More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0035 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_0035  NifA subfamily transcriptional regulator  100 
 
 
564 aa  1164    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2207  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.74 
 
 
539 aa  500  1e-140  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0965  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.95 
 
 
546 aa  499  1e-140  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.17468 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3111  NifA subfamily transcriptional regulator  43.42 
 
 
547 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1311  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.44 
 
 
538 aa  414  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0530064  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1152  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  42.08 
 
 
534 aa  410  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0929318 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4669  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42 
 
 
533 aa  409  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2176  NifA subfamily transcriptional regulator  39.03 
 
 
531 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000386185  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4849  NifA subfamily transcriptional regulator  43.7 
 
 
566 aa  399  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.728864 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1585  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.27 
 
 
553 aa  370  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0594  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.87 
 
 
529 aa  334  3e-90  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00846378  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  39.3 
 
 
515 aa  331  3e-89  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  36.28 
 
 
539 aa  324  3e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  35.5 
 
 
510 aa  322  9.000000000000001e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1146  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.27 
 
 
522 aa  321  1.9999999999999998e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2528  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  33.69 
 
 
579 aa  320  3e-86  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.79 
 
 
561 aa  318  2e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  33.39 
 
 
543 aa  315  9.999999999999999e-85  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  33.05 
 
 
545 aa  315  9.999999999999999e-85  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  33.17 
 
 
549 aa  315  1.9999999999999998e-84  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  34.9 
 
 
508 aa  314  2.9999999999999996e-84  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2617  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.74 
 
 
535 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0366  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.6 
 
 
508 aa  310  5e-83  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  35.08 
 
 
522 aa  308  1.0000000000000001e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  34.77 
 
 
572 aa  307  3e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  32.01 
 
 
544 aa  305  2.0000000000000002e-81  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  34.3 
 
 
545 aa  304  3.0000000000000004e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  34.3 
 
 
545 aa  304  3.0000000000000004e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  32.14 
 
 
542 aa  301  2e-80  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  33.52 
 
 
507 aa  299  1e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  33.04 
 
 
593 aa  297  3e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1577  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  33.46 
 
 
581 aa  296  7e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  39.66 
 
 
537 aa  296  7e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  31.42 
 
 
544 aa  296  8e-79  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3032  NifA subfamily transcriptional regulator  34.11 
 
 
532 aa  295  2e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0393  transcriptional regulator NifA  40.59 
 
 
627 aa  292  1e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1570  transcriptional regulator NifA  33.16 
 
 
569 aa  292  1e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.840602  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  32.33 
 
 
502 aa  288  1e-76  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3648  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  36.42 
 
 
576 aa  288  2e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.4281 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  32.55 
 
 
533 aa  286  5e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7728  transcriptional regulator NifA  33.15 
 
 
547 aa  286  5e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3529  transcriptional regulator NifA  33.75 
 
 
608 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0603248  normal  0.0582265 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  31.44 
 
 
537 aa  285  2.0000000000000002e-75  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  33.4 
 
 
517 aa  284  4.0000000000000003e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3211  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  39.8 
 
 
535 aa  282  1e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.050202  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  32.87 
 
 
524 aa  282  1e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0957  transcriptional regulator NifA  37.14 
 
 
583 aa  281  3e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  33.03 
 
 
576 aa  280  4e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4475  transcriptional regulator NifA  35.67 
 
 
580 aa  279  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.391339 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5113  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  37.09 
 
 
584 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5933  NifA subfamily transcriptional regulator  35.83 
 
 
580 aa  277  3e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.088253  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0993  transcriptional regulator NifA  32.74 
 
 
600 aa  276  5e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0608  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  33.58 
 
 
527 aa  276  6e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000979337 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33440  sigma54-dependent activator protein  32.83 
 
 
493 aa  276  8e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1061  transcriptional regulator NifA  36.44 
 
 
582 aa  276  8e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.798583  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  32.71 
 
 
522 aa  275  2.0000000000000002e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4004  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  32.77 
 
 
599 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1487  helix-turn-helix, Fis-type:Nif-specific regulatory protein  37.98 
 
 
549 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.659732 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.67 
 
 
470 aa  274  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2718  two component signal transduction response regulator  41.99 
 
 
467 aa  272  1e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1219  NifA subfamily transcriptional regulator  35.37 
 
 
529 aa  272  1e-71  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.832328  normal  0.664037 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.16 
 
 
473 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.05 
 
 
473 aa  270  4e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.05 
 
 
473 aa  270  4e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  33.88 
 
 
525 aa  270  4e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  44.19 
 
 
630 aa  270  5e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0831  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.72 
 
 
517 aa  270  5e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0724194  normal  0.196373 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.06 
 
 
604 aa  269  1e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0082  transcriptional regulator NifA  33.27 
 
 
597 aa  268  2e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.765061 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.05 
 
 
454 aa  268  2.9999999999999995e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.41 
 
 
581 aa  267  4e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1204  transcriptional regulator NifA  34.48 
 
 
550 aa  266  8.999999999999999e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132443  hitchhiker  0.00777378 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  33.82 
 
 
511 aa  265  1e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3413  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.08 
 
 
453 aa  265  1e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0018  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.57 
 
 
461 aa  265  1e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.709029  normal  0.924426 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.36 
 
 
457 aa  265  2e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3475  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.08 
 
 
453 aa  265  2e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0804749 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1619  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.62 
 
 
456 aa  265  2e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2198  transcriptional regulator NifA  32.43 
 
 
581 aa  264  3e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0547  NifA subfamily transcriptional regulator  32.43 
 
 
581 aa  264  3e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.202829  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.29 
 
 
601 aa  264  3e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2915  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.87 
 
 
457 aa  264  4e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2092  NifA subfamily transcriptional regulator  38.64 
 
 
606 aa  263  6e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.103572 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0501  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.95 
 
 
466 aa  263  6e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2786  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.11 
 
 
480 aa  263  6.999999999999999e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.543097  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.92 
 
 
454 aa  263  8e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1960  response regulator transcription factor  51.18 
 
 
471 aa  263  8.999999999999999e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2914  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.78 
 
 
459 aa  262  1e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2866  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.44 
 
 
703 aa  262  1e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3079  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.92 
 
 
480 aa  262  1e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00177638  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.4 
 
 
483 aa  261  2e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0260  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.21 
 
 
687 aa  261  2e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.4 
 
 
483 aa  261  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  42.78 
 
 
629 aa  261  3e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2524  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  45.55 
 
 
464 aa  261  3e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1826  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.92 
 
 
455 aa  261  3e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.048867  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  42.78 
 
 
629 aa  261  3e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  43.53 
 
 
459 aa  261  3e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  44.48 
 
 
664 aa  261  3e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  42.73 
 
 
480 aa  261  3e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>