More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_3750 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
379 aa  764    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  53.01 
 
 
692 aa  360  3e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  53.01 
 
 
692 aa  360  3e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  53.01 
 
 
692 aa  360  3e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  58.97 
 
 
342 aa  358  8e-98  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  52.72 
 
 
692 aa  358  9e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  52.72 
 
 
692 aa  358  9e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  52.72 
 
 
692 aa  358  9e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.72 
 
 
692 aa  358  9e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  52.72 
 
 
692 aa  358  9e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.15 
 
 
692 aa  355  6.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.15 
 
 
687 aa  355  7.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.15 
 
 
692 aa  355  7.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.15 
 
 
687 aa  354  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  51.59 
 
 
690 aa  353  2e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.15 
 
 
692 aa  354  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  54.63 
 
 
688 aa  352  8e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  52.31 
 
 
723 aa  348  9e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  56.51 
 
 
674 aa  344  1e-93  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  53.37 
 
 
724 aa  344  1e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  54.66 
 
 
473 aa  339  4e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  55.88 
 
 
556 aa  330  3e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.19 
 
 
670 aa  329  4e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  52.9 
 
 
510 aa  328  7e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  51.88 
 
 
668 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.88 
 
 
670 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  51.88 
 
 
670 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  51.88 
 
 
670 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  51.88 
 
 
670 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  51.56 
 
 
648 aa  326  3e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  51.56 
 
 
670 aa  326  5e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.73 
 
 
488 aa  325  6e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  51.31 
 
 
480 aa  325  8.000000000000001e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  49.27 
 
 
733 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  49.2 
 
 
575 aa  319  3.9999999999999996e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.12 
 
 
481 aa  316  4e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.58 
 
 
602 aa  314  9.999999999999999e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  48.4 
 
 
516 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  48.39 
 
 
486 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  48.39 
 
 
486 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  48.39 
 
 
486 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  48.39 
 
 
486 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.16 
 
 
648 aa  313  3.9999999999999997e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  48.26 
 
 
488 aa  312  7.999999999999999e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.16 
 
 
664 aa  312  7.999999999999999e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  50.65 
 
 
484 aa  311  1e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  50.16 
 
 
486 aa  310  2e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.43 
 
 
1139 aa  310  2e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.42 
 
 
653 aa  308  1.0000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.08 
 
 
635 aa  308  1.0000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.44 
 
 
650 aa  307  2.0000000000000002e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  50 
 
 
806 aa  306  5.0000000000000004e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2932  sigma-54 factor, interaction region  49.37 
 
 
495 aa  306  6e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00176909  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
488 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
488 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  48.92 
 
 
551 aa  303  3.0000000000000004e-81  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.16 
 
 
515 aa  303  3.0000000000000004e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
488 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  50.97 
 
 
687 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.79 
 
 
875 aa  301  9e-81  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.17 
 
 
541 aa  301  2e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0918  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.99 
 
 
554 aa  299  7e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3693  Fis family transcriptional regulator  49.51 
 
 
486 aa  298  1e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.49 
 
 
515 aa  298  1e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  49.35 
 
 
474 aa  297  2e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  49.35 
 
 
488 aa  296  5e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  49.19 
 
 
726 aa  295  7e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  50.63 
 
 
629 aa  295  1e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  50 
 
 
474 aa  295  1e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.75 
 
 
463 aa  295  1e-78  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  50.63 
 
 
629 aa  295  1e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  50.47 
 
 
699 aa  295  1e-78  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3082  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.67 
 
 
482 aa  294  2e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.17 
 
 
693 aa  293  3e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  49.84 
 
 
630 aa  293  3e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.66 
 
 
544 aa  293  4e-78  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  46.99 
 
 
657 aa  293  4e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  47.78 
 
 
479 aa  292  6e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
699 aa  292  7e-78  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  50.16 
 
 
641 aa  292  8e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  48.68 
 
 
641 aa  291  9e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.92 
 
 
470 aa  291  1e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  48.84 
 
 
664 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.84 
 
 
699 aa  290  2e-77  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.33 
 
 
457 aa  290  2e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.39 
 
 
1082 aa  291  2e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.62 
 
 
473 aa  288  9e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.62 
 
 
473 aa  288  9e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.66 
 
 
515 aa  288  1e-76  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  48.91 
 
 
509 aa  288  1e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.76 
 
 
509 aa  287  2e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  49.06 
 
 
700 aa  286  2.9999999999999996e-76  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2914  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.44 
 
 
459 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  47.27 
 
 
549 aa  285  9e-76  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.62 
 
 
456 aa  285  9e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.45 
 
 
455 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  47.69 
 
 
471 aa  284  2.0000000000000002e-75  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  47.69 
 
 
471 aa  284  2.0000000000000002e-75  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48 
 
 
473 aa  284  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.93 
 
 
461 aa  284  2.0000000000000002e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>