 aa  461  9.999999999999999e-129  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3125  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.13 
 
 		 703 aa  435  1e-120  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.189473  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0361  Fis family transcriptional regulator  49.4 
 
 		 681 aa  429  1e-119  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3059  formate hydrogenlyase transcriptional activator, putative  44.6 
 
 		 508 aa  397  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1488  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.95 
 
 		 508 aa  393  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0346  formate hydrogenlyase transcriptional activator, putative  42.8 
 
 		 518 aa  389  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.501163 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2433  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.87 
 
 		 508 aa  389  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0437248  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3367  response regulator receiver protein  43.55 
 
 		 508 aa  384  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2282  Fis family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 507 aa  380  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.17 
 
 		 635 aa  330  3e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.15 
 
 		 670 aa  326  6e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  44.9 
 
 		 670 aa  326  7e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.9 
 
 		 670 aa  325  8.000000000000001e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  44.9 
 
 		 668 aa  325  1e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  44.9 
 
 		 670 aa  325  1e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  44.95 
 
 		 670 aa  325  1e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  44.66 
 
 		 648 aa  324  2e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.05 
 
 		 481 aa  323  3e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  44.66 
 
 		 670 aa  323  4e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2456  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.79 
 
 		 525 aa  322  9.999999999999999e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0352047  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.14 
 
 		 488 aa  322  9.999999999999999e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2552  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.79 
 
 		 525 aa  321  1.9999999999999998e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  46.57 
 
 		 556 aa  320  3e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1401  NifA subfamily transcriptional regulator  40.79 
 
 		 562 aa  320  3e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.11 
 
 		 875 aa  320  5e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.99 
 
 		 1082 aa  317  4e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.97 
 
 		 693 aa  315  1.9999999999999998e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  44.72 
 
 		 657 aa  311  1e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.09 
 
 		 664 aa  311  2e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.09 
 
 		 723 aa  311  2.9999999999999997e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  37.57 
 
 		 733 aa  310  4e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.23 
 
 		 724 aa  310  5e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.94 
 
 		 650 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41 
 
 		 648 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2429  NifA subfamily transcriptional regulator  39.4 
 
 		 522 aa  308  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0629809 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.47 
 
 		 457 aa  308  1.0000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 473 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  43.62 
 
 		 692 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  43.62 
 
 		 692 aa  305  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.62 
 
 		 692 aa  305  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  43.62 
 
 		 692 aa  305  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  43.62 
 
 		 692 aa  305  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  43.62 
 
 		 692 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  43.62 
 
 		 692 aa  305  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.44 
 
 		 653 aa  305  2.0000000000000002e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  43.62 
 
 		 692 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  42.17 
 
 		 688 aa  300  3e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  47.37 
 
 		 516 aa  300  4e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 687 aa  300  4e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.91 
 
 		 541 aa  300  5e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  43.46 
 
 		 674 aa  300  5e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  47.59 
 
 		 488 aa  299  1e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 699 aa  299  1e-79  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 486 aa  298  1e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.97 
 
 		 694 aa  298  2e-79  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.83 
 
 		 515 aa  298  2e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.89 
 
 		 687 aa  298  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.64 
 
 		 692 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.09 
 
 		 602 aa  297  3e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 486 aa  297  4e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.64 
 
 		 687 aa  296  4e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.97 
 
 		 699 aa  296  4e-79  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.73 
 
 		 515 aa  297  4e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.64 
 
 		 692 aa  297  4e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 486 aa  296  4e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 488 aa  296  5e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  46.42 
 
 		 486 aa  296  7e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 488 aa  296  7e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 488 aa  296  7e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.64 
 
 		 692 aa  296  8e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.78 
 
 		 601 aa  296  9e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 463 aa  295  1e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.82 
 
 		 561 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  46.13 
 
 		 488 aa  294  3e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  41.22 
 
 		 690 aa  294  3e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  44.06 
 
 		 551 aa  293  5e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1742  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.73 
 
 		 346 aa  293  6e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  41.69 
 
 		 480 aa  293  6e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.4 
 
 		 515 aa  293  7e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  46.8 
 
 		 575 aa  291  2e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 700 aa  291  3e-77  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 484 aa  290  3e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  49.55 
 
 		 648 aa  290  6e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  44.44 
 
 		 630 aa  290  6e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 510 aa  289  9e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 699 aa  289  1e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  46.45 
 
 		 726 aa  288  2e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  44.54 
 
 		 647 aa  287  2e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 379 aa  287  2.9999999999999996e-76  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  47.09 
 
 		 806 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.79 
 
 		 461 aa  286  5e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  43.67 
 
 		 479 aa  286  8e-76  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  43.64 
 
 		 481 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>