More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0884 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  71.13 
 
 
537 aa  790    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  65.96 
 
 
522 aa  704    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  72.93 
 
 
533 aa  811    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  100 
 
 
539 aa  1104    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  70.55 
 
 
561 aa  777    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  61.02 
 
 
517 aa  619  1e-176  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2617  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  56.64 
 
 
535 aa  595  1e-169  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33440  sigma54-dependent activator protein  58.27 
 
 
493 aa  584  1.0000000000000001e-165  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  52.35 
 
 
537 aa  558  1e-158  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  52.73 
 
 
544 aa  552  1e-156  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.32 
 
 
544 aa  552  1e-156  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  51.77 
 
 
549 aa  554  1e-156  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.59 
 
 
543 aa  551  1e-156  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  52.24 
 
 
542 aa  549  1e-155  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  51.68 
 
 
545 aa  546  1e-154  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  48.11 
 
 
507 aa  499  1e-140  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  48.32 
 
 
508 aa  453  1.0000000000000001e-126  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0366  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.89 
 
 
508 aa  440  9.999999999999999e-123  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1146  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.18 
 
 
522 aa  438  1e-121  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0831  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.94 
 
 
517 aa  395  1e-108  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0724194  normal  0.196373 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0608  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.51 
 
 
527 aa  390  1e-107  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000979337 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  39.77 
 
 
576 aa  384  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  43.7 
 
 
515 aa  382  1e-105  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1219  NifA subfamily transcriptional regulator  40.23 
 
 
529 aa  382  1e-104  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.832328  normal  0.664037 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  42.22 
 
 
510 aa  378  1e-103  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  40.56 
 
 
545 aa  375  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  40.56 
 
 
545 aa  375  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  44.95 
 
 
593 aa  369  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0594  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.86 
 
 
529 aa  365  1e-100  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00846378  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1505  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.42 
 
 
522 aa  364  2e-99  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.034794  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2528  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.53 
 
 
579 aa  363  3e-99  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  42.6 
 
 
524 aa  363  6e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  42.35 
 
 
525 aa  357  2.9999999999999997e-97  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  41.81 
 
 
511 aa  356  5e-97  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  41.8 
 
 
522 aa  349  7e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3032  NifA subfamily transcriptional regulator  39.89 
 
 
532 aa  344  2e-93  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2207  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.86 
 
 
539 aa  343  5e-93  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1487  helix-turn-helix, Fis-type:Nif-specific regulatory protein  39.2 
 
 
549 aa  343  7e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.659732 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1311  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40 
 
 
538 aa  342  1e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0530064  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1152  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  40 
 
 
534 aa  342  1e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0929318 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4669  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.38 
 
 
533 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.13 
 
 
463 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.87 
 
 
502 aa  339  9.999999999999999e-92  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0993  transcriptional regulator NifA  43.54 
 
 
600 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.64 
 
 
480 aa  337  2.9999999999999997e-91  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.29 
 
 
463 aa  337  3.9999999999999995e-91  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0965  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.67 
 
 
546 aa  336  7e-91  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.17468 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  48.95 
 
 
461 aa  333  4e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  48.95 
 
 
461 aa  332  1e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.95 
 
 
461 aa  332  1e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  48.95 
 
 
461 aa  332  1e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  48.95 
 
 
461 aa  332  1e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  41.47 
 
 
572 aa  331  2e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3211  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  42.09 
 
 
535 aa  330  3e-89  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.050202  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1570  transcriptional regulator NifA  42.89 
 
 
569 aa  330  4e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.840602  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  48.65 
 
 
461 aa  329  7e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.46 
 
 
461 aa  328  1.0000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.87 
 
 
454 aa  328  2.0000000000000001e-88  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1204  transcriptional regulator NifA  37.94 
 
 
550 aa  327  2.0000000000000001e-88  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132443  hitchhiker  0.00777378 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.88 
 
 
483 aa  327  4.0000000000000003e-88  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.58 
 
 
485 aa  325  1e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.58 
 
 
483 aa  325  1e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  48.78 
 
 
459 aa  325  2e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2176  NifA subfamily transcriptional regulator  40.91 
 
 
531 aa  324  2e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000386185  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2018  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.88 
 
 
447 aa  323  3e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.110893  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0035  NifA subfamily transcriptional regulator  36.28 
 
 
564 aa  324  3e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4849  NifA subfamily transcriptional regulator  36.99 
 
 
566 aa  323  4e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.728864 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 
457 aa  323  5e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.27 
 
 
452 aa  322  9.000000000000001e-87  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5933  NifA subfamily transcriptional regulator  37.18 
 
 
580 aa  322  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.088253  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.62 
 
 
451 aa  321  1.9999999999999998e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.81 
 
 
495 aa  322  1.9999999999999998e-86  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.21 
 
 
448 aa  321  1.9999999999999998e-86  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.29 
 
 
457 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26490  sigma54-dependent activator protein  41.39 
 
 
485 aa  321  3e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.8 
 
 
473 aa  320  3e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0372  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  48.68 
 
 
461 aa  319  7e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.66 
 
 
454 aa  318  1e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  57.71 
 
 
502 aa  318  1e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.1 
 
 
442 aa  318  2e-85  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1969  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  48.77 
 
 
473 aa  318  2e-85  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.440374  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3407  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.28 
 
 
458 aa  318  2e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.71 
 
 
458 aa  317  3e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.26 
 
 
458 aa  317  3e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2914  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.82 
 
 
459 aa  317  4e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5113  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  41.54 
 
 
584 aa  317  5e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2062  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.75 
 
 
449 aa  316  7e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000496565 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3158  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.82 
 
 
462 aa  316  7e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0097  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.12 
 
 
448 aa  316  7e-85  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.92 
 
 
473 aa  316  8e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.92 
 
 
473 aa  316  8e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2915  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  48.51 
 
 
457 aa  315  9e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2984  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.7 
 
 
458 aa  316  9e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.826768  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.09 
 
 
470 aa  315  9.999999999999999e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0082  transcriptional regulator NifA  41.1 
 
 
597 aa  314  1.9999999999999998e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.765061 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  48.21 
 
 
479 aa  314  2.9999999999999996e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.8 
 
 
453 aa  314  2.9999999999999996e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7728  transcriptional regulator NifA  42.15 
 
 
547 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  47.13 
 
 
455 aa  313  5.999999999999999e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.04 
 
 
459 aa  313  5.999999999999999e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>