More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3648 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_5933  NifA subfamily transcriptional regulator  58.08 
 
 
580 aa  644    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.088253  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3648  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  100 
 
 
576 aa  1165    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.4281 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1061  transcriptional regulator NifA  57.27 
 
 
582 aa  637    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.798583  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5113  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  58.08 
 
 
584 aa  635    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4475  transcriptional regulator NifA  57.73 
 
 
580 aa  632  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.391339 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0957  transcriptional regulator NifA  56.64 
 
 
583 aa  628  1e-179  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0393  transcriptional regulator NifA  54.26 
 
 
627 aa  616  1e-175  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0082  transcriptional regulator NifA  55.14 
 
 
597 aa  601  1e-170  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.765061 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3529  transcriptional regulator NifA  56.47 
 
 
608 aa  597  1e-169  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0603248  normal  0.0582265 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1577  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  52.3 
 
 
581 aa  567  1e-160  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4004  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  52.72 
 
 
599 aa  552  1e-156  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0993  transcriptional regulator NifA  51.13 
 
 
600 aa  529  1e-149  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  49.55 
 
 
545 aa  481  1e-134  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  49.55 
 
 
545 aa  481  1e-134  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  45.78 
 
 
572 aa  450  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1240  transcriptional regulator NifA  46.67 
 
 
582 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0431383  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0547  NifA subfamily transcriptional regulator  46.08 
 
 
581 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.202829  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2198  transcriptional regulator NifA  46.08 
 
 
581 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6232  transcriptional regulator NifA  47.02 
 
 
541 aa  443  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  44.44 
 
 
593 aa  436  1e-121  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7728  transcriptional regulator NifA  47.49 
 
 
547 aa  431  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1570  transcriptional regulator NifA  44.23 
 
 
569 aa  422  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.840602  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  42.36 
 
 
525 aa  379  1e-103  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4925  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  57.7 
 
 
360 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3032  NifA subfamily transcriptional regulator  41.05 
 
 
532 aa  365  1e-100  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5044  transcriptional regulator, Fis family  54.49 
 
 
361 aa  362  7.0000000000000005e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000694611  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  42.22 
 
 
522 aa  361  2e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26490  sigma54-dependent activator protein  41.47 
 
 
485 aa  360  4e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1487  helix-turn-helix, Fis-type:Nif-specific regulatory protein  40.32 
 
 
549 aa  358  1.9999999999999998e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.659732 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  41.49 
 
 
511 aa  355  1e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  39.82 
 
 
524 aa  348  1e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3211  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  43.58 
 
 
535 aa  347  4e-94  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.050202  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  35.57 
 
 
549 aa  334  3e-90  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0594  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.93 
 
 
529 aa  333  4e-90  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00846378  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1204  transcriptional regulator NifA  39.12 
 
 
550 aa  333  4e-90  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132443  hitchhiker  0.00777378 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  40.07 
 
 
515 aa  332  1e-89  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.43 
 
 
544 aa  331  3e-89  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.65 
 
 
543 aa  327  3e-88  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  36.81 
 
 
537 aa  327  5e-88  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.9 
 
 
544 aa  323  6e-87  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  35.93 
 
 
542 aa  323  7e-87  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1146  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.27 
 
 
522 aa  322  9.000000000000001e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  35.65 
 
 
545 aa  318  1e-85  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  37.5 
 
 
510 aa  318  2e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  41.97 
 
 
507 aa  316  6e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  36.64 
 
 
508 aa  311  2.9999999999999997e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2207  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.07 
 
 
539 aa  306  9.000000000000001e-82  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0965  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.73 
 
 
546 aa  303  4.0000000000000003e-81  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.17468 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.07 
 
 
483 aa  301  2e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3111  NifA subfamily transcriptional regulator  36.23 
 
 
547 aa  301  2e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0366  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.93 
 
 
508 aa  301  2e-80  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  34.77 
 
 
537 aa  301  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.07 
 
 
485 aa  301  2e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.07 
 
 
483 aa  301  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2528  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.74 
 
 
579 aa  301  3e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.55 
 
 
480 aa  298  1e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.53 
 
 
502 aa  298  1e-79  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  37.39 
 
 
539 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0608  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.09 
 
 
527 aa  296  5e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000979337 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  35.69 
 
 
522 aa  296  5e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  35.02 
 
 
533 aa  295  2e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.37 
 
 
561 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2617  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.91 
 
 
535 aa  294  4e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1219  NifA subfamily transcriptional regulator  37.27 
 
 
529 aa  292  1e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.832328  normal  0.664037 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0831  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.31 
 
 
517 aa  291  1e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0724194  normal  0.196373 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2176  NifA subfamily transcriptional regulator  36.76 
 
 
531 aa  290  6e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000386185  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4849  NifA subfamily transcriptional regulator  40.3 
 
 
566 aa  289  8e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.728864 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  37.15 
 
 
576 aa  289  1e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1505  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.15 
 
 
522 aa  289  1e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.034794  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1152  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  35.96 
 
 
534 aa  288  1e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0929318 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0035  NifA subfamily transcriptional regulator  36.42 
 
 
564 aa  288  2e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  36.55 
 
 
517 aa  288  2e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4669  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.28 
 
 
533 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1311  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.78 
 
 
538 aa  286  5e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0530064  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33440  sigma54-dependent activator protein  35.62 
 
 
493 aa  283  8.000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.54 
 
 
463 aa  281  3e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.45 
 
 
495 aa  279  1e-73  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.03 
 
 
461 aa  279  1e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.82 
 
 
515 aa  278  2e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2381  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.54 
 
 
505 aa  277  4e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0732  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.19 
 
 
471 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.121473  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.13 
 
 
472 aa  275  2.0000000000000002e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.05 
 
 
457 aa  274  3e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  40.93 
 
 
668 aa  274  4.0000000000000004e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.57 
 
 
495 aa  274  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  40.93 
 
 
668 aa  273  5.000000000000001e-72  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.94 
 
 
454 aa  272  2e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.2 
 
 
544 aa  270  5e-71  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  39.95 
 
 
518 aa  270  5e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000422276  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5989  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.93 
 
 
459 aa  269  8e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.999422  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3404  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  53.7 
 
 
455 aa  269  8.999999999999999e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.235439  normal  0.675632 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.71 
 
 
452 aa  269  1e-70  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.51 
 
 
457 aa  268  2e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3158  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.45 
 
 
462 aa  268  2.9999999999999995e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.78 
 
 
448 aa  268  2.9999999999999995e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  43.13 
 
 
630 aa  267  4e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  57.81 
 
 
470 aa  267  4e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.69 
 
 
469 aa  267  4e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.69 
 
 
469 aa  267  4e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2079  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  41.19 
 
 
505 aa  266  5e-70  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>