More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4849 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007947  Mfla_2176  NifA subfamily transcriptional regulator  62.77 
 
 
531 aa  670    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000386185  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4849  NifA subfamily transcriptional regulator  100 
 
 
566 aa  1125    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.728864 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1152  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  59.67 
 
 
534 aa  629  1e-179  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0929318 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1311  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  59.67 
 
 
538 aa  629  1e-179  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0530064  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4669  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  60 
 
 
533 aa  624  1e-177  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0965  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.28 
 
 
546 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.17468 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2207  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.31 
 
 
539 aa  446  1.0000000000000001e-124  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0035  NifA subfamily transcriptional regulator  40.03 
 
 
564 aa  420  1e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3111  NifA subfamily transcriptional regulator  39.46 
 
 
547 aa  385  1e-105  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  42.22 
 
 
515 aa  374  1e-102  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2528  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.59 
 
 
579 aa  367  1e-100  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0594  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.93 
 
 
529 aa  362  7.0000000000000005e-99  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00846378  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  36.35 
 
 
542 aa  359  9.999999999999999e-98  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.81 
 
 
544 aa  356  5.999999999999999e-97  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  38.61 
 
 
545 aa  346  7e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  38.61 
 
 
545 aa  346  7e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.96 
 
 
544 aa  344  2e-93  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  37.43 
 
 
510 aa  343  5e-93  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.63 
 
 
502 aa  342  1e-92  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  36.52 
 
 
549 aa  341  2e-92  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  39.13 
 
 
522 aa  340  2.9999999999999998e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  36.52 
 
 
545 aa  340  5e-92  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  36.58 
 
 
507 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.87 
 
 
543 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  36.99 
 
 
539 aa  336  5.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  41.69 
 
 
593 aa  336  7.999999999999999e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1585  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.43 
 
 
553 aa  333  3e-90  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1146  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.96 
 
 
522 aa  330  4e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.69 
 
 
561 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  39.4 
 
 
537 aa  325  9e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  40 
 
 
533 aa  325  1e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  37.31 
 
 
572 aa  324  2e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  36.27 
 
 
537 aa  323  3e-87  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2617  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.34 
 
 
535 aa  322  9.999999999999999e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1570  transcriptional regulator NifA  36.38 
 
 
569 aa  322  9.999999999999999e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.840602  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  37.96 
 
 
525 aa  314  2.9999999999999996e-84  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3032  NifA subfamily transcriptional regulator  41.79 
 
 
532 aa  313  6.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  39.82 
 
 
522 aa  311  1e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1487  helix-turn-helix, Fis-type:Nif-specific regulatory protein  37.34 
 
 
549 aa  311  2e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.659732 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0366  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.19 
 
 
508 aa  309  6.999999999999999e-83  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  36.7 
 
 
508 aa  309  1.0000000000000001e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3529  transcriptional regulator NifA  37.22 
 
 
608 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0603248  normal  0.0582265 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4475  transcriptional regulator NifA  40.63 
 
 
580 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.391339 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  35.69 
 
 
517 aa  305  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3648  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  37.06 
 
 
576 aa  303  5.000000000000001e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.4281 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5933  NifA subfamily transcriptional regulator  39.5 
 
 
580 aa  301  2e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.088253  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1204  transcriptional regulator NifA  39.26 
 
 
550 aa  300  5e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132443  hitchhiker  0.00777378 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0993  transcriptional regulator NifA  37.95 
 
 
600 aa  298  2e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  39.04 
 
 
511 aa  296  5e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5113  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  35.36 
 
 
584 aa  296  6e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0831  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.96 
 
 
517 aa  296  6e-79  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0724194  normal  0.196373 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4004  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  37.29 
 
 
599 aa  296  9e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0957  transcriptional regulator NifA  35.79 
 
 
583 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26490  sigma54-dependent activator protein  36.65 
 
 
485 aa  295  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  44.48 
 
 
461 aa  294  3e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.55 
 
 
451 aa  294  3e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1577  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  33.73 
 
 
581 aa  293  5e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1061  transcriptional regulator NifA  35.8 
 
 
582 aa  293  5e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.798583  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  43.96 
 
 
461 aa  292  1e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.71 
 
 
472 aa  292  1e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  43.96 
 
 
461 aa  291  2e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.96 
 
 
461 aa  291  2e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  43.96 
 
 
461 aa  291  2e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.84 
 
 
457 aa  291  2e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.14 
 
 
458 aa  291  2e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  43.96 
 
 
461 aa  291  2e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3211  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  41.69 
 
 
535 aa  290  4e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.050202  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  39.87 
 
 
524 aa  290  4e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0393  transcriptional regulator NifA  39.55 
 
 
627 aa  290  5.0000000000000004e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  37.34 
 
 
576 aa  290  6e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1756  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.88 
 
 
450 aa  288  2e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.562134  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1219  NifA subfamily transcriptional regulator  34.51 
 
 
529 aa  287  4e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.832328  normal  0.664037 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0608  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.37 
 
 
527 aa  286  5.999999999999999e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000979337 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33440  sigma54-dependent activator protein  36.55 
 
 
493 aa  286  5.999999999999999e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1505  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.82 
 
 
522 aa  286  5.999999999999999e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.034794  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7728  transcriptional regulator NifA  39.34 
 
 
547 aa  286  9e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1798  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.17 
 
 
450 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2310  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.01 
 
 
469 aa  285  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.294968  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.82 
 
 
466 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1588  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.48 
 
 
458 aa  286  1.0000000000000001e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.8 
 
 
457 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.01 
 
 
467 aa  285  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.21045  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2398  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.01 
 
 
469 aa  284  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.313034  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  51.12 
 
 
453 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.38 
 
 
653 aa  282  1e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1295  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.03 
 
 
457 aa  281  2e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.62254e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.23 
 
 
457 aa  281  2e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1275  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  50.4 
 
 
709 aa  281  2e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  42.53 
 
 
668 aa  280  3e-74  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1495  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.87 
 
 
458 aa  280  4e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.301103  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3338  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.55 
 
 
453 aa  280  4e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.693368  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0082  transcriptional regulator NifA  37.89 
 
 
597 aa  280  5e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.765061 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2341  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.96 
 
 
450 aa  280  5e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  42.44 
 
 
668 aa  279  8e-74  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3404  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.28 
 
 
455 aa  278  1e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.235439  normal  0.675632 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.71 
 
 
483 aa  279  1e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.71 
 
 
483 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.71 
 
 
485 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.01 
 
 
480 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.85 
 
 
454 aa  278  2e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>