More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1347 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  100 
 
 
1082 aa  2226    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.67 
 
 
541 aa  488  1e-136  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  63.54 
 
 
479 aa  477  1e-133  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.34 
 
 
693 aa  471  1.0000000000000001e-131  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.08 
 
 
515 aa  459  1e-127  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  60.13 
 
 
635 aa  401  9.999999999999999e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.5 
 
 
875 aa  399  1e-109  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  59.49 
 
 
653 aa  394  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  36.17 
 
 
699 aa  388  1e-106  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  58.95 
 
 
481 aa  389  1e-106  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  34.52 
 
 
699 aa  387  1e-106  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.22 
 
 
694 aa  380  1e-103  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  47.42 
 
 
674 aa  369  1e-100  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  55.59 
 
 
461 aa  365  2e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.63 
 
 
699 aa  362  1e-98  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  50.13 
 
 
510 aa  360  6e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  45.06 
 
 
690 aa  360  9.999999999999999e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.77 
 
 
692 aa  358  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.77 
 
 
692 aa  358  2.9999999999999997e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.77 
 
 
692 aa  358  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  48.5 
 
 
692 aa  357  6.999999999999999e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.5 
 
 
692 aa  357  6.999999999999999e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.5 
 
 
692 aa  357  6.999999999999999e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  48.5 
 
 
692 aa  357  6.999999999999999e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  48.5 
 
 
692 aa  357  6.999999999999999e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  35.7 
 
 
733 aa  357  8.999999999999999e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.6 
 
 
650 aa  357  8.999999999999999e-97  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.48 
 
 
457 aa  356  1e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.3 
 
 
687 aa  355  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.97 
 
 
723 aa  355  2.9999999999999997e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  34.77 
 
 
700 aa  354  5.9999999999999994e-96  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.06 
 
 
692 aa  353  7e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  53.98 
 
 
556 aa  353  7e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.06 
 
 
692 aa  353  8e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.06 
 
 
687 aa  353  8.999999999999999e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  44.89 
 
 
670 aa  353  8.999999999999999e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.06 
 
 
692 aa  353  1e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  44.66 
 
 
670 aa  351  4e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  44.89 
 
 
648 aa  351  4e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  44.66 
 
 
670 aa  350  6e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.66 
 
 
670 aa  350  8e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  44.66 
 
 
670 aa  350  8e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  44.66 
 
 
668 aa  350  9e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  50.87 
 
 
647 aa  348  2e-94  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  49.19 
 
 
687 aa  348  3e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  44.42 
 
 
670 aa  347  5e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.26 
 
 
664 aa  347  6e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.5 
 
 
648 aa  346  2e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.65 
 
 
724 aa  345  2e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  54.13 
 
 
657 aa  345  4e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  52.06 
 
 
806 aa  343  8e-93  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.86 
 
 
488 aa  342  2e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  49.29 
 
 
575 aa  341  2.9999999999999998e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1742  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.74 
 
 
346 aa  341  4e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167315  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  47.74 
 
 
630 aa  341  5e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  48.16 
 
 
629 aa  340  7e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  50.89 
 
 
516 aa  340  9e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  47.9 
 
 
639 aa  339  9.999999999999999e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  44.8 
 
 
688 aa  339  1.9999999999999998e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  47.88 
 
 
629 aa  337  5e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  50.56 
 
 
507 aa  337  5.999999999999999e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  43.13 
 
 
551 aa  336  1e-90  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  45.43 
 
 
509 aa  334  5e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  48.27 
 
 
473 aa  334  7.000000000000001e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.65 
 
 
515 aa  332  3e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4365  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.75 
 
 
471 aa  331  5.0000000000000004e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.231326 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2398  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.7 
 
 
469 aa  330  1.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.313034  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  49.15 
 
 
641 aa  329  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2310  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.7 
 
 
469 aa  328  3e-88  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.294968  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  51.34 
 
 
726 aa  328  4.0000000000000003e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.4 
 
 
467 aa  328  5e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.21045  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  49.14 
 
 
474 aa  326  2e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  47.85 
 
 
486 aa  323  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  48.87 
 
 
664 aa  323  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  47.58 
 
 
486 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  47.85 
 
 
486 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  47.43 
 
 
486 aa  321  5e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  43.93 
 
 
517 aa  321  6e-86  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  45.36 
 
 
641 aa  319  1e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2085  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.75 
 
 
457 aa  319  1e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3199  Fis family transcriptional regulator  43.54 
 
 
520 aa  319  1e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.13 
 
 
468 aa  320  1e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428008  normal  0.0222917 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.89 
 
 
1139 aa  320  1e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  47.95 
 
 
488 aa  318  4e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  46.4 
 
 
488 aa  318  5e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.3 
 
 
451 aa  318  5e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.99 
 
 
509 aa  317  6e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.33 
 
 
602 aa  317  7e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  46.4 
 
 
488 aa  317  7e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  45.92 
 
 
484 aa  317  8e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  45.35 
 
 
624 aa  317  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  46.4 
 
 
488 aa  317  9.999999999999999e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2018  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.94 
 
 
447 aa  315  2.9999999999999996e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.110893  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  50.32 
 
 
342 aa  315  2.9999999999999996e-84  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.17 
 
 
515 aa  314  4.999999999999999e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  42.17 
 
 
514 aa  314  5.999999999999999e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  46.7 
 
 
486 aa  314  5.999999999999999e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  45.66 
 
 
607 aa  313  1e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  46.85 
 
 
648 aa  312  2e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.65 
 
 
454 aa  310  6.999999999999999e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>