More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_1076 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  100 
 
 
641 aa  1298    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  53.99 
 
 
647 aa  660    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  57.8 
 
 
687 aa  410  1e-113  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.13 
 
 
1139 aa  395  1e-109  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  57.1 
 
 
726 aa  387  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.5 
 
 
664 aa  373  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.95 
 
 
648 aa  369  1e-100  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  52.22 
 
 
484 aa  364  3e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  52.82 
 
 
575 aa  361  3e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  48.53 
 
 
806 aa  351  3e-95  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  51.52 
 
 
556 aa  347  5e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3693  Fis family transcriptional regulator  42.21 
 
 
486 aa  346  6e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  49.17 
 
 
486 aa  345  2e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
488 aa  343  5e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  49.01 
 
 
480 aa  343  5e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  42.11 
 
 
474 aa  343  5.999999999999999e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  49.45 
 
 
488 aa  343  7e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  49.59 
 
 
488 aa  342  1e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  49.59 
 
 
488 aa  342  1e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  51.81 
 
 
516 aa  341  2e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.93 
 
 
488 aa  340  5.9999999999999996e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  50.14 
 
 
486 aa  339  9e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  50.14 
 
 
486 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  50.14 
 
 
486 aa  339  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  41.25 
 
 
488 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  50.14 
 
 
486 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3082  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.72 
 
 
482 aa  336  5.999999999999999e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.2 
 
 
693 aa  333  4e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.5 
 
 
875 aa  331  3e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  49.71 
 
 
699 aa  325  2e-87  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  50.45 
 
 
510 aa  324  3e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.15 
 
 
699 aa  323  7e-87  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  51.19 
 
 
692 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.19 
 
 
692 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  51.19 
 
 
692 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  51.19 
 
 
692 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  49.86 
 
 
551 aa  320  3.9999999999999996e-86  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  51.19 
 
 
692 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.6 
 
 
602 aa  320  3.9999999999999996e-86  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.89 
 
 
692 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.6 
 
 
692 aa  320  6e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.89 
 
 
692 aa  319  9e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.36 
 
 
1082 aa  318  1e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  47.31 
 
 
630 aa  319  1e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  51.19 
 
 
687 aa  318  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.89 
 
 
692 aa  317  3e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.89 
 
 
692 aa  317  3e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.89 
 
 
687 aa  317  3e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.89 
 
 
692 aa  317  5e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  45.5 
 
 
700 aa  316  9.999999999999999e-85  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  49.4 
 
 
690 aa  315  9.999999999999999e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.97 
 
 
653 aa  315  1.9999999999999998e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  46.76 
 
 
629 aa  314  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.77 
 
 
541 aa  314  2.9999999999999996e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  46.63 
 
 
629 aa  313  4.999999999999999e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  43.26 
 
 
670 aa  313  7.999999999999999e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3125  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.99 
 
 
703 aa  312  9e-84  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.189473  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  48.28 
 
 
473 aa  312  1e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  43.26 
 
 
670 aa  312  1e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  43.26 
 
 
670 aa  312  1e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  43.26 
 
 
668 aa  311  2e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.26 
 
 
670 aa  311  2e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  43.26 
 
 
670 aa  311  2e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  43 
 
 
648 aa  310  4e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  46.76 
 
 
607 aa  310  6.999999999999999e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  43 
 
 
670 aa  310  8e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  47.01 
 
 
639 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  39.12 
 
 
664 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2932  sigma-54 factor, interaction region  39.34 
 
 
495 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00176909  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  46.09 
 
 
624 aa  308  3e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  47.62 
 
 
699 aa  306  7e-82  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.42 
 
 
724 aa  306  8.000000000000001e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  47.98 
 
 
479 aa  305  2.0000000000000002e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.13 
 
 
723 aa  304  3.0000000000000004e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.17 
 
 
694 aa  303  7.000000000000001e-81  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  45.74 
 
 
474 aa  303  8.000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.38 
 
 
601 aa  302  1e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  47.67 
 
 
688 aa  302  1e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.82 
 
 
635 aa  302  1e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.81 
 
 
650 aa  301  3e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  42.31 
 
 
733 aa  301  3e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.99 
 
 
521 aa  299  1e-79  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  45.43 
 
 
641 aa  298  2e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.13 
 
 
515 aa  296  6e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  48.5 
 
 
551 aa  295  1e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.3 
 
 
515 aa  295  2e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.49 
 
 
481 aa  295  2e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  49.41 
 
 
674 aa  293  9e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  50.16 
 
 
379 aa  292  2e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.55 
 
 
457 aa  291  3e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.38 
 
 
461 aa  291  4e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  48.68 
 
 
342 aa  290  8e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.47 
 
 
459 aa  288  2.9999999999999996e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  46.88 
 
 
648 aa  287  4e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.81 
 
 
515 aa  287  5e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0361  Fis family transcriptional regulator  48.08 
 
 
681 aa  286  5.999999999999999e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3126  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  44.86 
 
 
684 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.69 
 
 
473 aa  285  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  41.15 
 
 
514 aa  284  3.0000000000000004e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.4 
 
 
473 aa  284  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>