More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0361 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_3125  putative sigma54 specific transcriptional regulator  52.86 
 
 
703 aa  696    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.189473  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0361  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
681 aa  1396    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3126  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  53.08 
 
 
684 aa  719    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  50.89 
 
 
509 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  49.11 
 
 
517 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.4 
 
 
509 aa  438  1e-121  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.21 
 
 
521 aa  430  1e-119  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  46.44 
 
 
514 aa  427  1e-118  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1300  putative phytochrome sensor protein  46.17 
 
 
518 aa  427  1e-118  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3199  Fis family transcriptional regulator  46.37 
 
 
520 aa  421  1e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0346  formate hydrogenlyase transcriptional activator, putative  39.61 
 
 
518 aa  370  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.501163 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3367  response regulator receiver protein  40.86 
 
 
508 aa  361  3e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2282  Fis family transcriptional regulator  41.06 
 
 
507 aa  353  7e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3059  formate hydrogenlyase transcriptional activator, putative  40.51 
 
 
508 aa  352  8.999999999999999e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2433  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.09 
 
 
508 aa  352  1e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0437248  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1488  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.22 
 
 
508 aa  342  2e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2456  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.28 
 
 
525 aa  317  6e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0352047  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.13 
 
 
1082 aa  317  6e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2552  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.28 
 
 
525 aa  316  7e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1401  NifA subfamily transcriptional regulator  49.28 
 
 
562 aa  316  9.999999999999999e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2429  NifA subfamily transcriptional regulator  48.56 
 
 
522 aa  315  1.9999999999999998e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0629809 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.8 
 
 
653 aa  310  5.9999999999999995e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.69 
 
 
693 aa  310  8e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.79 
 
 
875 aa  309  9e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  48.85 
 
 
575 aa  308  3e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.58 
 
 
635 aa  307  3e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.33 
 
 
541 aa  304  4.0000000000000003e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.01 
 
 
670 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.15 
 
 
723 aa  303  5.000000000000001e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.2 
 
 
670 aa  303  6.000000000000001e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.43 
 
 
670 aa  303  6.000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  41.77 
 
 
668 aa  302  1e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  41.77 
 
 
670 aa  302  1e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.77 
 
 
648 aa  302  1e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  41.77 
 
 
670 aa  302  1e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  41.52 
 
 
670 aa  300  5e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  48.41 
 
 
556 aa  298  2e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  43.24 
 
 
733 aa  298  2e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.16 
 
 
650 aa  298  2e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.06 
 
 
724 aa  297  5e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  47.04 
 
 
480 aa  296  1e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1742  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.76 
 
 
346 aa  294  5e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167315  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  48.08 
 
 
641 aa  293  5e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  39.77 
 
 
688 aa  293  6e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  48.08 
 
 
486 aa  292  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.77 
 
 
481 aa  291  2e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.9 
 
 
488 aa  292  2e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  46.65 
 
 
488 aa  291  2e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  46.65 
 
 
488 aa  291  3e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.53 
 
 
515 aa  291  3e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  46.65 
 
 
488 aa  291  3e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  46.65 
 
 
488 aa  291  3e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  47.79 
 
 
486 aa  291  4e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  47.79 
 
 
484 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  47.79 
 
 
486 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  47.79 
 
 
486 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  47.63 
 
 
488 aa  290  7e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  48.82 
 
 
510 aa  289  9e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  44.8 
 
 
473 aa  289  1e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  46.8 
 
 
624 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  46.88 
 
 
630 aa  288  2e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1470  NifA subfamily transcriptional regulator  51.42 
 
 
926 aa  287  4e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.17 
 
 
515 aa  287  5e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  48.83 
 
 
474 aa  286  7e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  39.82 
 
 
692 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.82 
 
 
692 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  39.82 
 
 
692 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  39.82 
 
 
692 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  39.82 
 
 
692 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  47.51 
 
 
687 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  39.82 
 
 
692 aa  285  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  49.07 
 
 
657 aa  285  2.0000000000000002e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  39.5 
 
 
692 aa  285  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.05 
 
 
687 aa  285  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  39.82 
 
 
692 aa  284  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  38.62 
 
 
486 aa  284  4.0000000000000003e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.05 
 
 
687 aa  283  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  39.77 
 
 
692 aa  283  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  43.65 
 
 
806 aa  284  5.000000000000001e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  46.47 
 
 
647 aa  283  6.000000000000001e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.05 
 
 
692 aa  283  6.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.77 
 
 
601 aa  283  7.000000000000001e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  44.67 
 
 
674 aa  283  7.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  44.1 
 
 
699 aa  283  8.000000000000001e-75  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  45.21 
 
 
516 aa  283  9e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.55 
 
 
461 aa  282  1e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.05 
 
 
692 aa  283  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  47.34 
 
 
726 aa  283  1e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.8 
 
 
457 aa  281  2e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.57 
 
 
515 aa  281  2e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.57 
 
 
602 aa  279  1e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  45.4 
 
 
700 aa  279  1e-73  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  46.13 
 
 
664 aa  279  1e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  45.56 
 
 
641 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  54.72 
 
 
539 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  45.74 
 
 
629 aa  278  2e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.03 
 
 
459 aa  278  3e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  45.74 
 
 
629 aa  278  3e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  38.11 
 
 
690 aa  277  4e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  41.6 
 
 
551 aa  277  5e-73  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>