More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_3125 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_3126  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  58.43 
 
 		 684 aa  807    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0361  Fis family transcriptional regulator  52.86 
 
 		 681 aa  686    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3125  putative sigma54 specific transcriptional regulator  100 
 
 		 703 aa  1451    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.189473  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  48.72 
 
 		 509 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.05 
 
 		 521 aa  455  1.0000000000000001e-126  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  47.15 
 
 		 517 aa  443  1e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  46.61 
 
 		 514 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.13 
 
 		 509 aa  435  1e-120  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3199  Fis family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 520 aa  412  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1300  putative phytochrome sensor protein  45.16 
 
 		 518 aa  409  1e-113  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2282  Fis family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 507 aa  370  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3059  formate hydrogenlyase transcriptional activator, putative  42.13 
 
 		 508 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3367  response regulator receiver protein  40.04 
 
 		 508 aa  356  6.999999999999999e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0346  formate hydrogenlyase transcriptional activator, putative  40.08 
 
 		 518 aa  356  7.999999999999999e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.501163 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2433  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.1 
 
 		 508 aa  355  2e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0437248  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1488  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.94 
 
 		 508 aa  351  3e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.27 
 
 		 693 aa  323  7e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2429  NifA subfamily transcriptional regulator  47.73 
 
 		 522 aa  313  4.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0629809 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  48.99 
 
 		 641 aa  312  1e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2456  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.5 
 
 		 525 aa  311  2e-83  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0352047  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.04 
 
 		 875 aa  312  2e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2552  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.5 
 
 		 525 aa  311  2e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.78 
 
 		 541 aa  311  2e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1401  NifA subfamily transcriptional regulator  46.5 
 
 		 562 aa  311  2.9999999999999997e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  50.59 
 
 		 510 aa  311  4e-83  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.99 
 
 		 653 aa  309  1.0000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.58 
 
 		 1082 aa  308  2.0000000000000002e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  47.14 
 
 		 556 aa  308  3e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.65 
 
 		 635 aa  306  7e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  47.79 
 
 		 575 aa  305  2.0000000000000002e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.37 
 
 		 457 aa  304  3.0000000000000004e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  40.04 
 
 		 699 aa  303  6.000000000000001e-81  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  41.53 
 
 		 733 aa  303  6.000000000000001e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.38 
 
 		 1139 aa  302  1e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  34.1 
 
 		 670 aa  301  3e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  44.27 
 
 		 674 aa  300  7e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.75 
 
 		 488 aa  299  1e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  34.1 
 
 		 670 aa  299  1e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  33.93 
 
 		 668 aa  298  2e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  33.93 
 
 		 670 aa  298  2e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  49.27 
 
 		 630 aa  298  2e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 687 aa  298  2e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.1 
 
 		 670 aa  298  3e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  33.93 
 
 		 670 aa  297  3e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  33.93 
 
 		 648 aa  298  3e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.07 
 
 		 481 aa  296  6e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  33.28 
 
 		 723 aa  296  7e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  46.18 
 
 		 647 aa  296  9e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  33.77 
 
 		 670 aa  296  9e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  47.35 
 
 		 516 aa  295  2e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  46.15 
 
 		 624 aa  295  3e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  48.98 
 
 		 629 aa  294  3e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  48.1 
 
 		 629 aa  294  4e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 488 aa  294  4e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  39.56 
 
 		 688 aa  294  4e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 488 aa  293  7e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.69 
 
 		 601 aa  293  8e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  45.27 
 
 		 488 aa  292  1e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 488 aa  292  1e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 488 aa  292  1e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  45.86 
 
 		 480 aa  292  2e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  39.38 
 
 		 690 aa  291  2e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 486 aa  291  3e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.23 
 
 		 515 aa  291  3e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.59 
 
 		 650 aa  291  3e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.35 
 
 		 687 aa  291  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 699 aa  291  3e-77  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  47.49 
 
 		 473 aa  290  4e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  47.93 
 
 		 726 aa  290  6e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.1 
 
 		 687 aa  290  9e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.1 
 
 		 692 aa  290  9e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 486 aa  289  1e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.1 
 
 		 692 aa  289  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.1 
 
 		 692 aa  289  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1470  NifA subfamily transcriptional regulator  49.84 
 
 		 926 aa  289  1e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 486 aa  289  1e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  45.56 
 
 		 486 aa  289  2e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  46.53 
 
 		 641 aa  289  2e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  46.49 
 
 		 474 aa  288  2e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.86 
 
 		 515 aa  287  5e-76  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.36 
 
 		 461 aa  286  7e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.56 
 
 		 699 aa  286  7e-76  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  33.05 
 
 		 724 aa  286  8e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  45.77 
 
 		 806 aa  286  9e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.54 
 
 		 515 aa  286  9e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  38.9 
 
 		 692 aa  286  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 486 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  38.9 
 
 		 692 aa  285  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.9 
 
 		 692 aa  285  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  38.9 
 
 		 692 aa  285  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 700 aa  285  2.0000000000000002e-75  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.44 
 
 		 694 aa  285  2.0000000000000002e-75  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.15 
 
 		 664 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  38.9 
 
 		 692 aa  285  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  38.9 
 
 		 692 aa  285  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  38.63 
 
 		 692 aa  285  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.67 
 
 		 648 aa  285  3.0000000000000004e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  45.38 
 
 		 607 aa  284  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1742  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.27 
 
 		 346 aa  284  4.0000000000000003e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  38.66 
 
 		 692 aa  284  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.573281 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>