More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1739 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  100 
 
 
479 aa  983    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  63.54 
 
 
1082 aa  477  1e-133  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.5 
 
 
541 aa  426  1e-118  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  55.18 
 
 
515 aa  412  1e-114  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.87 
 
 
693 aa  403  1e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.89 
 
 
875 aa  376  1e-103  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  60.06 
 
 
481 aa  375  1e-102  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  57.05 
 
 
635 aa  370  1e-101  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  53.3 
 
 
556 aa  353  2.9999999999999997e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.11 
 
 
653 aa  352  8e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  51.1 
 
 
699 aa  348  1e-94  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  52.33 
 
 
510 aa  347  3e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.14 
 
 
488 aa  346  6e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  47.06 
 
 
692 aa  345  8e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.06 
 
 
692 aa  345  8e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.06 
 
 
692 aa  345  8e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  47.06 
 
 
692 aa  345  8e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.06 
 
 
692 aa  345  8e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  47.06 
 
 
692 aa  345  8e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.06 
 
 
692 aa  345  2e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.06 
 
 
692 aa  344  2e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  49.57 
 
 
575 aa  342  1e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.85 
 
 
650 aa  341  2e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  49.57 
 
 
473 aa  341  2e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.61 
 
 
723 aa  340  2.9999999999999998e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  54.49 
 
 
461 aa  339  8e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  48.9 
 
 
699 aa  338  8e-92  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.67 
 
 
692 aa  337  1.9999999999999998e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  51.34 
 
 
516 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  51.14 
 
 
687 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.09 
 
 
648 aa  337  3.9999999999999995e-91  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.79 
 
 
687 aa  336  5.999999999999999e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.79 
 
 
692 aa  336  5.999999999999999e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.79 
 
 
687 aa  336  7e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.79 
 
 
692 aa  335  7.999999999999999e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.41 
 
 
515 aa  335  1e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  44.78 
 
 
733 aa  335  1e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  50.59 
 
 
806 aa  335  1e-90  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.32 
 
 
664 aa  333  3e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  48.34 
 
 
688 aa  333  4e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.27 
 
 
724 aa  332  1e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.34 
 
 
699 aa  332  1e-89  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  45.01 
 
 
690 aa  331  2e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.07 
 
 
694 aa  331  2e-89  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  45.57 
 
 
657 aa  331  2e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  49.04 
 
 
674 aa  331  2e-89  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.15 
 
 
457 aa  331  2e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  48.63 
 
 
700 aa  329  6e-89  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  50.28 
 
 
507 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.7 
 
 
648 aa  327  3e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.41 
 
 
670 aa  327  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4365  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.09 
 
 
471 aa  326  6e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.231326 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  48.41 
 
 
670 aa  326  6e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.41 
 
 
670 aa  326  7e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  50.15 
 
 
647 aa  326  7e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  48.41 
 
 
668 aa  325  8.000000000000001e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  48.41 
 
 
670 aa  325  8.000000000000001e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.41 
 
 
670 aa  325  8.000000000000001e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  48.13 
 
 
670 aa  323  3e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2085  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.52 
 
 
457 aa  322  9.000000000000001e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  47.16 
 
 
639 aa  318  1e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  48.18 
 
 
664 aa  315  9e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  42.55 
 
 
549 aa  315  1.9999999999999998e-84  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  50.6 
 
 
537 aa  314  1.9999999999999998e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  48.21 
 
 
539 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  47.18 
 
 
630 aa  313  4.999999999999999e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  51.6 
 
 
342 aa  313  5.999999999999999e-84  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.09 
 
 
1139 aa  312  7.999999999999999e-84  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.6 
 
 
459 aa  311  2e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  47.7 
 
 
551 aa  309  5.9999999999999995e-83  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  46.87 
 
 
480 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  47.01 
 
 
629 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  47.29 
 
 
629 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  47.75 
 
 
542 aa  307  2.0000000000000002e-82  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  47.47 
 
 
641 aa  307  3e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.28 
 
 
458 aa  307  3e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1742  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.69 
 
 
346 aa  307  3e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167315  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.46 
 
 
544 aa  306  6e-82  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  46.29 
 
 
488 aa  305  9.000000000000001e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.27 
 
 
601 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.19 
 
 
543 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  46.29 
 
 
488 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  50.65 
 
 
545 aa  305  1.0000000000000001e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  46.63 
 
 
551 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  45.68 
 
 
474 aa  304  2.0000000000000002e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.78 
 
 
602 aa  305  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.4 
 
 
451 aa  304  2.0000000000000002e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  48.96 
 
 
726 aa  304  2.0000000000000002e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  47.98 
 
 
641 aa  305  2.0000000000000002e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  47.11 
 
 
474 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  46 
 
 
488 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.95 
 
 
544 aa  303  4.0000000000000003e-81  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  50.83 
 
 
533 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  45.03 
 
 
488 aa  303  5.000000000000001e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0965  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.05 
 
 
466 aa  303  6.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.605384  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  46.31 
 
 
624 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  45.81 
 
 
484 aa  302  1e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  48.46 
 
 
348 aa  301  2e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0268  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.19 
 
 
651 aa  301  2e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2310  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.86 
 
 
469 aa  301  2e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.294968  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>