More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_2671 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  100 
 
 
726 aa  1490    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  57.36 
 
 
687 aa  575  1.0000000000000001e-162  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  49.34 
 
 
556 aa  473  1e-132  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.03 
 
 
648 aa  473  1e-132  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.05 
 
 
664 aa  473  1e-132  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  39.91 
 
 
647 aa  453  1.0000000000000001e-126  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  38.96 
 
 
641 aa  426  1e-118  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.88 
 
 
1139 aa  409  1e-113  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  56.2 
 
 
516 aa  388  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  55.16 
 
 
575 aa  379  1e-104  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  56.85 
 
 
488 aa  377  1e-103  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  54.99 
 
 
510 aa  372  1e-101  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  53.78 
 
 
806 aa  360  7e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  53.37 
 
 
473 aa  348  2e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  49.29 
 
 
484 aa  344  2.9999999999999997e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  51.27 
 
 
474 aa  344  4e-93  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  49.01 
 
 
488 aa  340  4e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  49.75 
 
 
674 aa  340  4e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  48.86 
 
 
488 aa  340  5.9999999999999996e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  54.41 
 
 
699 aa  339  9.999999999999999e-92  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  48.86 
 
 
488 aa  339  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  48.73 
 
 
488 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  48.73 
 
 
488 aa  339  9.999999999999999e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  49 
 
 
486 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  49 
 
 
486 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  49 
 
 
486 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  49.57 
 
 
480 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  49 
 
 
486 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  38.34 
 
 
699 aa  337  7e-91  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  47.93 
 
 
630 aa  335  1e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.39 
 
 
875 aa  335  2e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3082  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.31 
 
 
482 aa  332  1e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  47.17 
 
 
664 aa  330  8e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  47.83 
 
 
641 aa  329  9e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  48.31 
 
 
486 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.72 
 
 
670 aa  328  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  50.72 
 
 
670 aa  328  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.72 
 
 
670 aa  328  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  50.72 
 
 
668 aa  328  3e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.72 
 
 
670 aa  328  3e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  50.72 
 
 
670 aa  328  3e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0601  Fis family transcriptional regulator  51.44 
 
 
369 aa  327  4.0000000000000003e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.34 
 
 
1082 aa  327  4.0000000000000003e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.43 
 
 
648 aa  327  7e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3693  Fis family transcriptional regulator  49.01 
 
 
486 aa  326  9e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.07 
 
 
635 aa  326  1e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  50.43 
 
 
670 aa  325  1e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  48.26 
 
 
624 aa  325  2e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  46.69 
 
 
629 aa  323  7e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  49.86 
 
 
551 aa  323  9.000000000000001e-87  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  49.42 
 
 
648 aa  323  9.000000000000001e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  53.57 
 
 
692 aa  322  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  53.57 
 
 
692 aa  322  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  53.57 
 
 
692 aa  322  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  53.57 
 
 
692 aa  322  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  53.57 
 
 
692 aa  322  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  46.32 
 
 
639 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  46.69 
 
 
629 aa  322  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  53.27 
 
 
692 aa  321  3e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  53.74 
 
 
694 aa  321  3e-86  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  53.27 
 
 
692 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.68 
 
 
723 aa  321  3.9999999999999996e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4242  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.67 
 
 
660 aa  320  5e-86  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.96 
 
 
693 aa  320  5e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  53.27 
 
 
692 aa  320  6e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  53.44 
 
 
348 aa  319  9e-86  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  53.59 
 
 
342 aa  318  3e-85  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  36.48 
 
 
690 aa  317  3e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.92 
 
 
653 aa  317  4e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2932  sigma-54 factor, interaction region  46.88 
 
 
495 aa  317  5e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00176909  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  46.76 
 
 
474 aa  317  5e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.16 
 
 
699 aa  317  6e-85  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  35.46 
 
 
688 aa  316  7e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  47.17 
 
 
607 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.35 
 
 
650 aa  316  9.999999999999999e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.08 
 
 
687 aa  314  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.08 
 
 
687 aa  313  4.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.08 
 
 
692 aa  313  4.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.08 
 
 
692 aa  313  6.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.08 
 
 
692 aa  313  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  49.43 
 
 
700 aa  312  1e-83  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.57 
 
 
601 aa  310  4e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1969  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  48.49 
 
 
473 aa  305  2.0000000000000002e-81  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.440374  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  43.85 
 
 
733 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53 
 
 
515 aa  305  2.0000000000000002e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  48.96 
 
 
479 aa  304  3.0000000000000004e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.44 
 
 
481 aa  304  4.0000000000000003e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.25 
 
 
602 aa  303  7.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.11 
 
 
724 aa  302  1e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.92 
 
 
541 aa  301  2e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.44 
 
 
456 aa  297  4e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2569  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50 
 
 
509 aa  297  4e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.393427  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  50.96 
 
 
508 aa  296  6e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.46 
 
 
470 aa  296  8e-79  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.75 
 
 
448 aa  296  8e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  50 
 
 
542 aa  296  1e-78  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  49.19 
 
 
379 aa  295  2e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.6 
 
 
464 aa  295  2e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.611403  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  45.5 
 
 
525 aa  295  2e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.09 
 
 
454 aa  295  2e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>