More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3906 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  73.13 
 
 		 488 aa  710    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3693  Fis family transcriptional regulator  71.4 
 
 		 486 aa  699    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  73.93 
 
 		 486 aa  718    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  70.6 
 
 		 484 aa  667    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  73.93 
 
 		 486 aa  720    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2932  sigma-54 factor, interaction region  66.32 
 
 		 495 aa  655    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00176909  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  73.35 
 
 		 488 aa  715    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  73.13 
 
 		 488 aa  713    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  100 
 
 		 480 aa  997    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  73.93 
 
 		 486 aa  719    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  72.2 
 
 		 488 aa  718    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  68.8 
 
 		 474 aa  669    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  70.34 
 
 		 486 aa  669    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  71.78 
 
 		 488 aa  716    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  74.15 
 
 		 486 aa  721    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3082  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  70.39 
 
 		 482 aa  675    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  60.3 
 
 		 474 aa  587  1e-166  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  49.05 
 
 		 630 aa  478  1e-134  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  49.05 
 
 		 629 aa  473  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  48.73 
 
 		 629 aa  473  1e-132  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  48.2 
 
 		 639 aa  462  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  48.85 
 
 		 664 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 607 aa  456  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  48.11 
 
 		 641 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  45.36 
 
 		 624 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 473 aa  362  6e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  51.21 
 
 		 556 aa  360  3e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.28 
 
 		 664 aa  357  1.9999999999999998e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50 
 
 		 648 aa  356  3.9999999999999996e-97  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.31 
 
 		 488 aa  351  2e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  49.01 
 
 		 641 aa  343  4e-93  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  48.73 
 
 		 575 aa  342  9e-93  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  49.57 
 
 		 726 aa  339  7e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 687 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.19 
 
 		 693 aa  335  7e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.63 
 
 		 1139 aa  331  1e-89  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  47.03 
 
 		 516 aa  329  6e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  42.55 
 
 		 551 aa  327  2.0000000000000001e-88  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  49.55 
 
 		 510 aa  327  3e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.89 
 
 		 653 aa  326  7e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  51.31 
 
 		 379 aa  325  1e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  46.5 
 
 		 647 aa  324  2e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.06 
 
 		 875 aa  319  6e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.1 
 
 		 602 aa  319  7e-86  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.09 
 
 		 687 aa  317  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.09 
 
 		 687 aa  317  4e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  48.25 
 
 		 688 aa  316  5e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.09 
 
 		 692 aa  316  5e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.09 
 
 		 692 aa  316  6e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.09 
 
 		 692 aa  316  6e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.12 
 
 		 541 aa  316  8e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  47.8 
 
 		 692 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.8 
 
 		 692 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.8 
 
 		 692 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  47.8 
 
 		 692 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  47.8 
 
 		 692 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  47.83 
 
 		 690 aa  314  1.9999999999999998e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.35 
 
 		 692 aa  314  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.8 
 
 		 692 aa  315  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.35 
 
 		 692 aa  313  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  46.44 
 
 		 806 aa  313  4.999999999999999e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  50.74 
 
 		 674 aa  311  1e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 		 481 aa  311  1e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.13 
 
 		 635 aa  311  2e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1201  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.95 
 
 		 471 aa  308  9e-83  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  46.87 
 
 		 479 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.65 
 
 		 670 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  52.13 
 
 		 342 aa  307  2.0000000000000002e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  46.65 
 
 		 670 aa  307  3e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.03 
 
 		 457 aa  307  3e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.65 
 
 		 670 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  46.65 
 
 		 668 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.65 
 
 		 670 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  46.65 
 
 		 670 aa  306  6e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.65 
 
 		 648 aa  306  8.000000000000001e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  45.5 
 
 		 733 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 648 aa  304  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.82 
 
 		 515 aa  303  3.0000000000000004e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.24 
 
 		 723 aa  304  3.0000000000000004e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  45.77 
 
 		 670 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.53 
 
 		 601 aa  301  2e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.22 
 
 		 1082 aa  300  4e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 348 aa  299  6e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.87 
 
 		 650 aa  299  6e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.9 
 
 		 724 aa  299  9e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.61 
 
 		 459 aa  296  5e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 551 aa  296  7e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  44.99 
 
 		 517 aa  295  1e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.39 
 
 		 463 aa  294  3e-78  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  42.86 
 
 		 539 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.69 
 
 		 509 aa  293  6e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4242  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.25 
 
 		 660 aa  293  7e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.83 
 
 		 515 aa  292  9e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3125  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.86 
 
 		 703 aa  292  1e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.189473  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  41.79 
 
 		 509 aa  292  1e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.63 
 
 		 515 aa  291  2e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  44.6 
 
 		 514 aa  291  2e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.37 
 
 		 461 aa  291  2e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1934  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 476 aa  291  2e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.808753  normal  0.132653 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0601  Fis family transcriptional regulator  46.61 
 
 		 369 aa  290  3e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>