More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_2433 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0346  formate hydrogenlyase transcriptional activator, putative  74.21 
 
 
518 aa  790    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.501163 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3059  formate hydrogenlyase transcriptional activator, putative  90.94 
 
 
508 aa  962    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2433  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
508 aa  1043    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0437248  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1488  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  89.96 
 
 
508 aa  951    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2282  Fis family transcriptional regulator  67.32 
 
 
507 aa  726    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3367  response regulator receiver protein  68.84 
 
 
508 aa  744    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  45.96 
 
 
509 aa  415  1e-114  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  45.76 
 
 
517 aa  414  1e-114  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.65 
 
 
521 aa  403  1e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  45.72 
 
 
514 aa  404  1e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.87 
 
 
509 aa  389  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1300  putative phytochrome sensor protein  40.8 
 
 
518 aa  364  2e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3199  Fis family transcriptional regulator  39.7 
 
 
520 aa  362  1e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3126  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  40 
 
 
684 aa  360  4e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3125  putative sigma54 specific transcriptional regulator  41.1 
 
 
703 aa  355  1e-96  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.189473  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0361  Fis family transcriptional regulator  39.09 
 
 
681 aa  346  5e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.29 
 
 
481 aa  295  1e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.3 
 
 
635 aa  295  1e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1401  NifA subfamily transcriptional regulator  44.11 
 
 
562 aa  294  2e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2456  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.11 
 
 
525 aa  294  3e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0352047  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2552  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.11 
 
 
525 aa  294  3e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2429  NifA subfamily transcriptional regulator  44.11 
 
 
522 aa  294  3e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0629809 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.42 
 
 
515 aa  292  1e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.61 
 
 
664 aa  291  3e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.01 
 
 
653 aa  290  5.0000000000000004e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.37 
 
 
648 aa  287  4e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.31 
 
 
457 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  38.53 
 
 
670 aa  283  7.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  44.87 
 
 
556 aa  282  8.000000000000001e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  43.79 
 
 
473 aa  282  9e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  38.77 
 
 
670 aa  281  1e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  38.53 
 
 
670 aa  281  2e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.84 
 
 
693 aa  281  2e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  45.62 
 
 
575 aa  281  2e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  38.3 
 
 
668 aa  280  3e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  43.64 
 
 
629 aa  280  3e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.3 
 
 
670 aa  280  3e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  38.3 
 
 
670 aa  280  3e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  38.06 
 
 
648 aa  280  6e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.6 
 
 
875 aa  280  6e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  44.25 
 
 
806 aa  279  7e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  43.35 
 
 
629 aa  279  9e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  43.35 
 
 
630 aa  278  1e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.88 
 
 
1082 aa  278  1e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  45.4 
 
 
551 aa  279  1e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  38.06 
 
 
670 aa  278  2e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.96 
 
 
601 aa  278  2e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  41.94 
 
 
639 aa  277  3e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.19 
 
 
602 aa  277  4e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.42 
 
 
522 aa  276  5e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.860902  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  42.86 
 
 
733 aa  276  7e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.6 
 
 
472 aa  276  7e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  44.75 
 
 
624 aa  276  9e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.03 
 
 
650 aa  275  2.0000000000000002e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  45.28 
 
 
510 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2805  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.73 
 
 
478 aa  274  3e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.228775  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  43.31 
 
 
480 aa  274  3e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1742  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.24 
 
 
346 aa  273  4.0000000000000004e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167315  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.73 
 
 
478 aa  273  6e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.53 
 
 
463 aa  273  7e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.98 
 
 
488 aa  272  9e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.4 
 
 
480 aa  272  9e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.53 
 
 
541 aa  272  1e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1487  sigma-L-dependent transcriptional regulator  41.57 
 
 
696 aa  272  1e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  43.06 
 
 
647 aa  272  1e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  39.17 
 
 
687 aa  272  1e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1577  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.06 
 
 
458 aa  271  2e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.61 
 
 
459 aa  271  2e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.35 
 
 
467 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.21045  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.97 
 
 
473 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.18 
 
 
454 aa  271  2e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.77 
 
 
470 aa  271  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  41.72 
 
 
641 aa  270  5e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  42.07 
 
 
481 aa  270  5e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.62 
 
 
461 aa  270  5e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.24 
 
 
480 aa  270  5e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  44.89 
 
 
342 aa  270  5e-71  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  43.11 
 
 
516 aa  270  5e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.13 
 
 
468 aa  270  5e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428008  normal  0.0222917 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  43.8 
 
 
486 aa  270  5.9999999999999995e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.68 
 
 
473 aa  269  8e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.68 
 
 
473 aa  269  8e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2658  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.81 
 
 
458 aa  269  1e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.45 
 
 
501 aa  268  1e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.534742  normal  0.477934 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  40.22 
 
 
507 aa  268  2e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.34 
 
 
694 aa  267  2.9999999999999995e-70  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  44 
 
 
699 aa  266  4e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1639  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  41.25 
 
 
473 aa  267  4e-70  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.701414  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  43.61 
 
 
479 aa  267  4e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  43.73 
 
 
348 aa  266  5e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  44.69 
 
 
641 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.6 
 
 
463 aa  266  5e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.48 
 
 
448 aa  266  5e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  44.83 
 
 
664 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1763  putative PAS/PAC sensor protein  49.26 
 
 
698 aa  266  7e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2310  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.15 
 
 
469 aa  266  8e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.294968  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  34.87 
 
 
692 aa  266  8e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  34.87 
 
 
692 aa  266  8.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  34.87 
 
 
687 aa  266  8.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  35.29 
 
 
692 aa  265  1e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>