More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5113 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_5113  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  100 
 
 
584 aa  1184    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5933  NifA subfamily transcriptional regulator  72.91 
 
 
580 aa  837    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.088253  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0393  transcriptional regulator NifA  58.92 
 
 
627 aa  697    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0957  transcriptional regulator NifA  88.93 
 
 
583 aa  1058    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4475  transcriptional regulator NifA  79.93 
 
 
580 aa  928    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.391339 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1061  transcriptional regulator NifA  88.7 
 
 
582 aa  1028    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.798583  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0082  transcriptional regulator NifA  68.82 
 
 
597 aa  799    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.765061 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3648  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  58.08 
 
 
576 aa  635    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.4281 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3529  transcriptional regulator NifA  58.11 
 
 
608 aa  633  1e-180  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0603248  normal  0.0582265 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4004  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  53.91 
 
 
599 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0993  transcriptional regulator NifA  49.84 
 
 
600 aa  545  1e-154  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1577  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  51.49 
 
 
581 aa  526  1e-148  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  48.66 
 
 
545 aa  490  1e-137  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  48.66 
 
 
545 aa  490  1e-137  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6232  transcriptional regulator NifA  48.31 
 
 
541 aa  467  9.999999999999999e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  44.59 
 
 
593 aa  447  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1240  transcriptional regulator NifA  45.23 
 
 
582 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0431383  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0547  NifA subfamily transcriptional regulator  43.79 
 
 
581 aa  434  1e-120  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.202829  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  44 
 
 
572 aa  434  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2198  transcriptional regulator NifA  43.79 
 
 
581 aa  434  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1570  transcriptional regulator NifA  43.28 
 
 
569 aa  427  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.840602  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7728  transcriptional regulator NifA  45.41 
 
 
547 aa  423  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4925  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  56.66 
 
 
360 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5044  transcriptional regulator, Fis family  54.49 
 
 
361 aa  384  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000694611  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  40.87 
 
 
522 aa  372  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0594  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.62 
 
 
529 aa  367  1e-100  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00846378  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  41.03 
 
 
525 aa  357  2.9999999999999997e-97  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1487  helix-turn-helix, Fis-type:Nif-specific regulatory protein  40.07 
 
 
549 aa  357  5e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.659732 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  40.04 
 
 
511 aa  355  1e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  40.18 
 
 
524 aa  354  2e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3032  NifA subfamily transcriptional regulator  39.35 
 
 
532 aa  340  2.9999999999999998e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  37.21 
 
 
507 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1204  transcriptional regulator NifA  38.22 
 
 
550 aa  335  2e-90  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132443  hitchhiker  0.00777378 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3211  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  43.08 
 
 
535 aa  334  3e-90  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.050202  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  38.52 
 
 
515 aa  331  2e-89  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1146  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.83 
 
 
522 aa  327  3e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.24 
 
 
502 aa  324  2e-87  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.2 
 
 
544 aa  323  8e-87  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  34.78 
 
 
549 aa  322  8e-87  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  37.36 
 
 
510 aa  320  3.9999999999999996e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  35.54 
 
 
545 aa  320  3.9999999999999996e-86  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  36.96 
 
 
522 aa  318  2e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0965  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.25 
 
 
546 aa  317  3e-85  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.17468 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.42 
 
 
544 aa  317  4e-85  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  41.54 
 
 
539 aa  317  5e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  34.24 
 
 
542 aa  315  9.999999999999999e-85  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2617  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.03 
 
 
535 aa  315  1.9999999999999998e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  43.55 
 
 
533 aa  315  1.9999999999999998e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.44 
 
 
543 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.22 
 
 
561 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2207  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.84 
 
 
539 aa  311  2e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2528  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.64 
 
 
579 aa  311  2.9999999999999997e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  36.79 
 
 
508 aa  311  2.9999999999999997e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26490  sigma54-dependent activator protein  44.05 
 
 
485 aa  309  8e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  41.16 
 
 
537 aa  305  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  35.39 
 
 
537 aa  303  6.000000000000001e-81  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.13 
 
 
480 aa  301  3e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  46.18 
 
 
461 aa  299  7e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2176  NifA subfamily transcriptional regulator  36.38 
 
 
531 aa  299  1e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000386185  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  45.89 
 
 
461 aa  297  3e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.89 
 
 
461 aa  297  3e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.89 
 
 
461 aa  297  3e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  45.89 
 
 
461 aa  297  3e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.89 
 
 
461 aa  296  6e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0366  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.23 
 
 
508 aa  295  2e-78  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.07 
 
 
483 aa  294  3e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.07 
 
 
485 aa  294  3e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.07 
 
 
483 aa  294  3e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  39.46 
 
 
517 aa  294  3e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1152  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  36.45 
 
 
534 aa  293  6e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0929318 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1311  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.26 
 
 
538 aa  292  1e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0530064  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.62 
 
 
515 aa  291  2e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.86 
 
 
457 aa  290  5.0000000000000004e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1488  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.97 
 
 
464 aa  290  7e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.781886  normal  0.688737 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.64 
 
 
452 aa  290  7e-77  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33440  sigma54-dependent activator protein  34.96 
 
 
493 aa  289  9e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  47.51 
 
 
733 aa  288  2e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.31 
 
 
451 aa  288  2.9999999999999996e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.04 
 
 
455 aa  287  4e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4849  NifA subfamily transcriptional regulator  43.94 
 
 
566 aa  286  8e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.728864 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.23 
 
 
454 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.71 
 
 
469 aa  285  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  53.96 
 
 
670 aa  285  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  53.96 
 
 
670 aa  284  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  53.96 
 
 
670 aa  284  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  57.85 
 
 
453 aa  284  4.0000000000000003e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  53.58 
 
 
668 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  53.58 
 
 
670 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  37.4 
 
 
576 aa  283  5.000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.93 
 
 
469 aa  283  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.93 
 
 
469 aa  283  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  53.58 
 
 
670 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.75 
 
 
463 aa  283  6.000000000000001e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0344  two component Fis family transcriptional regulator  41.73 
 
 
452 aa  283  7.000000000000001e-75  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0882822  normal  0.355114 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4669  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.95 
 
 
533 aa  283  7.000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1260  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.73 
 
 
452 aa  283  8.000000000000001e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000141339 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3111  NifA subfamily transcriptional regulator  34.99 
 
 
547 aa  283  8.000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.73 
 
 
495 aa  282  1e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  53.21 
 
 
648 aa  282  1e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  44.85 
 
 
459 aa  281  2e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>