More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpha266_0097 on replicon NC_008639
Organism: Chlorobium phaeobacteroides DSM 266



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  66.19 
 
 
699 aa  921    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  63.22 
 
 
700 aa  898    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  73.88 
 
 
694 aa  1050    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  74.68 
 
 
699 aa  1060    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
699 aa  1419    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.25 
 
 
875 aa  425  1e-117  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.25 
 
 
1082 aa  382  1e-105  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.53 
 
 
635 aa  363  8e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.42 
 
 
693 aa  360  3e-98  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.01 
 
 
488 aa  354  2.9999999999999997e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  37.77 
 
 
688 aa  352  1e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  51.1 
 
 
479 aa  348  2e-94  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  38.18 
 
 
690 aa  348  3e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.57 
 
 
664 aa  346  8.999999999999999e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.67 
 
 
541 aa  345  1e-93  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  52.33 
 
 
510 aa  342  1e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.71 
 
 
648 aa  342  1e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  52.91 
 
 
687 aa  342  2e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  37.71 
 
 
692 aa  342  2e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  37.71 
 
 
692 aa  340  4e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.87 
 
 
723 aa  340  5.9999999999999996e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  37.54 
 
 
692 aa  339  9.999999999999999e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  37.71 
 
 
692 aa  338  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  37.71 
 
 
692 aa  338  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.71 
 
 
692 aa  338  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  37.71 
 
 
692 aa  338  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  37.71 
 
 
692 aa  338  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  36.02 
 
 
733 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  37.48 
 
 
687 aa  337  3.9999999999999995e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  37.76 
 
 
692 aa  337  5.999999999999999e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  37.76 
 
 
692 aa  336  7e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  37.48 
 
 
692 aa  336  9e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  53.78 
 
 
726 aa  335  1e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  37.76 
 
 
687 aa  336  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  50 
 
 
674 aa  333  5e-90  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.92 
 
 
653 aa  331  3e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  53.12 
 
 
556 aa  330  4e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.71 
 
 
515 aa  330  7e-89  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  50.42 
 
 
551 aa  330  8e-89  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  50.42 
 
 
647 aa  330  8e-89  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  50.71 
 
 
473 aa  327  3e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  50.95 
 
 
648 aa  327  4.0000000000000003e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  51.01 
 
 
630 aa  325  1e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.95 
 
 
515 aa  325  1e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  51.3 
 
 
629 aa  324  4e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  51.3 
 
 
629 aa  324  4e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.04 
 
 
670 aa  323  5e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.15 
 
 
602 aa  323  7e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  49.58 
 
 
624 aa  323  7e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.78 
 
 
670 aa  323  9.000000000000001e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  45.78 
 
 
670 aa  323  9.000000000000001e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  45.78 
 
 
668 aa  323  9.999999999999999e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  45.78 
 
 
670 aa  323  9.999999999999999e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.66 
 
 
670 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.52 
 
 
648 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  45.52 
 
 
670 aa  321  3e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.42 
 
 
1139 aa  321  3e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49 
 
 
457 aa  319  1e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  47.55 
 
 
516 aa  319  1e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.34 
 
 
724 aa  318  2e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.27 
 
 
650 aa  318  2e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.7 
 
 
481 aa  316  8e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  47.84 
 
 
806 aa  315  9.999999999999999e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  46.4 
 
 
575 aa  315  9.999999999999999e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  49.43 
 
 
641 aa  314  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  50.57 
 
 
639 aa  313  7.999999999999999e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  52.78 
 
 
348 aa  313  1e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0601  Fis family transcriptional regulator  51.57 
 
 
369 aa  311  2e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  51.45 
 
 
607 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.75 
 
 
461 aa  311  4e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2569  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  52.96 
 
 
509 aa  310  4e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.393427  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  44.02 
 
 
514 aa  310  6.999999999999999e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  48.85 
 
 
664 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.43 
 
 
601 aa  309  1.0000000000000001e-82  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  47.62 
 
 
641 aa  306  8.000000000000001e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4753  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.58 
 
 
557 aa  305  1.0000000000000001e-81  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.050677  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  43.93 
 
 
517 aa  306  1.0000000000000001e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.65 
 
 
515 aa  305  2.0000000000000002e-81  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4242  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.86 
 
 
660 aa  301  3e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0268  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.69 
 
 
651 aa  301  4e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  45.97 
 
 
474 aa  300  5e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  45.41 
 
 
509 aa  299  1e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  49.23 
 
 
657 aa  298  2e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4365  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.76 
 
 
471 aa  298  2e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.231326 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  46.61 
 
 
551 aa  298  3e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0970  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.28 
 
 
459 aa  296  8e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000694494  normal  0.524712 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.45 
 
 
521 aa  296  1e-78  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  50.47 
 
 
379 aa  295  2e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  46.24 
 
 
484 aa  293  8e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  50.78 
 
 
342 aa  292  1e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1742  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.28 
 
 
346 aa  291  2e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167315  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3125  putative sigma54 specific transcriptional regulator  42.19 
 
 
703 aa  291  3e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.189473  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  41.77 
 
 
480 aa  290  4e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2429  NifA subfamily transcriptional regulator  46.74 
 
 
522 aa  290  7e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0629809 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2310  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.45 
 
 
469 aa  289  1e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.294968  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2398  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.45 
 
 
469 aa  289  1e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.313034  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1401  NifA subfamily transcriptional regulator  47.18 
 
 
562 aa  289  1e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.92 
 
 
509 aa  289  1e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2552  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.89 
 
 
525 aa  289  1e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2456  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.89 
 
 
525 aa  289  1e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0352047  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>